В это время Ушакова задерживали в Корфу, кроме исправления судов, еще и враждебные действия Али–паши, почти независимого владетеля Янины, и также интриги Бради, австрийского губернатора Бокко–ди–Катаро, в переписке которого с консулом на острове Занте раскрылось, по словам донесения адмирала, «развратность и помешательство в наших учреждениях (Ионических) островов, прежде бывших венецианских: стараются они (австрийцы) делать происки и отклонять их (ионийцев) на сторону австрийской нации»… Наконец, уладив все неблагоприятные обстоятельства, Ушаков вместе с союзной турецкой эскадрой мог оставить Корфу и двинуться в Италию. Из Корфу адмирал отправил фрегат и 5 мелких судов в Одессу для доставления оттуда двух батальонов сухопутных войск и, оставив в Корфу два корабля, готовящиеся к возвращению в Россию, вышел в море с 21 судном (9 кораблей – 5 русских и 4 турецких, 6 фрегатов – 3 русских и 3 турецких и 6 мелких судов). 3 августа 1799 г., по прибытии в Мессину, 3 фрегата, под начальством Сорокина, по просьбе короля, были отправлены в Неаполь, в помощь находившемуся там отряду Белли.

В это же время по просьбе Суворова для помощи австрийцам, осаждавшим Геную, Ушаков послал туда отряд из двух кораблей и двух мелких судов под начальством вице–адмирала Павла Васильевича Пустошкина. Главное назначение отряда состояло в том, чтобы прекратить подвоз морем провианта и разных припасов к осаждаемой австрийцами Генуе. Пустошкин на пути, зайдя за какими–то надобностями в Ливорно, задержан был там противным ветром около месяца и в продолжение трехмесячного крейсерства у Генуи нередко и на довольно продолжительное время уходил в Специю. После безуспешной попытки, захватить из–под стен крепости транспорт из 13 судов, Пустошкин, по просьбе осаждавшего Геную генерала Кленау, высадил для пособия австрийцам десант в 200 человек; но приступ был отбит, и наш отряд, оставленный союзниками, пробиваясь сквозь густой строй неприятеля, потерял почти четвертую часть убитыми и взятыми в плен. «Можно сказать к стыду австрийцам, – доносил Пустошкин по этому делу, – что кучами отдаются в плен, а другие, видя на горах, и не пошевелились…» Несмотря на подобные неудачи, блокада Пустошкина принесла пользу осаждающим, значительно уменьшив подвоз продовольствия к городу, что, конечно, повлияло неблагоприятно на дух гарнизона. В половине февраля 1800 года отряд Пустошкина возвратился в Неаполь.

Ушаков, отправив во время пребывания своего в Мессине отряды Сорокина и Пустошкина, перешел с эскадрой в Палермо, где ему в первый раз пришлось встретиться со знаменитым Нельсоном, назначенным главнокомандующим английскими морскими силами в Средиземном море вместо Сен—Винцента. В Палермо присоединилась к Ушакову пришедшая из Англии эскадра контр–адмирала Карцова, 3 корабля и 1 фрегат; союзники же наши, турки, уже в Мессине отказавшиеся итти в отдельные от флота эскадры, теперь решительно требовали возвращения в отечество, и взбунтовавшиеся экипажи вышли из повиновения. При своеобразной турецкой дисциплине, убеждения и угрозы самого Ушакова, явившегося смело на корабль турецкого флагмана Кадырь—Бея, не имели успеха, и, наконец, адмирал поставлен был в необходимость отпустить турецкую эскадру в Константинополь.

Согласно видам нашего правительства, Ушаков хотел отправиться для содействия англичанам в овладении занятого французами острова Мальты, но Нельсон под разными предлогами отклонял его от этого намерения, а король, опасаясь усиления республиканцев, просил не оставлять Италии. В начале сентября Ушаков, из Палермо перешел с эскадрой в Неаполь, имея полномочия короля располагать его войсками, и стал готовиться к овладению Римом и Чивита—Веккией, где еще держались французы. Но когда соединенные неаполитанский и русский отряды двинулись к Риму, находившийся со своим кораблем в Неаполе английский командор Трубридж перешел в Чивита—Веккию и вступил в переговоры с французами, конечно, по приказанию Нельсона, тайно от Ушакова. Поспешив предложить «великодушные» условия неприятелю, он убедил французов сдать город. Благодаря таким действиям англичане сделались освободителями Рима. Ушаков, узнавший о коварных действиях английского адмирала ранее подписания капитуляции, протестовал против нее; но, разумеется, этот протест остался без всякого влияния на нашего союзника.

Нельсон вообще не любил русских и завидовал всякому успеху Ушакова, а при личном знакомстве оба адмирала по разности своих характеров и взглядов тотчас стали во враждебное положение друг к другу. Нельсон почему–то ожидал встретить в Ушакове покорное орудие, которое под его влиянием будет действовать в интересах Англии; но, против своего ожидания, нашел в нем умного, самостоятельного русского адмирала, который, по словам Нельсона, «держит себя так высоко, что это отвратительно» и что «под его вежливой наружностью скрывается медведь».

Для освобождения от французов римских владений вместе с 1500 неаполитанцев готовился итти под начальством полковника Скипора и русский отряд в 800 человек, в числе которых было небольшое число матросов с лейтенантом Балабиным. По получении известия о заключении англичанами капитуляции, Ушаков не хотел отпускать русских, но кардинал Руффо упросил его, представляя, что одни неаполитанцы не в состоянии будут справиться в занятом городе. Таким образом, при церемониальном входе неаполитанцев в Рим приняли участие русские и в числе их моряки.

Между тем французы держались еще в Мальте, но участвовавшая в блокаде португальская эскадра возвратилась в Лиссабон, и англичане не имели возможности собрать достаточно силы для взятия Лавалеты. Поэтому теперь Нельсон и король неаполитанский убеждали Ушакова итти с флотом к Мальте, и он решился отправиться туда. Задержанный исправлением судов, заготовлением продовольствия и противными ветрами, адмирал мог выйти в море только 20 декабря, оставив для охранной службы около Неаполя 3 фрегата под начальством Сорокина. На эскадре Ушакова, состоявшей из 7 кораблей, 1 фрегата и 8 мелких судов, находились также 2 тысячи гренадер под начальством генерал–майора князя Волконского, назначенных быть гарнизоном Лавалеты, главной крепости на острове Мальта. На пути из Неаполя в Мальту, в Мессине Ушаков получил приказание возвратиться с флотом и бывшими при нем сухопутными войсками к своим портам.

Причиной этого приказания было поведение австрийцев и англичан, которые под видом друзей действовали как злейшие враги России. Действия австрийцев были особенно гибельны для нашей армии в Северной Италии. Так например, опасаясь, что русские войска, высаженные в Голландии, овладеют ею, венский двор, не дождавшись прибытия Суворова, поспешил двинуть армию эрцгерцога Карла из Швейцарии к стороне Майнца. Это несвоевременное передвижение повело к поражению находящегося под Цюрихом русского корпуса Римского—Корсакова и поставило в отчаянное положение самого Суворова, двигающегося с 20–тысячной армией через Сен—Готард.

Россия со стороны своих союзников постоянно встречала хитрые извороты, своекорыстные расчеты и полное пренебрежение к ее интересам. Подобное отношение, доказанное множеством фактов, привело к возвращению в отечество сухопутных и морских сил, т. е. армии Суворова и эскадры Ушакова.