Министры Конференции во главе с канцлером представили императору проект указа о её сохранении «на прежнем основании». Опытный канцлер в своих докладах разъяснял, что «перемена системы» потребует согласованных действий всех ведомств и с ликвидацией Конференции эту роль не смогут взять на себя ни Сенат, ни Коллегия иностранных дел. Но Пётр решил иначе — 20 января Конференция была упразднена. Самого канцлера царь называл «французом», что в его устах можно считать ругательством.
Опытный канцлер оказался прав. В мае 1762 года Петру III пришлось срочно создавать очередной координационный орган — Императорский совет с правом принимать без его участия решения по делам «меньшей важности». В состав совета вошли Д. В. Волков, Георг Людвиг Голштинский и Пётр Голыитейн-Бекский, возвращенный из ссылки Б. X. Миних, М. Н. Волконский, бывшие члены Конференции Н. Ю. Трубецкой и М. И. Воронцов, А. Н. Вильбуа, новый любимец императора А. П. Мельгунов, но зато не попали гетман К. Г. Разумовский, сенатор и отец фаворитки Р. И. Воронцов и генерал-прокурор Глебов. Можно предположить, что отстранение этих лиц стало одной из причин, приведших их на сторону Екатерины.
Перетасовка кадров и непродуманные решения усилили нестабильность в правящем кругу и, что важнее, не привели к созданию единого «штаба» в условиях начавшихся реформ. Им не стали ни Сенат, ни Кабинет, ни распущенная Конференция, ни даже Императорский совет, мнение членов которого Пётр III не всегда принимал во внимание.
Ключевые должности в центральном аппарате управления и губерниях сохраняли назначенные при Елизавете лица. Скромные перемены на статской службе Пётр компенсировал чинопроизводством военных: весной 1762 года появились семь новых генерал-аншефов, 23 генерал-лейтенанта и 62 генерал-майора — больше, чем за всё предыдущее царствование. Пристрастие к военным приводило к тому, что генералами становились придворные (Нарышкины, Дараганы) или назначенный начальником Канцелярии от строений И. И. Бецкой. Можно полагать, что массовым пожалованием император стремился обеспечить себе опору в армии перед планировавшейся войной с Данией. В один день (30 апреля) были отправлены в отставку руководители Адмиралтейств-коллегии генерал-адмирал М. М. Голицын, адмиралы 3. Мишуков и А. Головин, генерал-кригскомиссар Б. В. Голицын и контр-адмирал Д. Я. Лаптев. Адмиралом стал В. Льюис, вице-адмиралом — С. Ф. Мещерский, контр-адмиралом — А. И. Нагаев; контр-адмирал В. И. Ларионов был назначен генерал-кригскомиссаром. Главным по морскому ведомству Пётр III сделал произведённого им в вице-адмиралы С. И. Мордвинова, несмотря на наличие старших по званию.
Император торопился: обживал свои новые дворцы, награждал приближённых, мечтал преобразовать армию и флот, изменить всю систему внешней политики. Датский посланник сразу почувствовал, как изменилась атмосфера двора: «Всё пришло в движение, и во всём проявляется деятельность изумительная». Но царь не был способен реально контролировать ни своих генералов, ни министров, ни даже фаворитку: придворные имели удовольствие наблюдать «кухонные» сцены, когда ревнивая Воронцова называла российского императора «гадким мужиком», а тот в ответ требовал вернуть подаренные бриллианты. Любовница Петра была очень похожа на него самого — такая же непосредственная, но добрая и прямодушная. Она во всех отношениях уступала супруге императора — но подходила ему. Не случайно Пётр говорил молоденькой Екатерине Дашковой, своей крёстной и подруге жены: «Дочь моя, помните, что благоразумнее и безопаснее иметь дело с такими простаками, как мы, чем с великими умами, которые, выжав весь сок из лимона, выбрасывают его вон».
Подсчёт числа законодательных актов второй половины столетия показывает, что правление Петра III поставило рекорд по части законотворческой активности (он был побит в царствование Павла I): пять манифестов, 70 именных указов, два договора и 13 резолюций по докладам. Почти каждый второй день из 185 проведённых им на троне отмечался личным царским распоряжением, не считая сенатских указов. Интенсивность потока монаршей воли особенно заметна в первые месяцы царствования.
В январе 1762 года были упразднены должности провинциальных полицмейстеров, утверждены образцы монет, приняты решения о перечеканке медных денег и снижении цены на соль, Сенат получил указ исполнять устные распоряжения императора, была ликвидирована Конференция, объявлено о рекрутском наборе и записи добровольцев в голштинские полки, беглым раскольникам разрешено вернуться в Россию и свободно отправлять богослужение, при Сенате открыт апелляционный департамент, помещики получили право переводить крестьян в другие уезды без санкции властей, Мануфактур-коллегия переехала из Москвы в Петербург.
В феврале был объявлен манифест о вольности дворянства, упразднена Тайная канцелярия, провозглашена секуляризация церковных и монастырских владений согласно елизаветинскому указу 1757 года, распущена Лейб-компания, создана комиссия по улучшению флота, беглым предоставлена возможность безнаказанно вернуться из-за границы, прекращена ссылка на каторгу в Рогервик на берегу Финского залива.
В марте было запрещено строить и иметь церкви в «партикулярных домах», созданы Коллегия экономии для проведения в жизнь секуляризации и «воинская комиссия» для преобразований в армии, утверждён новый штат гвардии, запрещено «бесчестно» наказывать солдат и матросов «кошками» и батогами. Предпринимателям больше не разрешалось покупать крестьян к мануфактурам, но зато вводились экономические свободы: подданные получили право торговать в Архангельске и вывозить из империи хлеб, отменялись казённые монополии на торговлю холстом и ревенем и монопольные торговые компании на Каспийском море. С 13-го числа начались заседания вызванных из провинции депутатов для обсуждения нового Уложения.
Но в апреле преобразовательный порыв утих: на смену серьёзным реформаторским актам пришли распоряжения об истреблении полицией «всех имеющихся в Санкт-Петербурге собак», срочном переименовании полков по именам их шефов и новых мундирах для полковых лекарей и живодёров.
Даже важнейшие акты нового царствования составлялись поспешно, оказывались не вполне продуманными, не был обеспечен контроль над их проведением в жизнь. «Епакта вольности российских дворян» (так назвал манифест от 18 февраля 1762 года обер-прокурор Сената П. Н. Трубецкой) не была подкреплена материальным обеспечением в виде монополии на заводы и ликвидации купеческого предпринимательства. Эти гарантии предполагались проектом нового Уложения, но составлявший манифест А. И. Глебов их вычеркнул. На практике получить «вольность» было не так просто; дела Герольдмейстерской конторы показывают, что при Петре III отставников по-прежнему определяли на «статскую» службу в качестве провинциальных воевод. Другие к ней не особенно стремились; многим ветеранам Русско-турецкой войны 1735— 1739 годов идти было некуда, и они сами просили определить их «для пропитания» к монастырям.
Манифест о ликвидации Тайной канцелярии на самом деле предписывал только не принимать свидетельств от «колодников» и не арестовывать оговорённых без «письменных доказательств», но не отменял дел «по первым двум пунктам», о которых по-прежнему полагалось «со всяким благочинием» доносить «в ближайшее судебное место, или к воинскому командиру», или (в «резиденции») доверенным лицам императора Волкову и Мельгунову.
Объявленная секуляризация вообще не имела механизма реализации: только 21 марта 1762 года новый указ предписал создать при Сенате Коллегию экономии и отправить офицеров для описания церковных и монастырских вотчин, а инструкция им была готова лишь к середине апреля; сенатский указ поступил к монастырским властям только к лету. В итоге до самого свержения Петра III реформа так и не началась.
Составленная уже при Екатерине II сенатская ведомость об исполненных и неисполненных письменных и словесных указах её предшественника показала, что «неучинёнными» оказались не только секуляризационная реформа, но и указ о понижении пробы серебряных монет, и снижение цены на соль, и отмена каторги в Рогервике, и распоряжения о полицмейстерах, о «произвождении в секретари из приказных чинов» и другие повеления императора.
