Так, несмотря на все интриги, императрице не удалось, в сущности, наложить руку на папский престол.

Однако Феодора никому не позволяла безнаказанно играть собою. Как раз в это время она доказала на деле, как опасно лицемерить с ней. У нее был некогда друг Арсений, человек невысокого разбора, принадлежавший к секте самаритян. Императрица обогатила его, сделала его сенатором. В момент возмущения самаритян в Палестине она охотно поддавалась его наветам на православных. Но Арсений изменил впоследствии тактику, примкнул к православным и, желая угодить императору, в бытность свою в Александрии, старался всеми силами способствовать Халкедонской реакции, во главе которой стоял патриарх Павел, преемник Феодосия. Конечно Феодора возмутилась поведением Арсения и дала ему это почувствовать. Оппозиция со стороны монофизитов не утихала в Египте. Арсений переусердствовал. Он убедил Родона, императорского префекта, казнить без суда одного из главнейших противников патриарха. Это был незаконный поступок; утонченная жестокость, с какой он был приведен в исполнение, еще усиливала ужасное впечатление. Императрица не преминула воспользоваться удобным случаем, чтобы отомстить. Арсений и Родон были арестованы, осуждены и казнены, а имущество их конфисковали. Патриарх Павел, несмотря на все его протесты, был обвинен в соучастии и предан синодальному суду. Императрица могла гордиться собою: одним ударом она низвергла ненавистного монофизитам патриарха, показала, как опасно было слишком ревностно защищать интересы православия, даже по приказанию императора, и подвергла наказанию изменившего ей друга. Вигилию также скоро довелось считаться со страстной ненавистью Феодоры и вероломный папа может быть не раз раскаялся в том, что обманул надежды Феодоры.

Наступали дни, когда, благодаря заботам императрицы, монофизитская церковь начинала возрождаться. Уже придворное духовенство в угоду императрице отыскивало почву, на которой оно могло столковаться с еретиками. Так Феодору Аскидасу, епископу, удалась отыскать среди текстов, одобренных Халкедонским собором, три пункта, Извлеченных из несторианского еретического учения, крайне ненавистного для монофизитов. Обрадованный этим открытием, с помощью которого он хотел подставить ловушку своему влиятельному врагу, нунцию Пелагию, он обратился к Юстиниану и, играя на его слабой струне, страсти к теологическим спорам, просил его рассмотреть дело. Он указывал императору, что на этой почве можно найти средство рассеять предубеждения монофизитов, и что собор, таким образом пересмотренный, может быть принят всеми. Юстиниан, который возвращался тогда под влияние Феодоры, к политике умиротворения дал уговорить себя; еретики в восторге от того, что пересмотр собора нанесет непоправимое поражение делу св. папы Льва, готовы были все, даже самые непримиримые, подать руку православным. Обсуждение «Трех глав» началось.

Тут Феодора опять принялась за Вигилия. Папа приглашен был дать свое показание относительно эдикта, которым император осудил «три пункта», и чтобы заставить его высказаться в благоприятном смысле, Юстиниан обошелся с ним довольно грубо. 22 ноября 545 года, в то время как папа служил мессу в базилике св. Цецилии в Транстевере, церковь была внезапно оцеплена солдатами, Начальник стражи, посланный императором, вошел в алтарь и приказал папе немедленно следовать за собою. Еще присутствующие не успели прийти в себя, когда Вигилий был арестован и поспешно посажен на корабль, дожидавшийся его на Тибре. Толпа на берегу тем временем увеличивалась. Верующие, последовавшие за папой, встретили его арест жалобными криками, и толпами подходили под благословение. С палубы корабля Вигилий произнес молитву. «Аминь!» — воскликнул народ. Тем временем императорский чиновник торопил с отъездом и скоро корабль начал спускаться вниз по реке. Тогда толпа, среди которой находилось много недругов папы, разразилась свистом и проклятиями. В корабль, полетели камни и палки. «Смерть тебе, горе тебе, из-за тебя страдают римляне! — кричал народ. — Да погибнешь ты там, куда тебя увозят!» Наконец корабль, уносимый течением, скрылся из глаз. Вигилий достиг порта, а оттуда поплыл в Сиракузы.

Рассказывали, что это похищение папы устроено было по наущению Феодоры. «Арестуй Вигилия, — написала она своему послу, — где бы ты его ни нашел, и привези в Византию, или ответишь своей головой». Как бы там ни было, ясно одно: папа, опасаясь мести Феодоры, надежды которой он обманул, не имея также никакого желания попадаться в теологическую ловушку, приготовленную ему в Византии, не особенно торопился в Константинополь. Он прибыл туда две недели спустя после ареста 25 января 547 года. За это время он успел хорошенько поразмыслить о положении дел, собрался с духом, сознавая, что весь Запад на его стороне, и явился далеко не с теми мыслями, каких ожидали от него в Византии. Как некогда Агапит, он отказался завязать сношения с патриархом Менасом и даже отлучил от церкви его и его партию. Но скоро он начал сдаваться: вспомнив о данных им обязательствах, уступая настояниям императора и энергии Феодоры, польщенный почестями, которые оказывали ему члены придворного духовенства, он пришел к убеждению в возможности исключить «три пункта». В начале июня он в угоду императрице примирился с патриархом и сделал еще более важный шаг. Ему доказали, что он может окончательно осудить три пункта, не касаясь собора. Папа, несмотря на угрозы, упрямо отказывался все время подписать императорский эдикт, заявляя, что преемник св. Петра не может ограничиться смиренным скреплением указов императора, относящихся к делам веры, но зато он обязался самостоятельно произнести в присутствии Феодоры и Юстиниана осуждение трех пунктов и в залог исполнения своего обещания вручил Юстиниану и Феодоре две соответствующего содержания бумаги, собственноручно им подписанные. И, гордясь благополучным разрешением затруднительного вопроса, довольный возможностью подать решающий голос в таком важном деле, воображая, что, благодаря своей мудрости, он способен водворить вечный мир в церкви, он грубо оборвал своих советников, предостерегавших его, и накануне Пасхи 548 года издал свой указ. Подтверждая незыблемость авторитета Халкедонского собора, он подвергал несомненному осуждению «три пункта». Это был последний триумф Феодоры. Накануне своей смерти она могла надеяться, видя унижение папы и возрастающие успехи монофизитской церкви, на то, что отомстила за свое поражение 536 года, наказала Вигилия за предательство и довела до конца принятую на себя задачу в деле религиозной политики.

Церковь не простила Феодоре ни грубого низложения папы Сильвера, ни преданности монофизитскому учению, ни насильственных мер, к которым она прибегала, чтобы наказать своих духовных противников и, в особенности, папу Вигилия.

Ей приписали даже много лишнего, в чем Она была решительно не виновата, например, дурное обращение с папой Вигилием, которому он подвергся после смерти Феодоры. Из века в век духовные историки осыпали хулами и проклятьями имя Феодоры, и в их выходках по отношению к ней есть даже немало комизма; так они называли жену Юстиниана второй Евой, слишком доступной соблазну змия, новой Далилой, Иродиадой, упившейся кровью святых мучеников, исчадьем ада, обуреваемой всю жизнь духом зла, подругой сатаны…

Без сомнения, она слишком настойчиво и страстно приводила в исполнение свои намерения, не отступая перед холодной жестокостью и насилием, но, с другой стороны, она смотрела на вещи здраво, хорошо понимала государственные нужды и служила им с энергией и умом настоящего общественного деятеля.

Сложная политика, в которой она заставила принять участие Юстиниана, была в то время настоятельной необходимостью и она с достоинством и проницательностью служила ей, как и подобает истинному правителю обширной страны.

29 июня 548 года Феодора скончалась.

Отдавая последний долг усопшей, толпа придворных и сановников собралась вокруг нее в последний раз в священном дворце. Согласно церемониалу, набальзамированное тело императрицы выставлено было в триклиниуме. На парадном золотом ложе она покоилась, одетая в пурпур, увенчанная короной; на лице ее смерть еще не успела оставить заметных следов. Более бледная, чем обыкновенно, она, казалось, спала. Вокруг высокого катафалка, на котором блестели драгоценнейшие царские регалии, горели на колоннах тысячью огней высокие драгоценные подсвечники. Воздух был пропитан запахом курений, восковых свечей, бальзамических трав. У ног последнего ложа императрицы толпились евнухи, горько плакали женщины свиты.