Через месяц, 25 января 1774 г. штурм Уфы был повторен. Осаждающие произвели нападение с четырех сторон. Бой продолжался около десяти часов. Несмотря на численное превосходство повстанцев, их личное мужество, особенно предводителя Зарубина, штурм был отбит. Сказались общие недостатки тактики восставших — отсутствие опытных артиллеристов, нехватка огнестрельного оружия, неумение осаждать хорошо укрепленные крепости. Это причины неудач, характерные для всех отрядов повстанцев, в том числе и для войска Пугачева под Оренбургом.

После неудачных штурмов Зарубин решил перейти к длительной осаде города. Повстанческие отряды блокировали важнейшие пути, ведущие к городу, захватывали отряды, посланные из Уфы для сбора продовольствия и фуража. Одновременно «граф Чернышев» разослал представителей своего штаба для организации военных отрядов по всей Башкирии и Южному Уралу. Многие из них становились командирами крупных самостоятельных отрядов, как, например, Иван Степанович Кузнецов — «главный российского и азиатского войска предводитель», чьи войска действовали в районе Кунгура.

Весной 1774 г. в Уфе начался голод. Сдача города была неминуемой. Уфу могли спасти только правительственные войска. Именно в этот момент к городу подошли регулярные войска под командованием полковника Михельсона. Несмотря на ожесточенное сопротивление восставших, 24 марта 1774 г. отряды Зарубина потерпели поражение. Сам «граф Чернышев» с небольшим отрядом в 20 человек бежал на юг к Табынску, вероятно, пытаясь соединиться с повстанцами в этом районе. Но в 12 верстах от Табынска, на Богоявленском медеплавильном заводе Зарубина вместе с товарищами захватила в плен команда казачьего капрала А. Кузнецова. Пугачевцы были закованы в кандалы и содержались под строжайшим караулом. Несмотря на все меры предосторожности, тем не менее вскоре была сделана попытка освободить Зарубина и его товарищей. Из рапорта полковника Михельсона от 30 марта 1774 г. узнаем, что один из пугачевских атаманов (имя его в документе не указано) попытался освободить пленных — «он возмущал иноверцов, чтобы отбить называемого графа Чернышева с его сообщниками». Как указывалось в официальных документах, он бы освободил пугачевцев, «когда б не поспешила посланная (правительственная) команда». Инициатор «бунта» был захвачен и по приказу Михельсона повешен. Так неудачно закончилась попытка освобождения Зарубина.

В конце марта Зарубин был доставлен в Табынск. Здесь его допрашивали в первый раз и жестоко пытали, систематически избивали «кошками» — ременными веревками с узлами на концах, специально используемыми для наказания каторжников. Особенно усердствовали офицеры Михельсона, столь недавно испытавшие стойкость и мужество войск Зарубина. Вскоре атаман был передан в Следственную комиссию и отвезен в Москву, где «шеф» Тайной экспедиции Шешковский подверг его допросам и пыткам. Зарубин держался с твердостью и мужеством. Даже следователи признавали его преданность делу восстания. Как одного из самых опасных преступников Зарубина приговорили к смертной казни. Он присутствовал на казни Пугачева в Москве на Болоте. Затем Зарубина отвезли в Уфу и 10 февраля 1775 г. обезглавили. Труп мятежного атамана вместе с эшафотом сожгли, а голову воткнули на кол для всеобщего обозрения.

Жизнь Ивана Зарубина была ярчайшим примером борьбы беднейшего казачества против насилия самодержавия, «за волюшку казацкую», «за вольность народную».

В период Крестьянской войны 1773–1775 гг. восстанием были охвачены и многие национальные районы Российской империи, прежде всего Башкирия и Татария. Коренное население этих районов, жестоко страдавшее от эксплуатации царской администрации, помещиков, заводовладельцев и собственной феодальной верхушки, дало много энергичных и храбрых руководителей, ставших во главе борьбы против самодержавия. Среди них наиболее выдающимися были Кинзя Арсланов и Салават Юлаев.

Кинзя Арсланов был родом из Бушмас-Кыпчакской волости Нагайской дороги (района) Башкирии. Он хорошо знал грамоту, слыл начитанным человеком, писал и говорил по-русски. Кинзя Арсланов был уважаемым человеком среди своих земляков, к моменту восстания он уже 10 лет исполнял обязанности старшины Бушмас-Кыпчакской волости.

Арсланов — один из первых башкир, примкнувших к восстанию. Уже 1 октября 1773 г. он через своих односельчан установил связь с Пугачевым, а через несколько дней с отрядом в несколько сот человек влился в повстанческое войско, осаждавшее Оренбург. Здесь «башкирский полковник» развернул активную агитационную деятельность. Он сочиняет и рассылает письма к башкирским старшинам с требованием присоединиться к восставшим и поддержать «государя Петра Федоровича». В качестве агитаторов по всей Башкирии были разосланы десятки преданных делу восстания людей с воззваниями и письмами Кинзи Арсланова. Его сын и племянник были также посланы из Берды с целью «свободно и мирно разъезжать, распространять знания» о ходе восстания, об «императоре Петре III». Деятельность башкирских агитаторов имела огромное значение. Благодаря Кинзе Арсланову и его помощникам Башкирия оказалась вовлеченной в Крестьянскую войну. Это вскоре поняли и представители царской администрации и командования правительственных войск. Генерал Кар, шедший на подавление восстания, в своем рапорте в Петербург вынужден был признать, что местные жители, башкиры, «от бежавшего в толпу с своими подчиненными башкирского старшины Кинзи Арсланова чрез разселение во всю Башкирию злодейских возмутительных писем в великой колебимости находятся».

Агитация Кинзи Арсланова повлияла не только на настроение и отношение башкир к восстанию. Она дала весьма действенные результаты. Так, в самом начале осады Оренбурга губернатор Рейнсдорп неоднократно отдавал приказы о формировании пятитысячного войска башкир для борьбы с восставшими. Однако башкиры под влиянием Кинзи Арсланова уклонялись от несения службы. Когда же отряд был сформирован, то он насчитывал лишь тысячу человек. Вместо того, чтобы идти на выручку Оренбурга, команда остановилась недалеко от Стерлитамакской пристани. Когда же генерал Кар потребовал, чтобы башкирская воинская команда шла к нему на помощь, то башкиры перешли на сторону Пугачева. Произошло это в деревне Биккулова, куда прибыл пугачевский башкирский отряд во главе с племянником Кинзи Арсланова Кутлугильдой Абдарахмановым. Воинская команда, в которой находился и другой герой башкирского народа Салават Юлаев, полностью перешла под знамена «Петра III».

Переход воинской команды вызвал огромный общественный резонанс по всей Башкирии. Уже осенью 1773 г. в этом районе началось восстание. Как отмечал очевидец, «башкирский народ весь генерально взбунтовался». В этот период Кинзя Арсланов рассылал в различные районы края не только агитаторов и пропагандистов, но и будущих командиров местных отрядов. В ноябре в район Сибирской дороги Башкирии с наставлениями Кинзи Арсланова для организации повстанческих отрядов выехал Салават Юлаев. В декабре 1773 г. от Кинзи Арсланова в Уфимский уезд для организации восставших был послан энергичный и храбрый командир Канзафар Усаев, который вскоре поднял восстание в этом районе.

Кинзя Арсланов принимал деятельное участие в осаде Оренбурга, командуя башкирским отрядом, численность которого достигала 5 тысяч человек. «Башкирский полковник» был лично близок «Петру III». Он участвовал наряду с наиболее близкими сподвижниками в совете при Пугачеве.

После весеннего поражения пугачевцев в 1774 г. под Оренбургом и Татищевой крепостью Кинзя Арсланов предложил «Петру III» уйти в район Башкирии. Здесь «башкирский полковник» сумел сформировать новую армию. Пугачев и Кинзя Арсланов, «проходя от места до места, собрали башкирцев множество». Этому способствовала рассылка именных указов. Такие указы по-татарски и по-башкирски писал Кинзя Арсланов. Так, в документе от 13 июня 1774 г., посланном Пугачевым полковнику Бахтияру Канкаеву, читаем: «Поэтому именным указом повелеваем: собирайте русских и башкир с большим старанием и объявляйте о сборе великой армии, чтобы стоять против врагов».