Исходя из данных современной ему науки, Прокопович не мог не рассматривать поклонение мощам, иконам, веру в чудеса как суеверие, возникающее вследствие темноты и невежества. «Когда нет света учения, — писал он, — нельзя не быть нестроению и многим смеха достойным суевериям» (10, 74). К числу этих суеверий он относит прежде всего принятую как в католической, так и в православной церкви веру в чудодейственность священных реликвий, к которым причисляет и мощи святых. «Это правда, — говорит Прокопович о католической церкви, — реликвий у них даже слишком много, но в действительность их пусть верит кто угодно, только не я… Тело первомученика Стефана находится в Венеции, но то же самое тело есть и в Риме, тело Дионисия Ареопагита с головою — в Регенесбурге, а одна голова — в Галлии. Голова Иоанна Златоуста показывается в Риме в Ватиканской базилике, но голову того же святого несколько лет тому назад монахи афонского Ватопедского монастыря принесли в Москву, за что получают и доныне определенное подаяние… Мозг св. Петра показывался в Женеве, а после оказался куском пемзы или глины… Удивительное дело! — восклицает Феофан. — Если бы великий мифический Герион, имевший три тела, был раздроблен на части, то и тогда бы этих частей не хватило бы для наполнения стольких мест» (54, 1201–1202). Феофан считает необходимым воспитывать детей в духе критического отношения к мощам, чудесам и т. п.

Известно, что одним из главных требований западноевропейских реформаторов, отражавших интересы идущей к своей революции буржуазии, было упрощение и удешевление церковной обрядности. Это экономическое требование идеологически оформлялось в соответствии с развитием науки и просвещения. Поскольку на основе раскрытия естествознанием законов природы полностью или частично отрицались чудеса, то отсюда выводилось упразднение многих церковных церемоний, обрядов, служб. Прокопович относится к церемониям и обрядам принципиально так же, как и реформаторы, т. е. критически. Он пишет специальное сочинение, направленное против отяготительных обрядов греческой и римской церкви. Вместе с тем критика им церковных обрядов преследовала и другие цели. Она была направлена против унии и против раскольников, наконец, на защиту и обоснование новых светских обычаев и установлений, вводимых государственной властью в России, и прежде всего Петром I.

Из «обличения» его Маркеллом Родышевским узнаем мы, что литургию, исповедь «ко уху», каноны, крестное хождение, водосвящение, гимны, церковное пение Феофан считал совершенно ненужным делом. Особенно не любил он пение монахов, называя его «бычьим ревом». Поклоны, умерщвление плоти, посты, по его мнению, не приносят никакой пользы, но только вред душе и телу. Елеосвящение больного, панихиды, поминание мертвых Прокопович считал бесполезным бредом, основанным на невежестве и суеверии. «За мертвых, де, богу молиться отнюдь не надлежит и весьма де суеверно и сие, де, вымыслили попы для своего наживу» (81, 7).

Будучи стесненным своим общественным положением, Прокопович имел относительно ограниченные возможности для официальной критики православной церкви, ее обрядов и церемоний. Поэтому в написанных им анонимных сочинениях он предпочитает выступать от лица протестанта.

Социальной силой, с которой Прокопович связывает невежество и суеверие, веру в чудодейственную силу икон, мощей, пустых обрядов, является духовенство. Называя его представителей лицемерами и «недоученными латынщиками», Феофан показывает, что именно они «видения сказуют, аки бы шпионами к богу ходили, притворныя повести, то есть бабия басни бают, заповеди бездельныя, хранения суеверныя кладут и так безстыдно лгут, яко стыдно бы воистинну и просто человеком, не точно честным нарещися тому, кто бы так безумным расказщикам верил…» (45, ч. II, 16).

Мысль о борьбе просвещения с невежеством, защищаемым духовенством, проходит через все произведения мыслителя. К ней он обращается и в своем лекционном курсе, прочитанном в киевской академии, особенно в «Риторике». Рассматривая и высмеивая различного рода чудеса, описанные историками церкви, и деяния святых, Прокопович замечает, что «именно выдающиеся проповедники, когда уже ничего другого не могли сделать, стремились запугать народ вымышленными ужасами» (55, 150 об.). В этом же лекционном курсе Феофан предпринимает весьма смелую для того времени попытку морального развенчивания церковников — сторонников невежества и суеверия, изображая их как лицемеров, обманщиков, обжор, пьяниц, развратников. Та часть риторики, где речь идет преимущественно о католическом духовенстве и иезуитах, позже была доработана автором и издана под названием «Описание иезуитов»(«Descriptio iesuitarum») (57). В этом произведении Прокопович обличает методы деятельности иезуитов по насаждению унии, по вербовке верующих, вскрывает их обманные способы фабрикации чудес.

Особую остроту идея борьбы просвещения с невежеством приобретает в «Духовном регламенте», в котором она «превратилась в страстный сатирический памфлет против невежественного духовенства и в не менее страстный гимн просвещения» (90, 390). Характеризуя церковника — реакционера и невежду, Прокопович уподобляет его саранче, которая имеет большое чрево и малые крылья. «Слуги архиерейские обычно бывают лакомые скотины», говорит Феофан, и при наездах они «как татаре на похищение устремляются» (10, 70). Подобными мотивами пронизано и большинство сочинений ближайших единомышленников Прокоповича — Антиоха Кантемира и Василия Татищева, которые, как и Феофан, выступали горячими сторонниками просвещения, врагами невежества и суеверия, но так же, как и он, еще не дошли до отрицания с позиций науки религии вообще.

В основе этической концепции Прокоповича лежит понятие о человеке как микрокосмосе. «Он, — пишет Феофан о человеке, — есть сокращенная часть этого видимого и невидимого мира, ибо имеет в себе что-то и от телесной неодушевленной, и от живой материи, и от чувственного человеческого элемента… поэтому верно назвали его древние философы микрокосмом, т. е. малым или взятым в уменьшенном виде миром» (61, 161 л.). Идущее от античности через средневековье, это представление получает как бы новую жизнь в эпоху Возрождения. Направленное против свойственного теологическому мировоззрению разрыва земного и небесного, против принижения человеческого и возвышения божественного, оно привлекало внимание к человеческим делам, отношениям, чувствам, представляя их как целый мир, в котором человек сам выступает кузнецом своего счастья. Широкое распространение этого представления в отечественной философии относится к концу XVI — началу XVII столетия.

Человек Прокоповича еще абстрактен, его неизменная сущность не выводится из совокупности общественных отношений, но дается богом и природой. Однако этот «человек вообще» уже совершенно определенно не только аристократ — нравственный идеал уходящего феодального уклада, но и горожанин, купец, заводчик, ученый, дипломат. Этот человек уже не раб и не червь даже перед лицом божества, он полон достоинства и сознания своей значимости во Вселенной. Вслед за Джаноццо Манетти и Джовани Пико делла Мирандола подчеркивая величие и достоинство человека, Феофан говорит о его бесконечном совершенстве: «Все достоинства, по частям разделенные в природе, в нем одном сосредоточились, и он является как другой, если не величиною, то полнотою совершенств равный целой природе» (46, 183). Нельзя не заметить, что здесь Прокопович как бы возвращает атрибуты бога человеку, атрибуты, которые ранее были отчуждены от него и обожествлены, ибо быть полнотою совершенств — это качество в христианском вероучении принадлежит одному богу.

Человек Прокоповича не только равен остальной природе, но и превосходит ее, подчиняя себе ее стихийные силы, приручая диких животных. Но то, в чем человек превосходит животных и что выступает как средство его господства над ними, — это его руки, труд, разум. Однако положение, что труд выделил человека из остальной природы, дал ему власть над ней, остается неразвитым в произведениях Прокоповича, что закономерно вытекает из характера современной ему философии, в которой преобладало изучение гносеологического отношения человека к природе, а не ее практического преобразования, т. е. творения мира человеком. Как и другие идеалисты, основное отличие человека от животных мыслитель видит в разуме. «Человек, — пишет Феофан, — которому естество не дало великой силы, да скудость тую умом наградило, земных и водных зверей, величиною и силою без меры его превосходящих, побеждает…» (45, ч. II, 57).