Осенью 1907 года Сталин предложил возродить Бакинскую боевую дружину. К тому времени в руководстве Бакинского комитета уже преобладали большевики. Из меньшевиков эту идею поддержал Андрей Януарьевич Вышинский, предложивший «достать» оружие у полиции и жандармов (попросту – купить). По данным Бакинского охранного отделения, уже к 15 сентября 1907 года большевики потратили на эти цели около 80 тыс. рублей. С этого времени берет начало определенная близость Сталина и Вышинского, которой не помешала принадлежность к разным фракциям.

Одновременно Сталин не забывал и о легальных методах борьбы. Он руководит в Баку кампанией большевиков по выборам в III Государственную думу. 22 сентября 1907 года в Баку на собрании уполномоченных от рабочей курии был принят «Наказ социал-демократическим депутатам».

Вскоре Кобу постигла тяжелая утрата. 22 ноября 1907 года от брюшного тифа умерла его жена Като. Она скончалась в Тифлисе на руках у мужа. Екатерину Сванидзе похоронили на Кукийском кладбище святой Нины. Восьмимесячного Яшу забрала к себе сестра Като Сашико. Сталин горевал, но недолго. Любовь и семья всегда были подчинены у него интересам борьбы.

В начале 1908 года бакинские большевики стали готовить новую крупную экспроприацию. Им стало известно, что из центра в Баку Каспийским морем везут 4 млн рублей для последующей переправки в Туркестанский край. Чтобы раздобыть оружие, боевики устроили налет на флотский арсенал. Однако дом, где хранилось похищенное оружие, привлек внимание жандармов. Двое боевиков погибли при аресте, подготовка к эксу была сорвана. Сталин на время покинул Баку. Позднее, 15 марта 1908 года, ему только чудом удалось ускользнуть из рук жандармов, которые окружили Бакинский народный дом. Там должна была состояться конференция РСДРП. Делегатам удалось смешаться со зрителями, смотревшими спектакль, и избежать ареста. Но Коба уже догуливал на свободе последние недели.

Джугашвили-Кобу взяли в ночь на 25 марта 1908 года в одном из бакинских притонов с документами жителя селения Маквини Кутаисского уезда Кайоса Бесовича Нижерадзе. При нем обнаружили «нелегальную переписку» – документы Бакинского комитета РСДРП. Мнимый Нижерадзе утверждал, что служил конторщиком в Союзе нефтепромышленных рабочих и был корреспондентом газеты «Гудок». Но очень скоро, 1 апреля 1908 года, задержанный признался, что он – Иосиф Джугашвили, но что после побега из ссылки ничего дурного не делал: «В 1904 г., зимой, я скрылся из места ссылки, откуда я поехал в г. Лейпциг, где пробыл около 11 месяцев. Около восьми месяцев тому назад я приобрел паспорт на имя дворянина Кайоса Нижерадзе, по которому и проживал». То, что найденный у него при аресте номер «Гудка» действительно принадлежит ему, Джугашвили охотно признал – за это ему ничего сделать не могли. А вот от «резолюции представителей ЦК по делу о расколе в Бакинском комитете РСДРП», также найденной у него, категорически открещивался, заявляя, что она будто бы была прислана в Союз нефтепромышленных рабочих для редакции «Гудка». В позднейших показаниях Сосо уточнил, что вообще обретался в Лейпциге больше года – вплоть до Высочайшего манифеста 17 октября 1905 года, после которого была объявлена амнистия политическим преступникам. Значит, теперь побег из ссылки Джугашвили уже не могли поставить в вину. А до манифеста, мол, сидел себе мирно в Германии, прихлебывал пиво. Затем вернулся в Закавказье, стал потягивать родное кавказское вино, писать корреспонденции в «Гудок» да трудиться в профсоюзе конторщиком. Правда, не очень понятно, почему Джугашвили не сделал попытки легализоваться под своим настоящим именем, а потратился на покупку паспорта какого-то Нижерадзе. Такой вопрос наверняка возник и у жандармов, осведомленных по донесениям агентуры о роли Джугашвили в деятельности Бакинского комитета, а ранее – в Батуме и Тифлисе. Информация из Тифлисского жандармского управления доказывала, что в 1905 году Джугашвили находился в Закавказье, а не в Германии. Однако конкретных улик против Джугашвили, которые были бы весомы для суда, не было. Поэтому предлагалось выслать Джугашвили в Сибирь на три года под гласный надзор полиции. Особое совещание при МВД 26 сентября 1908 года сократило срок ссылки с 3 до 2 лет, причем, как и другим пяти клиентам Бакинского жандармского управления, одновременно с сокращением срока ссылки Тобольская губерния была заменена Вологодской, откуда не бежал только ленивый.

Из Баку Сталин ушел по этапу 9 ноября 1908 года, а на место ссылки, в город Сольвычегодск прибыл 27 февраля 1909 года. Здесь ему полагалось ежемесячное пособие в 7 рублей 40 копеек. Особо не разгуляешься, но на пропитание вполне хватит. Вот на побег из этой суммы, как ни старайся, никак не отложишь. А Сталин сразу же стал думать о побеге. С.Я. Аллилуев вспоминал, как весной 1909 года будущий зять писал ему в Петербург с просьбой сообщить ему точный домашний и рабочий адрес. 1 мая 1909 года один из тифлисских социал-демократов сообщал в Киев, что «Сосо (Коба) пишет из ссылки и просит прислать денег на обратное путешествие». Но денег ему так и не прислали. Пришлось прибегнуть к помощи своих ссыльных товарищей, которые, чтобы не быть потом привлеченными к ответственности за соучастие в побеге, передали ему деньги – 70 рублей под видом карточного выигрыша. В доме учительницы Мокрецовой, за городом, Коба переоделся в крестьянский сарафан. Учительница проводила его до берега, там Джугашвили сел в лодку и переправился через Вычегду до Котласа, проплыв 27 верст. Из-за слабости левой руки Сталину было сложно грести, поэтому гребли двое ссыльных, Сергей Шкарпеткин и Антон Богатырев. Побег был совершен вскоре после утренней поверки заключенных, 24 июня 1909 года, так что сопровождающие успели до темноты вернуться в Сольвычегодск. Беглеца хватились лишь следующим утром, когда он уже был в Вятке, а вечером 26 июня добрался до Петербурга. Здесь Сталин связался с С.Я. Аллилуевым, который устроил его на одну из конспиративных квартир. В Петербурге Коба успел поучаствовать в совещании по поводу издания центральной большевистской газеты, а уже около 7 июля выехал в Тифлис. Уже 12 июля Сталин оказался в поле зрения агентов Бакинского охранного отделения. Но жандармы не торопились установить подлинную фамилию Кобы. Только в августе они выяснили, что тот проживает по паспорту Оганеза Вартановича Тотомянца. Тем временем тот успел возобновить выпуск подпольной газеты «Бакинский пролетарий». А когда руководитель Бакинского комитета П.А. Джапаридзе вынужден был в конце августа покинуть Баку, руководство комитетом перешло к Джугашвили. В октябре Джапаридзе был арестован на своей квартире, а находившиеся там Джугашвили и Орджоникидзе сумели скрыться.

Между тем в Тифлисе 12 августа 1909 года, немного не дожив до 60 лет, тихо скончался от цирроза печени отец Сталина Бесо Джугашвили. Его похоронили на общественный счет, никого из родственников на похоронах не было. Коба о смерти отца тогда так и не узнал. Лишь через 20 лет ему рассказал об этом сапожник Ягор Незадзе.

Уже в феврале 1910 года Сталин был намечен в центральное руководство РСДРП. Тогда было создано Русское бюро партии. Туда намечалось включить В.П. Ногина, И.Ф. Дубровинского, Р.В. Малиновского, Сталина и В.П. Милютина. Как вспоминал М.И. Фрумкин, «Сталин был нам обоим известен как один из лучших и более активных бакинских работников. В.П. Ногин (приехавший из-за границы. – Б. С.) поехал в Баку договариваться с ним». Однако между Кобой и другим руководителем Бакинского комитета Кузьмой возник конфликт, поскольку Коба неосновательно обвинил ряд соратников в провокации. Кузьма – секретарь Союза нефтепромышленных рабочих Сергей Дмитриевич Сильдяков, год спустя эмигрировал в США. Но тогда он грозил расколом бакинской организации и грозился присвоить 150 рублей, данных ему на устройство типографии. В условиях острого конфликта с включением Сталина в состав Русского бюро решили повременить. А тут вопрос отпал сам собой благодаря жандармам.