Выйдя 14 июля из Кронштадта, флот беспрепятственно дошел до Гангута, откуда выходил в крейсерство, причем были взяты 5 шведских транспортов и конвоировавший их бриг. Из Гангута Ханыков перешел к Юнгфрузунду; между тем к шведам присоединились два английские корабля, и соединенный неприятельский флот вышел из шхер; тогда Ханыков, не считая возможным вступить с ним в бой в открытом море и вдали от своих гаваней, уклонился от принятия сражения и, преследуемый неприятелем, удалился со всем флотом в Балтийский порт. При этом отставший корабль Всеволод, обходя риф у острова Малый Роге, встал на мель и в виду нашего флота, после сильного сопротивления, взят был англичанами на абордаж и сожжен. В октябре месяце, по удалении блокирующей Балтийский порт неприятельской эскадры, флот наш перешел в Кронштадт.

Адмирал Ханыков, отданный под суд, признан был виновным «в недостаточно бдительном наблюдении за шведскими судами в Юнгфрузунде, в допущении английским кораблям присоединиться к шведской эскадре, в непринятии сражения, поспешном уходе в Балтийский порт и в неподании помощи кораблю Всеволод». Адмиралтейств–коллегия, приписывая поступки адмирала «его оплошности, слабости в командовании, медленности и нерешительности», приговорила написать его на месяц в матросы.

На приговор коллегии о разжаловании адмирала состоялось повеление Александра I о предании забвению суда, производившегося над адмиралом Ханыковым, «во уважение прежней его службы». Потерей Всеволода не ограничились неудачи этой кампании. Два фрегата, Герой в Балтийском порте и Аргус близ Ревеля, стали на мель и разбились; кроме того, посланные в 1807 году с деньгами и вещами для эскадры Сенявина фрегат Спешный и транспорт Вильгельмина, зашедшие в Портсмут, по объявлении войны с Англией, захвачены были в плен.

Яркой противоположностью этим неудачам корабельного флота был славный подвиг лейтенанта Невельского, командира 14–пушечного катера Опыт. Посланный для наблюдения за английскими крейсерами, вступившими в Финский залив, Опыт во время пасмурности, 11 июня, сошелся у Наргена с английским 50–пушечным фрегатом. Несмотря на неравенство сил, Невельский вступил в бой со своим противником, требовавшим сдачи. Стихнувший во время сражения ветер дал возможность катеру, при усиленной гребле, удалиться от неприятеля; но при нашедшем порыве ветра фрегат скоро догнал катер и открыл по нем огонь. В продолжение четырех часов Невельский храбро отбивался от своего грозного противника и принужден был сдатъся только тогда, когда катер, при сильно избитом рангоуте, получил значительные повреждения в корпусе; из числа команды много было убитых и почти все, включая и самого командира, переранены. Овладев катером, англичане, в уважение блистательной храбрости русских, освободили от плена Невельского и всех его подчиненных.

В начале зимы 1808 года, когда вся Финляндия была уже занята нашими войсками, для принуждения Швеции к миру решено было, пользуясь замерзанием Ботнического залива, перенести военные действия в самую Швецию. С этой целью из Або, Вазы и Улеаборга отправились 3 отряда; первый, овладев Аландскими островами, захватил до 2000 пленных и много судов и, перейдя Аландский пролив в самом узком месте у крайнего острова Сингельшера, прибыл в местечко Гриссельгамн на шведском берегу. Второй – с страшными трудностями перешел Кваркен и занял Умео. Третий – пошел берегом к Торнео и заставил сдаться встреченный шведский 7–тысячный корпус.

После открытия навигации продовольствие нашим войскам, находящимся в Швеции, доставлялось через Ботнический залив из Финляндии на купеческих судах, для охранения которых из Або отправлены были в Кваркен фрегат Богоявление и два брига. Но вскоре явился туда сильный отряд шведских судов, заставивший наши суда удалиться. При этом фрегат Богоявление, под командой капитан–лейтенанта Менделя, был атакован двумя неприятельскими фрегатами, и после продолжительной перестрелки шведы принуждены были отступить.

Корабельный наш флот, весной 1809 года находившийся в Кронштадте, готовился к отражению нападения англичан, блокировавших все наши порты. Английские крейсеры особенно старались препятствовать движению наших судов в финских шхерах, и для захвата транспортов и их конвоиров посылали в шхеры свои вооруженные барказы. В продолжение июня и июля месяцев на таких барказах они несколько раз производили нападение в Аспенских шхерах у Питкопаса и Поркалаута, причем мы потеряли потонувшими и взятыми в плен до 18 лодок, иол и транспортов; но и англичане лишились барказов.

Одной из более выдающихся стычек было нападение в Аспенских шхерах 19 английских барказов, вооруженных гаубицами, на отряд из 4 канонерских лодок, бывших под начальством мичмана Коробки. Отряд этот, имевший около 150 человек сухопутного десанта, шел с провиантом в Роченсальм. При начале боя одна лодка успела скрыться в шхеры, а три остальные, несмотря на огромное неравенство сил, в продолжение 2 1/2 часов отбивались от англичан и сдались только тогда, когда кроме семи человек были все переранены и часть убита.

В том же 1809 году английские крейсеры заходили к нашим северным берегам, но действия их ограничились разорением нескольких рыбацких пристанищ и нападением на беззащитный город Колу, где они опустошили винный магазин и захватили несколько купеческих судов. Но такие захваты не всегда были удачны для неприятеля. Так, например, осенью 1810 года близ Нордкапа англичане, завладев судном мещанина Герасимова, отправили его со своей командой в Англию, но на пути Герасимов, воспользовавшись оплошностью англичан, запер их в каюте и, приведя судно в Колу, сдал своих победителей пленными.

Война со шведами окончилась 3 сентября 1809 года заключением в Фридрихсгаме мирного трактата, по которому Россия приобрела всю Финляндию с Аландскими островами и восточную часть Западной Ботнии до рек Торнео и Муонио. Причем Швеция обязалась заключить союз с Францией и Данией и приступить к континентальной системе. Хотя английский флот тогда же оставил Балтийское море, но неприязненные отношения Англии с Россией окончились только в 1812 году заключением трактата в городе Эребро.

В Отечественную войну 1812 года вооружались все годные к плаванию суда Балтийского флота и употреблялись – гребной флот для содействия сухопутным войскам при защите и освобождении от неприятеля наших западных границ и при осаде Данцига, а корабельный, вместе с англичанами, в продолжение войны с французами действовал у берегов Голландии, а по окончании военных действий перевозил в Россию наши войска, бывшие за границей.

В 1812 году для защиты Рижского порта там находился отряд гребного флота под командой контр–адмирала А. В. Моллера, впоследствии бывшего морским министром, а оттуда высылались крейсеры для наблюдения за движением неприятеля; а состоявшие при отряде мелкие суда содействовали нашим войскам при переправе через реки. При отступлении же французов отряд гребной флотилии, преследуя их по реке Аа до Митавы, овладел этим городом.

Осенью 1813 года 76 судов гребного флота, под начальством контр–адмирала Грейга, содействовали сухопутным войскам, осаждавшим, под начальством принца Александра Виртембергского, занятый французами город Данциг. Блокируя в продолжение всего лета устья Вислы, обстреливая и бомбардируя защищавшие вход в реку укрепления Вексельмюнде и Нейфарвассер, флотилия, состоявшая из канонерских лодок и бомбардирских судов, в числе которых было одно и английское, три раза, 21 и 23 августа и 4 сентября, подходила на возможно близкое расстояние к крепостям и открывала сильные и продолжительные канонады, наносившие значительный вред неприятелю и ускорившие сдачу самого города, происшедшую 13 ноября. Под Данцигом, кроме незначительного числа убитых и раненых, флотилия потеряла две канонерские лодки, погибшие от взрыва их крюйткамер. Опасное положение флотилии, державшейся на открытом Данцигском рейде, при осенних бурях, заставило ее несколько ранее сдачи Данцига перейти на зимовку в Кенигсберг.