Несколько позднее, чем организовались военные игры Петра, пробудилось в нем сознательное стремление учиться. Самообучение несколько отвлекло Петра от исключительно военных забав, сделало шире его умственный кругозор и практическую деятельность. Лишенный правильного образования, Петр, однако, рос в кругу, далеко не вполне невежественном. Нарышкины из дома Матвеева вынесли некоторое знакомство с западной культурой. Сын А. С. Матвеева, близкий к Петру, был образованным на европейский лад. У Петра был немец-доктор. Словом, не только не было национальной замкнутости, но была некоторая привычка к немцам, знакомство с ними, симпатия к Западу. Эта привычка и симпатия перешли и к Петру и облегчили ему сближение с иноземцами и их наукой. Сближение это произошло около 1687 г. таким образом: в предисловии к Морскому Регламенту сам Петр рассказывает, что кн. Я. Долгорукий привез ему в подарок из-за границы астролябию, и никто не знал, как сладить с иностранным инструментом; тогда нашли Петру знающего человека, голландца Франца Тиммермана, который объяснил, что для употребления астролябии нужно знать геометрию и иные науки. У этого-то Тиммермана Петр «гораздо с охотою пристал учиться геометрии и фортификации». В то же время он нашел в селе Измайлове старый английский бот, валявшийся в амбаре. Тиммерман объяснил Петру, что на этом боте можно ходить против ветра, лавировать (чего русские не умели). Петр заинтересовался и нашел человека (как и Тиммермана – из Немецкой слободы), голландца Карштен-Бранта, который стал учить Петра управлению парусами. Сперва учились на узенькой Яузе, а потом – в селе Измайлове на пруде.

Искусство навигации так увлекло Петра, что стало в нем страстью. К изучению этого дела он отнесся очень серьезно. В 1688 г. недовольный тем, что негде плавать под Москвой, он переносит свою забаву на Переяславское озеро (в 100 с лишком верстах от Москвы на север). Мать согласилась на отъезд Петра, и Петр принялся в Переяславле строить суда с помощью мастеров-голландцев. В это время он ничего не хотел знать, кроме математики, военного дела и корабельных забав. Но ему уже шел 17-й год, он был очень развит и физически, и умственно. Его мать вправе была ждать, что достигший совершеннолетия сын обратит внимание на государственные дела и устранит от них ненавистных Милославских. Но Петр не интересовался этим и не думал бросать свое ученье и забавы для политики. Чтобы остепенить его, мать его женила (27 января 1689 г.) на Евдокии Федоровне Лопухиной, к которой Петр не имел влечения. Подчиняясь воле матери, Петр женился, однако через какой-нибудь месяц после свадьбы уехал в Переяславль от матери и жены к кораблям. Но летом этого 1689 г. он был вызван матерью в Москву, потому что неизбежна была борьба с Милославскими.

Переяславскими потехами и женитьбой окончился период отроческой жизни Петра. Теперь он – взрослый юноша, привыкший к военному делу, привыкающий к кораблестроению, сам себя образовывающий, не богословски, как были образованы его отец и братья, а полупрактически, полутеоретически, преимущественно в области точных и прикладных знаний. У него нет привычки к этикету, есть привычка к иноземцам – его учителям, у него демократический круг товарищества. Он привык к занятиям и труду, но не дорос еще до общественной деятельности; много обещая, как способная личность, он возбуждает неудовольствие и беспокойство близких, потому что занят только забавами, и странными для царя забавами. Его интересы как государя берегут другие: другие выбирают минуты для последней борьбы с узурпаторами его власти, другие руководят действиями Петра в этой борьбе.

Эти другие были: Наталья Кирилловна, ее брат Лев Нарышкин и, кажется, больше всего «дядька» Петра, князь Б. Голицын. В 1689 г., когда Петру минуло 17 лет, он мог уже, как взрослый, упразднить регентство Софьи. Неудача второго Крымского похода 1689 г, возбудила общее недовольство и дала удобный повод к действиям против нее. Соображая эти обстоятельства, партия Петра приготовилась действовать; руководителем в этих приготовлениях, по довольно распространенному мнению, был князь Б. Голицын.

Но прямо начать дело против Софьи не решались. В то же время и Софья, понимая, что время близится к развязке, что следует отдать власть Петру, и не желая этого, не решалась на какие-нибудь резкие меры для укрепления себя на престоле. Ей очень хотелось из правительницы стать «самодержицей», иначе говоря, венчаться на царство. Еще с 1687 г. она и Шакловитый думали достигнуть этой цели помощью стрелецкого войска. Но стрельцы не хотели поднимать новый бунт против Нарышкиных и требовать незаконного восшествия на престол Софьи. Лишенная в этом деле сочувствия стрельцов, Софья отказывается от мысли о венчании, но решается самозванно именовать себя «самодержицей» в официальных актах. Узнав об этом, Нарышкины громко протестуют: раздается ропот и в народе против этого нововведения. Чтобы удержать власть, Софье остается одно: привлечь к себе народную симпатию и в то же время возбудить народ против Петра и Нарышкиных. Вот почему и Софья, и ее верный слуга Шакловитый жалуются народу на своих противников и употребляют все средства, чтобы поссорить с ними народ, особенно стрельцов. Но стрельцы весьма мало поддавались речам Софьи, и это лишало ее храбрости. Со страхом следила она за поведением Нарышкиных и ждала от них нападения. Отношения двух сторон с часу на час обострялись.

Петр, вызванный матерью из Преяславля в Москву летом 1689 г., начал показывать Софье свою власть. В июле он запретил Софье участвовать в крестном ходе, а когда она не послушалась, сам уехал, устроив таким образом сестре гласную неприятность. В конце июля он едва согласился на выдачу наград участникам Крымского похода и не принял московских военачальников, когда они явились к нему благодарить за награды. Когда Софья, напуганная выходками Петра, стала возбуждать стрельцов с надеждой найти в них поддержку и защиту, Петр не задумался арестовать на время стрелецкого начальника Шакловитого.

Петр или, вернее, руководившие им лица опасались стрелецкого движения в пользу Софьи. Находясь в Преображенском, они внимательно следил и за положением дел и настроением стрельцов в Москве через преданных им лиц. В то же время и Софья боялась дальнейших неприятностей со стороны Петра и посылала в Преображенское своих лазутчиков. Отношения к началу августа 1689 г. стали до того натянуты, что все ждали открытого разрыва; но ни та, ни другая сторона не хотели быть начинающей, зато обе старательно приготовлялись к обороне.

Разрыв произошел таким образом: 7 августа вечером Софья собрала в Кремле значительную вооруженную силу. Говорят, что ее напугал слух о том, что в ночь с 7 на 8 августа Петр с потешными явится в Москву и лишит Софью власти. Стрельцов, призванных в Кремль, волновали в пользу Софьи и против Петра несколько преданных правительнице лиц. Видя военные приготовления в Кремле, слыша зажигательные речи против Петра, приверженцы царя (в числе их были и стрельцы) дали ему знать об опасности. Но они преувеличили опасность и сообщили Петру, что на него с матерью стрельцы «идут бунтом» и замышляют на них смертное «убийство». Петр прямо с постели бросился на лошадь и с тремя провожатыми ускакал из Преображенского в Троицкую Лавру. В следующие дни, начиная с 8 августа, в Лавру съехались все Нарышкины, все бывшие на стороне Петра знатные и чиновные лица; явилась и вооруженная сила – потешные и Сухарев стрелецкий полк. С отъездом Петра и его двора в Лавру настал открытый разрыв.

Из Лавры Петр и руководящие им лица потребовали от Софьи отчета в вооружениях 7 августа и присылки депутаций от всех стрелецких полков. Не отпустив стрельцов, Софья отправила к Петру патриарха Иоакима как посредника для перемирия. Но преданный Петру патриарх не вернулся в Москву. Петр вторично потребовал представителей от стрельцов и от тяглых людей Москвы. На этот раз они явились в Лавру наперекор желаниям Софьи. Видя, что сопротивляться Петру невозможно, что в стрельцах нет поддержки, Софья сама едет к Троице мириться с Петром. Но ее возвращают с дороги именем Петра и угрозой, если она приедет к Троице, обойтись с нею «нечестно». Возвратясь в Москву, Софья пробует поднять стрельцов и народ на Петра, но терпит неудачу. Стрельцы сами заставляют Софью выдать Петру Шакловитого, которого он потребовал. Лишается Софья и князя В. В. Голицына; после выдачи Шакловитого Голицын добровольно явился в Лавру и ему от Петра была объявлена ссылка в Каргополь (позднее в Пинегу) за самоуправство в управлении и за нерадение в Крымском походе. Шакловитый подвергся допросу и пытке, повинился во многих умыслах против Петра в пользу Софьи, выдал много единомышленников, но не признался в умысле на жизнь Петра. С некоторыми близкими ему стрельцами он был казнен (11 сентября). Не избег казни и преданный Софье Сильвестр Медведев. Обвиненный как еретик и государственный преступник, он сперва был приговорен к ссылке, но позднее (1691), вследствие новых на него обвинений, казнен.