Общее число всех судов, построенных на русских верфях при Петре Великом, превосходит тысячу. На петербургских верфях строились преимущественно линейные корабли и галеры; на Олонецкой верфи – фрегаты, шнявы и другие мелкие суда; в Казани – военные и грузовые суда Астраханской флотилии. Вообще при Петре в разные периоды времени судостроение производилось в 25 местах.

Петербургское адмиралтейство, имевшее сначала все строение деревянное и защищенное весьма слабым укреплением, впоследствии перестроено, и часть его около шпица сделана каменная, а все остальные наружные фасады – мазанковые в два этажа. Вместе с тем, усилен профиль укреплений, ограждающих адмиралтейство, и они обведены глубоким водяным рвом. Для постройки галер отведено место нынешнего нового адмиралтейства, которое тогда называлось «галерным двором». Для зимовки же и починки галер устроена на взморье Васильевского острова «галерная гавань». В первые года существования Балтийского флота суда его зимовали в «Кронверкской гавани», то есть в канале, находящемся у кронверка Петропавловской крепости. Но когда Полтавская победа прочно утвердила за Россией обладание невскими устьями, то для зимовки глубоко сидящих судов устроена была небольшая гавань у острова Котлина; а в 1717 году начато строение котлинских гаваней в тех размерах, которые сохранились и до настоящего времени. В строении этих гаваней принимали участие, рабочими или деньгами, все губернии, и число высланных ими рабочих превышало 30 тысяч человек. Для усиления защиты Котлина перестроен был Кроншлот и возведены новые укрепления как на берегах Котлина, так и на стенах гаваней, и начали строить крепость на самом рейде (форт Петр). Желая из Котлина сделать нечто вроде Амстердама, Петр предполагал перерезать весь остров каналами и в некоторых из них устроить доки и элинги. В действительности осуществилась только небольшая часть этого колоссального проекта: проведены были в гавани дамбы Усть–канала, продолженного во внутренность острова около 200 сажен, и в конце его начаты строением элинги и док. При гаванях было устроено адмиралтейство и все необходимые мастерские, и так как большая часть флота зимовала у Котлина, то Кронштадт сделался военным портом Балтийского флота. При увеличении военного значения острова увеличивалось его население, а вместе с ним росли казенные и частные дома, образовавшие впоследствии город Кронштадт. В Ревеле к старинной купеческой гавани пристроена была новая гавань для зимовавшего здесь отряда военных судов, а отдаление от моря Кронштадта, запертого в продолжение полугода льдом, заставило Петра обратить внимание на лежащую близ Ревеля Рогервикскую бухту. Сюда предполагал Петр впоследствии перевести главный военный порт, и с этой целью начаты были в Рогервике огромные работы. Рогервикская бухта, находящаяся несравненно ближе Кронштадта к выходу в Балтийское море и замерзающая на самое короткое время, могла предоставить спокойное и безопасное убежище для всего Балтийского флота. Но для этого необходимо было закрыть бухту от северных ветров искусственным молом и защитить ее от неприятельского нападения сильными укреплениями. К первым необходимым постройкам приступлено было тотчас по заключении Ништадтского мира, и с этого времени работы энергично продолжались до кончины Петра I. Архангельск, где военное судостроение прекратилось в 1715 году, имел важное значение как коммерческий порт, и на верфях его продолжалось строение купеческих судов.

При Петре к немногим маякам, существовавшим во время шведского владычества, прибавлено в Финском заливе несколько новых, а также правильно организованы артели лоцманов в тех портах, в которых их не было.

Для судостроения и вообще для потребностей адмиралтейства отведены были в разных местностях обширные лесные дачи. Лучшие же дубовые корабельные леса доставлялись из Казанской губернии. Железо и все металлические предметы, необходимые для флота, а также холодное и огнестрельное оружие, артиллерийские орудия и снаряды делались на нескольких заводах, как находящихся в ведении адмиралтейства, так и принадлежащих частным собственникам. Кроме таких заводов, морское ведомство имело заводы и фабрики для производства полотен, сукон, шляп, пергамента и пр., мукомольные и пильные мельницы, пивоварни и другие нужные для флота хозяйственные заведения. Для исполнения разных работ на верфях, в портах, заводах, фабриках и пр. к адмиралтейству приписано было несколько городов и значительное число сел и деревень, которые доставляли рабочих, подводы и разные сельские продукты, необходимые для адмиралтейств и флота. Но независимо от всех этих пособий на расходы морского ведомства с первых годов существования флота отпускались по мере потребности значительные денежные суммы. Таким образом, в 1712 году назначено было до 400 тысяч; в 1715 году более 700 тысяч; в 1721 году более миллиона ста тысяч; а в последние годы царствования Петра расходы на содержание флота превысили полтора миллиона, и при крайнем ограничении расходов положено отпускать в год миллион четыреста тысяч. Сумма эта собиралась из 43 мест, и в каждом из них составлялась из 33 разнородных источников сборов. Главнейшее затруднение в исправном содержании флота представляли постоянные и значительные недоимки в доставлении назначенной суммы. Недоимки эти происходили от других не менее важных государственных расходов и от произведенного долговременной войной общего обеднения населения. Недостаток денег заставил в 1723 году выдавать служащим жалованье сибирскими товарами и, наконец, у всех служащих, имеющих поместья, удерживать четвертую часть жалованья.

В 1700 году вместо упраздненного владимирского судного приказа, «ведавшего морские дела», учрежден был для той же цели в Москве «Приказ адмиралтейских дел», или «Адмиралтейский приказ». При начале кораблестроения на Сяси и Олонецкой верфи оно поручено было ингерманландскому губернатору А. Д. Меншикову; корабельным флотом и адмиралтейством начальствовал вице–адмирал Крюйс, а галерным – шаутбенахт граф Боцис. Но все эти отдельные управления, как части того же морского ведомства, подчинялись адмиралу графу Ф. А. Головину, а по смерти его Ф. М. Апраксину. За отсутствием последнего, иногда, как например в 1711 году, место его по управлению Балтийским флотом занимал Меншиков. В 1712 году вместо Московского Приказа адмиралтейских дел учреждена в Петербурге «Военная морского флота канцелярия», а в Москве осталась «Московская адмиралтейская контора», деятельность которой имела преимущественно хозяйственный характер. В 1715 году образован морской комиссариат и учреждена должность обер–штер–кригс–комиссара, на которую назначен генерал–майор Чернышев, и под начальство его поступила Военная морского флота канцелярия, заведывавшая всею хозяйственною частью морского ведомства. Ей подчинены были различные конторы, получившие название соответственно роду их занятий: военная, провиантская, мундирная и т. п. Одновременно с учреждением комиссариата, Крюйсу поручено было кораблестроение и портовое управление с принадлежащими к ним людьми и припасами. Суда, окончившие кампанию, сдавались к порту и поступали в ведение Крюйса, обязанность которого была наблюдать за их сохранением и починкою; а при наступлении весны вооружать их и приготовлять к выходу на рейд, причем суда передавались опять в ведение линейных морских чинов: капитанов и флагманов. Чернышеву подчинялись обер–комиссары, провиантмейстеры и т. п. чины; Крюйсу – корабельные и прочие мастера, обер–экипажмейстеры, экипажмейстеры и все лица им подчиненные. Частями управления, порученными Крюйсу, заведывала петербургская «Адмиралтейская контора», с подчиненными ей канцеляриями: адмиралтейской, экипажеской и обер–сарваерской (кораблестроительной).