Когда в 536 году папа Агапит неожиданно скончался в Константинополе, Феодора составила смелый план воспользоваться вакантным папским престолом. В Византии жил с некоторых пор, в качестве папского нунция, некто Вигилий-дьякон. Это был честолюбивый и весьма свободных убеждений человек, способный на всевозможные компромиссы, лишь бы только достигнуть цели. Происходя из важного сенаторского рода, он уже не раз пытался овладеть троном св. Петра и добился, чтобы папа Бонифаций объявил его своим преемником. Но встретив сильное сопротивление со стороны римского духовенства, он должен был отказаться от своих планов и перенес свои надежды на Византию. Отправленный в Константинополь для дипломатических переговоров, он употребил всю свою ловкость, чтобы вкрасться в доверие Феодоры. Когда императрица, взбешенная тем, что должна была уступить настояниям Агапита, решила провести в Рим угодного ей папу, способного жить в мире с монофизитами, Вигилий, хорошо принятый при дворе, готовый на все, лишь бы добиться осуществления своих честолюбивых планов, показался ей как нельзя подходящим к той роли, которую она хотела поручить ему.

Вигилий и Феодора сразу поняли друг друга. Императрица предложила нунцию вакантный папский престол; он обещал в свою очередь, что в случае его назначения он отдает себя вполне в распоряжение Феодоры. Рассказывали, что он обещал отменить постановление Халкедонского собора, вернуть патриарший, престол Антиму, списаться с главными вождями монофизитского движения Феодосием и Севером, чтобы объявить им о своей с ними солидарности. Рассказывали также, что Феодора подкупила Вигилия. «Для того, кто хоть несколько знаком был с Вигилием, не может быть ни малейшего сомнения в его готовности обещать все», — говорит один из современных историков. Вигилий поспешно уехал в Рим, увозя с собою письма Велизарию и Антонине, содержавшие в себе некоторые распоряжения императрицы, которые рекомендовалось исполнить без всяких возражений. Очевидно в деле избрания нового папы Юстиниан предоставил полную свободу действий Феодоре, счастливый тем, что может смягчить таким образом понесенное ею поражение, а втайне, может быть, надеясь водворить с помощью нового папы единство в церкви, примирив Запад с Востоком.

Пока все это происходило в Византии, события в вечном городе шли своим чередом. Хотя Велизарий успел уже высадиться в это время в Италии, Рим находился еще в руках остготов. Король Феодот, сознавая, как важно было заручиться в это время содействием папы, назначил в это время для выборов нунция Сильвера, предполагая, что последний будет отстаивать его интересы. И, когда Вигилий прибыл в Италию, место, к которому он так стремился, было уже занято. Чтобы взойти по желанию Феодоры на папский престол, следовало предварительно столкнуть оттуда Сильвера. Это было делом не легким, тем более, что, желая заручиться расположением Константинополя, новый папа первым делом призвал в Рим императорские войска и сдал им вечный город в 536 году.

Вигилий был сражен. Феодора выказывала неудовольствие. Так как было все равно, кто сидел на папском престоле, она попыталась добиться от Сильвера тех уступок, на которые соглашался Вигилий: она обратилась к нему прежде всего с просьбой возвратить патриархат Антиму. Сильвер решительно отказал. Тогда императрица решила действовать. Велизарию послан был энергичный приказ низложить Сильвера и посадить на его место Вигилия. Полководец медлил; это поручение сильно не нравилось ему. Но Антонина, желавшая во что бы то ни стало угодить Феодоре, сумела убедить его исполнить желание императрицы и честолюбивый Вигилий, увивавшийся около Велизария, пустил в дело не менее веские аргументы. Он обещал денег и так как, кроме того, поступать против воли императрицы было не безопасно, Велизарий принял участие в заговоре против папы.

В это время остготы, под предводительством короля Витигеса, осадили Рим. Велизарий должен был защищать его едва с пятью тысячами человек, укрывшихся за плохо возобновленными укреплениями, среди возмущенного населения, неохотно переносившего ужасы осады. Когда ему принесли подложные письма папы, в которых Сильвер предлагал открыть готскому королю Азинариарские ворота — Велизарий сначала смутился. Однако он скоро убедился в том, что представленные ему документы фальшивые, и, сжалившись над своей жертвой, попытался с согласия Антонины спасти Сильвера. Он сказал ему о необходимости предложить Феодоре условия, исполнение которых она ждала от Вигилия, и ускользнуть таким образом от ожидавшей его участи. Сильвер, не забывая, что он является охранителем православия, мужественно отказал.

Чтобы снять с себя подозрения в предательстве, Сильвер переселился из находившегося у ворот дворца Латрана на Авентинский холм в церковь св. Сабины. Туда послал за ним Велизарий, дав ему торжественное обещание, что с ним не сделают ничего дурного. Несмотря на опасения своих приближенных, не доверявших греку, Сильвер отправился на свидание с Велизарием во дворец Пингио и, действительно, вышел оттуда невредимым. Но спустя несколько дней папу вторично вызвали к полководцу. На этот раз встревоженный первосвященник сначала отказался покинуть церковь, служившую ему убежищем. Наконец он решился и в сопровождении многочисленной свиты отправился, поручив Господу свою душу. По прибытии во дворец Велизария папа был немедленно разлучен со своими спутниками, и вошел во внутренние покои только в сопровождении Вигилия. Тут ему представилось странное зрелище. Антонина, небрежно полулежавшая на диване, похожая на императрицу, принимавшую подданного, обратилась к нему со словами: «Скажите, ваше святейшество, что мы такое сделали, что вы собираетесь предать нас готам?» Вся эта сцена разыгралась в присутствии Велизария, который сидел у ног Антонины в позе послушного раба. Неизвестно, что отвечал папа. Факт тот, что он был лишен своих папских одежд и облечен в монашеское платье. К свите его вышел один из слуг Велизария и объявил: «Папа низложен и постригается в монахи». Среди всеобщей растерянности Вигилий на следующий же день был избран в папы под давлением Византии.

Несчастный Сильвер был изгнан и уже не вернулся в вечный город. Был момент, когда Юстиниан, ужаснувшись преступления, совершенного над святым отцом, хотел отдать его было на рассмотрение суда и водворить его на престол, если он окажется невиновен. Он приказал вернуть Сильвера в Рим и растерявшийся Вигилий уже начинал дрожать за свою судьбу. К счастью для него Антонина, все еще действовавшая в пользу Феодоры, убедила Велизария выдать страже Вигилия его несчастного предшественника. Водворенный на острове Пальмариа, Сильвер, измученный нравственно, скоро умер.

Казалось, императрица добилась своего, посадив в Риме преданного ей папу. Но достигнув венца своих желаний, Вигилий изменился. Несмотря на советы Антонины, несмотря на внушения Велизария, он пытался увильнуть от своих обещаний. Враги его утверждают, что в конце концов он все-таки сдался и написал письмо вождям монофизитов Феодосию, Антиму и Северу, в котором вполне присоединялся к их верованиям. Однако, документ этот остался под большим сомнением, и в официальных бумагах, адресованных папой императору и патриарху Менасу, приводятся совершенно другие мысли. Счастливая случайность избавила Вигилия от необходимости подчиниться желанию императрицы. Италия, опустошенная войной, требовала усиленного внимания к себе и папе было не до теологических споров. Признание всем западом символа веры Халкедонского собора, связанного с именем св. папы Льва, оправдывало с другой стороны колебания Вигилия.

Феодора сама поняла, казалось, опасность, которую представлял слишком резкий образ действий, и доверяя Вигилию, спокойно ждала, пока представится удобный случай для проведения в жизнь ее намерений. Что касается Юстиниана, находившегося тогда под сильным влиянием нунция Пелагия, он не имел никакого желания покровительствовать монофизитам. Вигилий мог таким образом, не ссорясь с императрицей, по-прежнему служить православной церкви.