По возвращении в Бокка–ди–Катаро, адмирал нашел там присланный из Балтийского моря для усиления его эскадры отряд из 8 судов (5 кораблей, корвет, шлюп и катер) под начальством капитан–командора Игнатьева и, получив известие о разрыве с Турцией, поспешил собрать свои силы к Корфу.

Инструкцией морского министра Сенявину предписывалось, при содействии находящейся в Архипелаге союзной английской эскадры, прорваться через Дарданельский пролив и сделать нападение на столицу Турции. Оставив в Корфу для защиты Ионических островов часть сухопутных войск и несколько судов и у берегов Далмации и Катарской области крейсерские отряды под командой капитан–командора Баратынского, которого главное местопребывание назначил на островах Курцало и Браццо, Сенявин 10 февраля 1807 года вышел из Корфу к Дарданеллам с эскадрой из 10 судов (8 кораблей, фрегат и шлюп), на которой находился десант: два батальона сухопутных войск и около 300 стрелков. Греки присоединили к эскадре Сенявина до 20 хорошо вооруженных судов, имевших от 10 до 26 пушек. Находясь при нашей эскадре, суда эти, принося значительную пользу, исполняли поручаемую им службу с полной готовностью и усердием. Сенявин объявил в прокламации жителям Архипелага, что они приняты под покровительство России, а порты на материке и большие острова, как Кандия, Негропонт, Хио и другие, занятые турецкими гарнизонами, признаны неприятельскими.

При соединении с английской эскадрой у острова Тенедоса адмирал узнал, что англичане только три дня как возвратились из Константинополя. Начальствующий их эскадрой вице–адмирал Дукворт, по требованию английского посланника в Турции Эрбутнота, не дождавшись прибытия Сенявина, с небольшой потерей (до 40 человек убитых и до 100 раненых) прошел Дарданеллы, при выходе в Мраморное море уничтожил 13 турецких судов (1 корабль, 4 фрегата, 4 корвета, 1 бриг и 3 канонерских лодки), стоявших у Нагара—Бурну, и явился в Константинополе перед стенами сераля.

Эрбутнот потребовал высылки из столицы агента Наполеона генерала Себастьяни, возвращения удалившегося русского посла Италийского, возобновления трактатов, заключенных Турцией с Англией и Россией, и свободного прохода через проливы английским кораблям. Вместо настоятельного требования немедленного ответа, под угрозой бомбардировки города, как сделал Сенявин в Триесте, Эрбутнот, удалив эскадру к Принцевым островам, вступил в переговоры, затягиваемые умышленно турками. Между тем, по совету Себастиани, спешно вооружались укрепления столицы и Дарданелл, и по прошествии десяти дней, проведенных в переговорах, английский адмирал должен был думать уже не о нападении на столицу, а о спасении своей эскадры и торопиться возвращением в Архипелаг. Турки так успешно сумели воспользоваться недогадливостью англичан, что теперь, при обратном проходе Дарданеллами, эскадра потеряла уже до 600 человек убитыми. После такой неудачи Дукворт, несмотря на настоятельные представления Сенявина, не соглашался возобновить попытку прорыва через Дарданеллы, хотя наш адмирал уже не требовал содействия всей английской эскадры, а просил только нескольких из ее судов.

Отказ Дукворта заставил Сенявина ограничиться исключительно тесной блокадой Дарданелл. Для чего он, чтобы иметь удобную и близкую к проливу стоянку для судов эскадры, решился занять остров Тенедос. По обстреливании с судов берега и крепости, последняя, после упорного сопротивления, 1 марта сдалась свезенному десанту.

Для отнятия Тенедоса из Дарданелл вышел турецкий флот (8 кораблей, 6 фрегатов, 6 легких судов и 50 лансонов и канонерских лодок), несравненно сильнейший эскадры Сенявина (10 кораблей и фрегат). Начальствовал флотом капитан–паша Сеид—Али, храбро сражавшийся против Ушакова в 1791 году. Отраженный с уроном от Тенедоса Сеид—Али, у самого входа в Дарданеллы, был (10 мая) атакован Сенявиным, и после двухчасового сражения турецкий флот, сильно потерпевший от огня нашей артиллерии, принужден был укрыться в проливе. В этом сражении во время преследования неприятеля нашим судам приходилось сражаться на самом близком расстоянии и часто на оба борта. В числе убитых при Дарданеллах был капитан–командор Игнатьев. Тесная блокада столицы Турции была одной из причин восстания в Константинополе и свержения с престола султана Селима III.

Не показывавшийся после поражения своего в продолжение целого месяца турецкий флот наконец решился снова выйти в Архипелаг. Оставив для защиты Тенедсса фрегат и три мелких судна, Сенявин с 10 кораблями отправился отыскивать неприятеля и 19 июня встретил его близ острова Лемноса. Турецкая эскадра, состоявшая из 10 кораблей, 5 фрегатов, 3 шлюпок и 2 бригов, построясь в боевой порядок, начала перестрелку. Наши суда, не отвечая на нее, в молчании приближались к туркам и, только подойдя на картечный выстрел, открыли жестокий огонь. По приказанию адмирала каждый флагманский турецкий корабль был атакован двумя нашими; а сам Сенявин, имевший флаг на корабле Твердый, повел атаку на авангард и огнем своей артиллерии заставил передовой турецкий корабль лечь в дрейф, чем привел в беспорядок всю неприятельскую линию. Одушевленные примером начальника, подчиненные старались превзойти друг друга: сражение распространилось по всей линии, некоторые корабли сражались на расстоянии пистолетного выстрела и исправляли свои повреждения, не прекращая боя; так например, П. М. Рожнов, командовавший кораблем Селафаил, в самом пылу сражения, под сильным картечным огнем переменил марса–рею. Благодаря успешному действию артиллерии и искусному маневрированию наших судов, через три с половиной часа от начала боя сильно пострадавший турецкий флот направился к Афонской горе. Стихнувший ветер заставил прекратить сражение; но адмирал, заметив отставшие от неприятельской эскадры 2 корабля и 2 фрегата, послал в атаку на них 3 корабля под начальством контр–адмирала Грейга. При этом нападении один 90–пушечный турецкий корабль Сед–ель–бахр, под флагом первого адмирала, был взят в плен, другой корабль и оба фрегата выбросились на мель в заливе Монте—Санта и, по свозе команды на берег, были сожжены самими турками. Этим не ограничилась потеря неприятеля в Афонском сражении: сильно пострадавшие от огня нашей артиллерии корабль и фрегат не могли держаться в море и были сожжены самими турками у острова Тино, а два фрегата потонули у острова Самотраки. О размерах потери турок в людях можно судить потому, что на взятом в плен корабле из 800 человек команды 230 было убито и 160 ранено. Наши корабли также значительно пострадали в корпусе и рангоуте, но общее число убитых и раненых на всех судах эскадры не превышало 200 человек. В числе убитых в Афонском сражении был командир корабля Рафаил, капитан 1 ранга Лукин, славившийся своей необыкновенной силой.

Известие об опасном положении гарнизона крепости на острове Тенедосе, атакованной сильным турецким десантом, заставило Сенявина, вместо преследования разбитого неприятельского флота, спешить к Тенедосу. Избегая кровопролития, адмирал, указав начальнику турецких войск на превосходство наших сил, убедил его удалиться без боя на ближайший берег, оставя крепость и остров в нашем владении.

Англичане, не оказывавшие до сих пор никакого содействия Сенявину, теперь условились общими силами сделать нападение на турецкий флот, стоящий в Дарданеллах; но полученное известие о заключении Россией в Тильзите мира с Францией и перемирие с Турцией остановили это намерение. Неизбежным последствием союза с Францией было присоединение России к континентальной блокаде, заставившее ожидать скорого разрыва с Англией, при котором положение нашей эскадры в Архипелаге делалось крайне опасным.