Японский флот уходил на запад, тяжелые облака низко висели над морем, над водой клубился призрачный туман. На «Ямато» адмирал Ямамото отдал распоряжение не искать виновных в катастрофе среди 1-го авианосного соединения или в отряде подводных лодок. «Я один должен нести ответственность за поражение при Мидуэе», — твердо заявил он. И он сдержал свое слово. Он оставил адмирала Нагумо на посту командующего 1-м ударным авианосным соединением и дал ему возможность восстановить свою репутацию.
Настроение команды на борту «Нагара» улучшилось, когда на крейсер поступил приказ возвращаться в Японию вместе со штабом Нагумо, чтобы тот мог немедленно приступить к выработке плана реорганизации. Но когда крейсер прибыл в Куре, разрешения сойти на берег никому, даже капитану, не дали, все контакты с берегом были запрещены. Около 500 раненых, включая Футиду, по существу, тайком перевезли в портовый госпиталь, где они были изолированы от внешнего мира. Правительство решило не сообщать стране правду о сокрушительном поражении Японии.
Для японцев легенда о непобедимости умерла при Мидуэе. 1-е ударное авианосное соединение — меч Ямамото и гордость нации — было сломлено. И японский флот теперь узнал, что американцы способны бросить в бой преданных офицеров и матросов, как и их собственные, и столь же решительных и расчетливых адмиралов.
Американцы не питали иллюзий, что сражение при Мидуэе открыло путь к легкой победе. «Пирл-Харбор частично отмщен», — заявил Нимиц в своем первом коммюнике о битве. — «Возмездие не будет полным, пока японская морская мощь не будет сведена на нет. Мы достигли существенного прогресса в этом направлении».
Нимиц и Спрюэнс реалистично оценивали положение. Ни тогда, ни позже они не стали жертвами самоуверенности, которая захлестнула японцев. «Мидуэй для нас в то время означал отправную точку, откуда мы начнем тяжелую, ожесточенную войну против японцев», — заявил Спрюэнс.
«После Мидуэя у нас не было ощущения, что мы выиграли войну», — подчеркнул Нимиц. — «Безусловно, во многих отношениях это был важный переломный момент, но нам по-прежнему противостоял упорный противник и предстояло выполнить трудную работу».
Тем не менее характер войны внезапно изменился. «Это сражение привело к необычно быстрой перемене фортуны, известной в военно-морской истории», — писал известный историк Бэзил Лиддел Гарт. Наступление Японии закончилось, ее военно-морской флот утратил свое господство в центральной части Тихого океана, ее мечты о создании гигантской империи были разбиты. В сражении при Мидуэе Соединенные Штаты захватили инициативу и на протяжении трех мучительных лет войны, которые лежали впереди, ни разу не выпустили ее из рук.