Феофану и принадлежит разработка и, может быть, даже самая мысль того нового плана церковного управления, на котором остановился Петр. Более двадцати лет (1700-1721) продолжался временный беспорядок, при котором русская церковь управлялась без патриарха. Наконец, 14 февраля 1721 г. совершилось открытие «Святейшего Правительствующего Синода». Эта духовная коллегия навсегда заменила собой патриаршую власть. В руководство ей был дан Духовный регламент, составленный Феофаном и редактированный самим Петром. В регламенте откровенно указывалось на несовершенство единоличного управления патриарха и на политические неудобства, проистекающие от преувеличения авторитета патриаршей власти в делах государственных. Коллегиальная форма церковного управления рекомендовалась как наилучшая во всех отношениях. Состав Синода по регламенту определяется так: президент, два вице-президента, четыре советника и четыре асессора (в число их входили представители черного и белого духовенства). Заметим, что состав Синода был аналогичен с составом светских коллегий. Лица, состоявшие при Синоде, были таковы же, как и при коллегиях; представителем особы государя в Синоде был обер-прокурор, при Синоде было и целое ведомство фискалов, или инквизиторов. Внешняя организация Синода была, словом, взята с общего типа организации коллегии.
Говоря о положении Синода в государстве, следует строго различать роль его в сфере церкви от роли в общей системе государственного управления. Значение Синода в церковной жизни ясно определяет Духовный регламент, по выражению которого Синод имеет «силу и власть патриаршую». Все сферы ведения и вся полнота церковной власти патриарха присущи Синоду. Ему передана и епархия патриарха, бывшая под его личным управлением. Этой епархией Синод управлял через особую коллегию, получившую название дикастерии, или консистории. (По образцу этой консистории были постепенно устроены консистории и в епархиях всех архиереев). Так, в церковных делах Синод вполне заменил патриарха.
Но в сфере государственного управления Синод не вполне наследовал патриарший авторитет. О значении Синода в общем составе администрации при Петре существуют у нас разнообразные мнения. Одни полагают, что «Синод во всем был сравнен с Сенатом и наряду с ним непосредственно подчинен государю» (такого мнения держится, например, П. Знаменский в своем «Руководстве к Русской церковной истории»). Другие же думают, что при Петре, на практике, государственное значение Синода стало ниже значения Сената. Хотя Синод и стремится стать независимо от Сената, однако последний, рассматривая Синод как обыкновенную коллегию по духовным делам, считал его себе подчиненным. Такой взгляд Сената оправдывался общей мыслью преобразователя, положенной в основу церковной реформы: с учреждением Синода церковь становилась в зависимость не от лица государя, как прежде, а от государства, управление ею было введено в общий административный порядок и Сенат, управлявший делами церкви до учреждения Синода, мог считать себя выше Духовной коллегии, как верховный административный орган в государстве (такой взгляд высказан в одной из статей проф. Владимирского-Буданова). Трудно решить, какое мнение справедливее. Ясно одно, что политическое значение Синода никогда не поднималось так высоко, как высоко стоял авторитет патриархов (о начале Синода см. П. В. Верховского «Учреждение Духовной коллегии и Духовный регламент», два тома. 1916; также Г. С. Рункевича «Учреждение и первоначальное устройство Св. Пр. Синода», 1900).
Так учреждением Синода Петр вышел из того затруднения, в каком стоял много лет. Его церковно-административная реформа сохранила в русской церкви авторитетную власть, но лишила эту власть того политического влияния, с каким могли действовать патриархи. Вопрос об отношении церкви и государства был решен в пользу последнего, и восточные иерархи признали вполне законной смену патриарха Синодом. Но эти же восточные греческие иерархи при царе Алексее уже решили в принципе тот же вопрос и в том же направлении. Поэтому церковные преобразования Петра, являясь резкой новинкой по своей форме, были построены на старом принципе, завещанном Петру Московской Русью. И здесь, как и в других реформах Петра, мы встречаемся с непрерываемостью исторических традиций.
Что касается до частных мероприятий по делам церкви и веры в эпоху Петра, то мы можем лишь кратко упомянуть о главнейших из них, именно: о церковном суде и землевладении, о духовенстве черном и белом, об отношении к иноверцам и расколу.
Церковная юрисдикция была при Петре очень ограничена: масса дел от церковных судов отошла в суды светские (даже суд о преступлениях против веры и церкви не мог совершаться без участия светской власти). Для суда над церковными людьми, по искам светских лиц, был в 1701 г. восстановлен (закрытый в 1677 г.) Монастырский приказ со светскими судами. В таком ограничении судебной функции духовенства можно видеть тесную связь с мероприятиями Уложения 1649 г., в которых сказалась та же тенденция.
Такую же тесную связь с древней Русью можно видеть и в мерах Петра относительно недвижимых церковных имуществ. Земельные вотчины духовенства при Петре сперва подверглись строгому контролю государственной власти, а впоследствии были изъяты из хозяйственного ведения духовенства. Управление ими было передано Монастырскому приказу; они обратились как бы в государственное имущество, часть доходов с которого шла на содержание монастырей и владык. Так пробовал Петр разрешить вековой вопрос о земельных владениях духовенства на Руси. На рубеже XV и XVI вв. право монастырей владеть вотчинами отрицалось частью самого монашества (Нил Сорский); к концу XVI в. правительство обратило внимание на быстрое отчуждение земель из рук служилых людей в руки духовенства и стремилось если не вовсе прекратить, то ограничить это отчуждение. В XVII в. земские челобитья настойчиво указывали на вред такого отчуждения для государства и дворянского класса; государство теряло земли и повинности с них; дворяне становились безземельными. В 1649 г. в Уложении явился, наконец, закон, запрещавший духовенству дальнейшее приобретение земель. Но Уложение еще не решилось возвратить государству те земли, которыми владело духовенство.
Заботясь о поднятии нравственности и благосостояния в среде духовенства, Петр с особым вниманием относился к быту белого духовенства, бедного и малообразованного, «ничем от пахотных мужиков неотменного», по выражению современника. Рядом указов Петр старался очистить среду духовенства тем, что насильно отвлекал лишних его членов к другим сословиям и занятиям и преследовал дурные его элементы (бродячее духовенство). Вместе с тем Петр старался лучше обеспечить приходское духовенство уменьшением его числа и увеличением района приходов. Нравственность духовенства он думал поднять образованием и строгим контролем. Однако все эти меры не дали больших результатов.
К монашеству Петр относился не только с меньшей заботой, но даже с некоторой враждой. Она исходила из того убеждения Петра, что монахи были одной из причин народного недовольства реформой и стояли в оппозиции. Человек с практическим направлением, Петр плохо понимал смысл современного ему монашества и думал, что в монахи большинство идет «от податей и от лености, чтобы даром хлеб есть». Не работая, монахи, по мнению Петра, «поедают чужие труды» и в бездействии плодят ереси и суеверия и занимаются не своим делом: возбуждают народ против новшеств. При таком взгляде Петра понятно стремление его к сокращению числа монастырей и монахов, к строгому надзору за ними и ограничению их прав и льгот. У монастырей были отняты их земли, их доходы, и число монахов было ограничено штатами; не только бродяжничество, но и переход из одного монастыря в другой запрещался, личность каждого монаха была поставлена под строгий контроль настоятелей: занятия в кельях письмом запрещены, общение монахов с мирянами затруднено. В конце царствования Петр высказал свой взгляд на общественное значение монастырей в «Объявлении о монашестве» (1724). По этому взгляду, монастыри должны иметь назначение благотворительное (в монастыри помещались на призрение нищие, больные, инвалиды и раненые), а кроме того, монастыри должны были служить к приготовлению людей к высшим духовным должностям и для приюта людям, которые склонны к благочестивой созерцательной жизни. Всей своей деятельностью относительно монастырей Петр и стремился поставить их в соответствие с указанными целями.