Были предприняты и дальнейшие шаги для организации диверсионных групп из числа солдат и офицеров чехословацкого легиона Людвика Свободы. В конце апреля 1941 года в Москву прибыла миссия чехословацкого эмигрантского правительства во главе с полковником Г. Пикой. Как сообщает в мемуарах Свобода, удалось достичь договоренности о подготовке десанта парашютистов, проведении акций саботажа и сборе разведывательной информации, причем «те, кто должен был обеспечивать «движение» по нелегальным путям с родины, прибыли в назначенное место… за пять-шесть дней до начала гитлеровской агрессии против СССР». Точно так же немцы за несколько дней до начала вторжения засылали в СССР диверсантов и разведчиков из числа местных уроженцев.
Первоначально советское вторжение в Германию планировалось на июнь 1941 года. Любопытно, что Сталин при этом был твердо уверен, что Германия в 1941 году не собирается нападать на СССР, а Гитлер, в свою очередь, не ожидал начала советского наступления раньше 1943 года. В германских штабах не знали, что на мартовском плане стратегического развертывания Красной Армии на Западе заместитель начальника Генштаба Н.Ф. Ватутин оставил резолюцию: «Наступление начать 12.6». В середине мая был окончательно разработан план превентивного удара. Наступление предполагалось вести на юго-западном направлении в направлении на Катовицы, где 152 советских дивизии по замыслу Тимошенко и Жукова должны были разбить 100 немецких и нанести противнику решительное поражение уже на 30-й день операции. Затем советские войска должны были повернуть на север и, выйдя к Балтике, окружить все германские силы в Польше и Восточной Пруссии. Тогда бы путь в Западную Европу был открыт.
Красная Армия на Западе имела в 3,5 раза больше танков и в 5,5 раза больше боевых самолетов. Правда, качество подготовки личного состава сводило на нет в реальной действительности это превосходство, но ни советские генералы, ни Сталин тогда этого не осознавали. Было и другое неприятное для советского руководства обстоятельство. Главная группировка вермахта была не на юго-западе, как предполагал Генштаб Красной Армии, а в центре, и удар 152 советских дивизий пришелся бы не по 100, а всего лишь по 30 германским дивизиям. При этом ударная советская группировка подверглась бы мощному контрудару во фланг, который нанесла бы наиболее сильная германская группа армий «Центр». Низкая подготовка советских летчиков и танкистов, острая нехватка средств связи, слабое взаимодействие разных родов войск гарантировали, что и в случае, если бы Красная Армия упредила вермахт и нанесла удар первой, она все равно потерпела бы тяжелое поражение.
Германский план «Барбаросса», предусматривавший наступление на всех трех стратегических направлениях, в большей мере был застрахован от ошибок разведки в определении дислокации советских войск. Если бы, скажем, основная группировка Красной Армии располагалась не на юго-западном, а на центральном направлении, это обстоятельство замедлило бы продвижение группы армий «Центр», но зато группа армий «Юг» наступала бы в гораздо более высоком темпе, чем это произошло в действительности. И тогда Сталин, возможно, расстрелял бы не Павлова, а Кирпоноса. Вот и вся разница.
Уже в середине мая 1941 года, когда был окончательно готов план превентивного удара, стало ясно, что из-за того, что еще не было завершено сосредоточение войск, начать наступление 12 июня, как первоначально планировалось, не удастся. Поэтому, как показывают сроки передислокации войск и завершения формирования польской дивизии, вторжение в Западную Европу было перенесено на июль. При этом точной даты начала операции, по всей вероятности, так и не было установлено, поскольку она зависела от срока завершения сосредоточения сил и средств. Можно предположить, что, как и перед нападением на Финляндию, точный день начала наступления Сталин вообще не собирался фиксировать ни в одном документе, а хотел отдать соответствующий приказ устно, по телефону.
Как свидетельствует тогдашний нарком ВМФ Н.Г. Кузнецов в опубликованной в 1966 году книге мемуаров «Накануне», «И.В. Сталин представлял боевую готовность наших Вооруженных Сил более высокой, чем она была на самом деле. Совершенно точно зная количество новейших самолетов, дислоцированных по его приказу на пограничных аэродромах, он считал, что в любую минуту по сигналу боевой тревоги они могут взлететь в воздух и дать надежный отпор врагу. И был просто ошеломлен известием, что наши самолеты не успели подняться в воздух, а погибли прямо на аэродромах». Поэтому советский вождь бесстрашно готовился броситься в пучину войны с самой сильной в тот момент армией Европы. Ему и в страшном сне не могло привидеться, что придется отступать до Москвы и Сталинграда.
Есть у Николая Герасимова и еще одна значимая проговорка в посмертно опубликованной книге «Крутые повороты». Кузнецов упоминает, что Жуков, после своего назначения в феврале 1941 года начальником Генштаба, но еще до начала Великой Отечественной войны, проявлял «прохладное отношение к флоту», поскольку, «в то время сравнительно еще малочисленный по составу флот (пока не была реализована «большая программа») не вызывал особого интереса у Сталина на случай скорой войны, и это, видимо, слышал и знал Жуков». Значит, Иосиф Виссарионович уже в феврале 1941-го думал о скорой войне, но к отражению германского нападения не готовился.
Берия, в отличие от Сталина, как мы уже убедились на примере финской войны, весьма скептически оценивал боеспособность советских вооруженных сил. Он был в курсе советских планов нападения на Германию. Еще 6 мая 1940 года во время ужина в узком кругу охраны в присутствии Берии Сталин заявил: «Воевать с Америкой мы не будем… Воевать мы будем с Германией! Англия и Америка будут нашими союзниками!» Я думаю, Лаврентий Павлович высказывал Сталину серьезные сомнения, что советский блицкриг против Германии завершится успехом, и в действительности придется вести тяжелую затяжную войну. Возможно, именно из-за этого скептицизма при реорганизации органов госбезопасности в начале февраля 1941 года Управление особых отделов, занимавшееся оперативно-чекистской и контрразведывательной работой в Красной Армии, было передано из НКВД в состав Наркомата обороны. 30 января 1941 года Берии было присвоено звание Генерального комиссара государственной безопасности, что соответствовало армейскому маршалу. 3 февраля 1941 года он был назначен заместителем председателя Совета народных комиссаров СССР и в этом качестве стал курировать работу НКВД и НКГБ, а также наркоматов лесной и нефтяной промышленности, цветных металлов и речного флота. Во всех перечисленных промышленных наркоматах велика была доля подневольного труда заключенных.
Сталин готовился стать Верховным главнокомандующим, чтобы предводительствовать коротким и победоносным, как он думал, походом в Западную Европу. На это время Иосиф Виссарионович собирался взять под плотный личный контроль Красную Армию и работавшие там органы безопасности, дабы гарантировать себя от малейших бонапартистских проявлений. Да и оставлять в руках Берии или его ставленника Меркулова особые отделы, значение которых чрезвычайно возрастало в условиях победоносной войны, Сталин не хотел. Наверное, он уже тогда опасался давать слишком много власти молодому и амбициозному наркому, зарекомендовавшему себя человеком дела и неплохим администратором.
Война с Германией в первые два года обернулась для Красной Армии не победами, а по большей части тяжкими поражениями. В этот период появления нового Бонапарта можно было не опасаться. Борьба же с Германией не на жизнь, а на смерть требовала концентрации всех карательных и контрразведывательных органов в одних руках. Ведь успех борьбы в решающей степени зависел от прочности как фронта, так и тыла, и необходимо было объединить действия чекистов в армии и среди гражданского населения. Вот когда весной 1943 года, после Сталинграда, исход войны уже определился, Иосиф Виссарионович вернулся к схеме первой половины 1941 года и вернул особые отделы, переименованные в военную контрразведку Смерш («смерть шпионам»), в состав Наркомата обороны, который сам же и возглавлял. Во главе Управления особых отделов, а потом Смерша стоял вполне бесцветный и не отмеченный никакими заметными талантами В.С. Абакумов, что Сталина до поры до времени вполне устраивало. Виктор Семенович выдвинулся при Берии благодаря элементарному подхалимажу. Когда Лаврентий Павлович вскоре после своего назначения на пост наркома выступал на собрании сотрудников центрального аппарата, Абакумов подсуетился и установил на сцене портрет нового шефа. Берия заметил расторопного чекиста и назначил его главой УНКВД Ростовской области. Позднее Абакумов стал заместителем наркома внутренних дел, а в июле 1941-го возглавил Управление особых отделов. В дальнейшем он был приближен Сталиным и после войны стал уже соперником Берии в борьбе за контроль над органами госбезопасности.