Будущий король родился 27 сентября 1533 г. в Жиладишомльо (совр. Шимлеу-Сильвания в Румынии) в семье семиградского воеводы, тоже Стефана Батория. Известно, что основное образование он получил не где-нибудь, а в Падуанском университете. Однако тяга к знаниям сопровождала его всю жизнь. Недаром даже в плену Стефан целых 3 года с увлечением занимался науками. Известно также, что в юности он служил при дворе императора Священной Римской империи Фердинанда I, а потом воевал под началом короля Восточной Венгрии Яноша Жигмонта Запольяи. В 1571 г. Батория избрали первым князем Трансильвании.
1 мая 1576 г. Стефан Баторий был коронован в Кракове, а затем состоялась его свадьба с Анной Ягеллонкой. Но 23 марта в венской кирхе принес присягу и Максимиллиан, явно собиравшийся, несмотря на болезнь, ехать в Польшу для коронации. В этой ситуации гражданская война была неминуема, что ослабило бы Польшу и, возможно, позволило бы Ивану завоевать значительную часть ее территории, в первую очередь – Литву. Однако император умер, и Баторий остался единственным законным королем.
Под его началом оказалось большое государство – Речь Посполитая, образованная на Люблинском сейме в 1569 г. за счет объединения Литвы и Польши (Люблинская уния). Однако положение нового короля было достаточно сложным. Далеко не все в королевстве приняли Батория. На коронации не присутствовали представители Литвы. Вскоре вспыхнуло восстание в Гданьске, жители которого не признали нового короля и стремились к полному отделению вместе с Королевской Пруссией от Польши и переходу под власть империи.
В это время московский царь Иван IV Грозный вел затяжную Ливонскую войну (с 1558 г.). Одним из главных его противников в этой войне была Польша. После смерти Сигизмунда II Августа шляхта направила Ивану официальное предложение занять польский трон. Однако царь вместо себя предложил царевича Федора и не захотел выделять деньги на подкуп сейма, так как наверняка считал процедуру выборов унизительной для царского достоинства. В результате сделка не состоялась. Возможно, поэтому, извещая царя в письме о своем избрании, новый король намеренно не назвал Ивана царем и не включил в его титул Смоленское и Полоцкое княжества, дав понять, что Польша на них претендует.
В 1577 г. война Польши с Россией возобновилась. Военные действия этого периода были чрезвычайно удачны для русских. Без особого сопротивления была захвачена почти вся Прибалтика, исключая Ригу и Ревель (совр. Таллинн). Военные силы Речи Посполитой были вытеснены за Двину. Однако вскоре ситуация коренным образом изменилась.
Усмирив Гданьск, Баторий начал готовиться к реваншу. Он понимал, что имеет дело с сильным противником, недаром одному из имперских послов в беседе сказал: «Московит не такой неприятель, которого можно было бы недооценивать». Поэтому и подготовка была тщательной и всесторонней. Использовались внутренние резервы страны и дипломатические рычаги. В 1578 г. сейм утвердил необычайно высокие налоги специально для войны с Московским государством. Военную помощь пообещал султан. Союзниками короля стали курфюрст Саксонский Август и курфюрст Бранденбургский Иоанн-Георг.
В августе 1579 г. польско-литовская армия, в которой была значительная часть венгерских отрядов, осадила Полоцк, завоеванный русскими еще в 1563 г. В распоряжении Батория было 15 тыс. человек. Гарнизон же Полоцка насчитывал всего 6 тыс. Несмотря на это, осада длилась почти 3 недели. Только 30 августа удалось овладеть городом. Одновременно поляки опустошили Черниговщину и Смоленщину, взяли крепость Сокол в 30 км от Полоцка.
В 1580 г. под Великими Луками войско Батория составляло уже 35 тыс. Против них сражался гарнизон, насчитывающий не более 7 тыс. Русские оказывали ожесточенное сопротивление. После очередного сражения они привязывали трупы поляков к колодам и пускали их по Двине. Это не прошло даром. Город был все же взят после того, как в крепости начался пожар. Поляки устроили страшную резню, оставив после себя только дымящиеся развалины.
Иван Грозный был вынужден начать переговоры. Два раза царские посольства ездили к королю и смиренно просили о возвращении Полоцка и о мире. Царь даже согласился именовать Батория «братом», что несколькими годами раньше вызывало у него взрывы бешенства. Однако Баторий стоял на своем и требовал всю Ливонию, Новгород, Псков, Смоленск и 400 тыс. червонцев. Московский царь разорвал переговоры и направил Стефану письмо со словами: «Мы ищем того, чтобы кровь христианскую унять, а ты ищешь того, как бы воевать; так зачем же нам с тобой мириться?» Он обвинил Батория в бесчеловечных методах ведения войны. Имелись в виду раскаленные ядра, которые начала использовать польская артиллерия. В таких условиях не могло быть и речи о мире.
В 1581 г. начался третий поход Батория против Московского государства. В феврале 1582 г. Баторий осадил Псков. В случае успеха он намеревался идти на Новгород Великий и Москву. Стотысячной армии поляков противостоял гарнизон и жители города, поклявшиеся «за Псков град биться с Литвою до смерти безо всякие хитрости». В военных действиях участвовали даже женщины. За счет превосходства русской артиллерии и мужества защитников города был отбит 31 приступ. Сами же псковичи совершили 46 вылазок против неприятеля. Через пять месяцев польский король был вынужден снять осаду.
Неудача под Псковом и надвигающаяся зима заставили Батория пойти на мирные переговоры. В 1582 г. в г. Яме-Запольском, на полпути между Псковом и Порховым, было заключено 10-летнее перемирие между Московским государством и Речью Посполитой. Польше достались Ливония и белорусские земли, Московии были возвращены некоторые пограничные русские земли.
Была и еще одна причина, толкнувшая Батория на мирные переговоры с Иваном Грозным. Во время войны он предупреждал шведского короля Иоанна III, свояка Стефана, о том, что тот не должен вести войну в Ливонии. Однако шведы воспользовались моментом и под прикрытием польских войск взяли Вейссенштейн, Нарву и ряд других крепостей. Один из шведских историков писал: «С негодованием смотрел король Стефан на приобретение шведов в прибалтийском крае, которое он считал по справедливости владением Польши, так как последний гроссмейстер ордена меченосцев уступил их земли Польше. Тщетно король Стефан увещевал своего свояка удержаться от приобретений в Эстляндии и Лифляндии, советуя ему вместо того занять части России, пограничные с Финляндиею…» Баторий с раздражением заявил: «Я раскидываю сети, а мой свояк осматривает их».
Польское посольство в Швецию с требованием оставить Ливонию, состоявшееся уже после заключения мира с Москвой, только ухудшило обстановку. Иоанн, оскорбленный тем, что в письме Баторий назвал его не Величеством, а просто Светлостью, заявил, что сыновья его являются наследниками Литвы, дав понять, что может предъявить претензии и на эти земли. Требования Батория он счел «несправедливыми и неучтивыми». Долгое время оба государства балансировали на грани войны, которая не разразилась только потому, что Баторию в то время угрожала еще и Дания. Кроме того, внутренние проблемы государства тоже требовали внимания. Своеволие шляхты раздражало короля. На одном из сеймов он заявил: «Я хочу быть государем и не потерплю, чтобы мне кто-нибудь указывал». Баторий начал борьбу с аристократией, опираясь на мелкопоместную шляхту. За тайные сношения с Иваном Грозным он велел казнить Григория Осьцика. Та же участь постигла Самуила Зборовского, изгнанного из страны еще при Генрихе Валуа за убийство пшемысльского каштеляна Андрея Ваповского. Возвратившись в страну, тот поднял смуту против короля и поплатился за это. Братья Самуила, Анджей и Кшиштоф, главные предводители аристократии, были привлечены к суду по обвинению в сношениях с Москвой и Австрией, а также в заговоре против короля с целью возведения на трон Габсбургов. Кшиштоф, преступление которого было доказано, был лишен прав и изгнан из королевства. Верных же себе аристократов Баторий, наоборот, всячески отличал и одаривал. Гетман Ян Замойский при нем стал канцлером и женился на сестре короля Гризельде.
