В продолжение зимы наши суда исправили свои повреждения в английских адмиралтействах, и весной 1799 года 3 корабля и один фрегат, под начальством Карцева, пошли в Средиземное море для усиления эскадры Ушакова, а 2 корабля и фрегат, оказавшиеся негодными к продолжению плавания, были отправлены в Кронштадт. Английская эскадра продолжала блокировать голландский флот, находящийся в Текселе, а отряд Тета крейсеровал перед Гельветслюйсом, где стояли также голландские три корабля и два фрегата.

Летом у англичан все было готово для высадки на берега Голландии с целью изгнания из нее французов и восстановления правления штатгальтера принца Оранского, находившегося тогда в Англии. По договору, заключенному с Англией, Россия обязалась в этом предприятии помогать как флотом, так и десантом. 17 1/2 тысяч русского сухопутного войска, под начальством генерал–лейтенанта Германа, назначенные для содействия англичанам при высадке в Голландию, отправились из России на эскадре контр–адмирала Чичагова из 6 кораблей, 5 фрегатов, и 2 транспортов и на присланной английской эскадре, капитана 1 ранга Фериса, из 9 кораблей, 7 фрегатов, 4 транспортов и люгера. Плавание Чичагова до Текселя продолжалось около месяца и было весьма бурное: все его суда получили более или менее важные повреждения, а два фрегата должны были возвратиться к своим портам.

Русские десантные войска явились к берегам Голландии в первых числах сентября, но англичане, не подождав их, высадили 17 тысяч под начальством генерала Аберкромби и, прогнав неприятеля, заняли весь Гельдер с бывшими на нем укреплениями, заграждающими путь к Текселю, где стоял голландский флот. При этом в гавани Нюден англичане взяли у голландцев 2 корабля, 9 фрегатов и несколько мелких военных и купеческих судов. Затем 8 английских и 2 русских корабля (Ретвизан и Мстислав), под начальством вице–адмирала Митчеля, вошли на Тексельский рейд, имея кроме своих национальных флагов и флаг штатгальтера для показания, что союзники пришли не врагами голландцев, а друзьями, восстановителями их законного правления. На предложение о сдаче начальник голландского отряда контр–адмирал Стори отвечал отказом и выразил твердое намерение защищаться до последней крайности. Офицеры сочувствовали адмиралу, но матросы отказались сражаться, и адмирал принужден был сдать союзникам находящиеся в Текселе 8 кораблей, 3 фрегата и шлюп.

Англичане, вступая в Голландию, рассчитывали на подобное же содействие всего населения страны, но обманулись в своих ожиданиях: большинство жителей смотрело на них как на корыстолюбивых недоброжелательных соседей и сочувствовало французам, к которым и присоединились голландские войска под начальством генерала Даенделя. Расчеты на слабость французов также оказались неверными: покуда английские суда с десантом, задерживаемые в море 12 дней свежим ветром, находились в виду голландских берегов, французский главнокомандующий генерал Брюн успел стянуть для противодействия англичанам 10 тысяч французских и 12 тысяч голландских войск. Присоединение русского десанта, присылка подкрепления из Англии и прибытие главнокомандующего союзными войсками герцога Йоркского, сына короля Георга III, уже не могли поправить дело, ненадежное в самом основании. Несмотря на успехи англичан в начале высадки, окончание ее было неблагоприятно для союзников. В трех кровопролитных сражениях близ Алькмара они потерпели сильное поражение, причем русские понесли большую потерю в людях, и генерал Герман попал в плен.

Эта неудача, происшедшая от недостатка провизии, изнурительных передвижений среди враждебного населения, и, наконец, опасения, что голландцы, открыв плотину, затопят местность, занимаемую союзниками, заставили герцога Йоркского вступить в переговоры с неприятелем, на основании которых были освобождены все пленные, и союзники к известному сроку обязались удалиться из Голландии.

Между тем, для подкрепления эскадры Макарова отправлен был из Архангельска под флагом вице–адмирала Баратынского еще отряд из 3 кораблей и 2 фрегатов. Он выдержал самое бедственное плавание и добрался до Англии только ко времени окончания высадки. Из 5 судов отряда 4 потеряли все мачты и бушприты и один корабль, по невозможности продолжать путь, остался зимовать в норвежском порту Бергине.

Эскадра Макарова, состоящая из 18 кораблей, 10 фрегатов, 2 транспортов и катера, зиму на 1800 год провела в Англии, исправляя свои многочисленные и разнообразные повреждения, и с наступлением весны начала отдельными отрядами возвращаться к своим портам в Балтику, перевозя наши сухопутные войска, зимовавшие, по возвращении из Голландии, на английских островах Гернзе и Жернзе. В сентябре месяце все наши суда, бывшие в Англии, возвратились к своим портам.

Отправленная из Севастополя для совместного действия с турками эскадра вице–адмирала Ушакова состояла из 6 кораблей, 7 фрегатов и 3 бригов, имела 1700 человек сухопутного десанта и кроме того для усиления ее готовились еще два 74–пушечных корабля под начальством контр–адмирала Пустошкина. 24 августа 1798 года Ушаков пришел в Константинополь и встреченный с восторгом всем населением столицы был удостоен, как он сам пишет, «неограниченной доверенностью турецкого правительства». Адмиралу все показывали, во всем спрашивали его мнения, исполняли и предупреждали его желания. Султан, в знак особенного благоволения, подарил Ушакову золотую, осыпанную бриллиантом табакерку и для раздачи нижним чинам 2000 червонцев. В Дарданеллах под начальство русского адмирала поступила турецкая эскадра из 4 кораблей, 6 фрегатов, 3 мелких судов и гребного отряда из 10 канонерских лодок. Продовольствие русской эскадры и доставление необходимых для береговых действий десантных войск турецкое правительство приняло на себя.

Силы наших неприятелей – французов и союзников их – испанцев, а также силы наших союзников – англичан и португальцев были расположены следующим образом: французский флот, благополучно доставивший генерала Бонапарта с армией в Египет, 19 июля 1798 года при Абукире был совершенно разбит Нельсоном, и для блокады Александрии англичанами оставлены были 3 корабля и 3 фрегата. Король Сардинский, владения которого на материке были заняты французами, находился на острове Сардинии, и находящийся в подобном же положении король обеих Сицилии (неаполитанский) имел резиденцию на острове Сицилии в городе Палермо, на рейде которого в распоряжении короля стояли 2 английских корабля и несколько мелких судов. На острове Мальта французский гарнизон держался только в крепости Лавалета, блокируемый англо–португальской эскадрой из 8 кораблей, все же местные жители острова, находящиеся вне крепости, относились к французам враждебно. Начальствовавший английским флотом в Средиземном море адмирал лорд Сен—Винцент с 15 кораблями блокировал испанский флот, скрывавшийся в Кадиксе; а французский флот, также блокируемый англичанами, находился в Бресте.

Главной целью, указанной Ушакову при его отправлении, было освобождение от французов Ионических островов, изгнание французов, при содействии англичан, из Южной Италии и восстановление там королевской власти, освобождение Мальты и содействие англичанам при блокаде Александрии и в других местах.

До выхода своего из Дарданелл, 9 сентября Ушаков отправил к острову Родосу на помощь англичанам, под начальством капитана Сорокина, 2 русских и 2 турецких фрегата с 10 турецкими канонерскими лодками; но отряд этот из–за недоставления турками провианта должен был в декабре месяце возвратиться к флоту.

Приближаясь к Ионическим островам для завладения находящимися на них крепостями, занятыми французскими гарнизонами, Ушаков высылал небольшие отряды судов, и если при занятии крепостей встречалось значительное сопротивление более сильных гарнизонов, то подходил сам с флотом и с помощью десанта и судовой артиллерии принуждал неприятеля к сдаче. Таким образом, с 28 сентября по 5 ноября 1798 года взяты были французские укрепления на островах Цериго и Занте капитан–лейтенантом Шостаком, на Кефалонии капитаном Поскочиным и на Санта—Мавра, на котором встречено наибольшее сопротивление, капитаном Дм. Ник. Сенявиным.