Летом 1659 г. Никон неожиданно приехал в Москву, недолготам пробыл, был принят царем с большой честью, но объяснений и примирения между ними не произошло, отношения оставались неопределенными, и дело не распутывалось. Осенью того же 1659 г. Никон, с позволения царя, поехал навестить два других своих монастыря: Иверский (на Валдайском озере) и Крестный (близ Онеги). Только теперь, в долгое отсутствие Никона, решился царь собрать духовный собор, чтобы обдумать положение дел и решить, что делать. В феврале 1660 г. начало свои заседания русское духовенство и по рассмотрении дел определило, что Никон должен быть лишен патриаршества и священства по правилам св. апостолов и соборов, как пастырь, своей волей оставивший паству. Царь, не вполне доверяя правильности приговора, пригласил на собор и греческих иерархов, бывших тогда в Москве. Греки подтвердили правильность соборного приговора и нашли ему новые оправдания в церковных правилах. Но ученый киевлянин Епифаний Славинецкий не согласился с приговором собора и подал царю особое мнение, уличая собор в неверном толковании церковных правил и доказывая, что у Никона нельзя отнять священства, хотя и должно лишить его патриаршества. Авторитет греков был, таким образом, поколеблен в глазах царя, он медлил приводить в исполнение соборный приговор, тем более что многие члены собора (греки) склонны были оказать Никону снисхождение и просили об этом государя. Итак, попытка распутать дело с помощью собора не удалась, и Москва осталась без патриарха.
Никон же продолжал считать себя патриархом и высказывал, что в Москве новый патриарх должен быть поставлен им самим. Он воротился в Воскресенский монастырь, узнал, конечно, о приговоре собора по поводу его низложения и понял, что теперь ему нелегко возвратить утраченную власть. Удаляясь из Москвы, он рассчитывал, что его будут умолять о возвращении на патриарший престол, но этого не случилось, а собор 1660 г. показал ему окончательно, что в Москву его просить не будут. Что влияние Никона пало совсем, это увидели и другие: сосед Никона по земле, окольничий Боборыкин, вступил с ним в тяжбу, не уступая куска земли когда-то всесильному патриарху. Недовольный тем, что Боборыкину дали суд на патриарха, Никон пишет царю письмо, полное укоризн и тяжелых обвинений. В то же время он не ладит с Питиримом, мало обращавшим внимания на бывшего патриарха, и даже предает его анафеме. Вообще Никон, не ожидавший невыгодного для себя оборота дела, теряет самообладание и слишком волнуется от тех неприятностей и уколов, какие постигают его, как всякого павшего видного деятеля. Но до 1662 г. против Никона не предпринимают ничего решительного, хотя резкие выходки его все больше и больше вооружают против него прежнего его друга царя Алексея.
В 1662 г. приехал в Москву отставленный от своей должности Газский митрополит Паисий Лигарид, очень образованный грек, много скитавшийся по Востоку и приехавший в Москву с целью лучше себя обеспечить. В XVII в. греческое духовенство очень охотно посещало Москву с подобными намерениями. Ловкий дипломат, Паисий скоро успел приобрести в Москве друзей и влияние. Всмотревшись в отношения царя и патриарха, он без труда заметил, что звезда Никона уже померкла, понял, на чью сторону ему должно стать: он стал против Никона, хотя сам приехал в Москву по его милостивому и любезному письму. Сперва, по приезде своем, вступил он в переписку с Никоном, обещал ему награду на небесах за его «неповинныя страдания», но уговаривал вместе с тем Никона смириться перед царем. Но уже с первых дней он советовал царю не медлить с патриархом, требовать от него покорности и низложить его, если не покорится и не «воздержится отдел патриарших». Как ученейшему человеку, Лигариду предложили в Москве от имени боярина Стрешнева (врага Никона) до 30 вопросов о поведении Никона с тем, чтобы Паисий решил, правильно ли поступал патриарх. И Лигарид все вопросы решил не в пользу Никона. Узнав его ответы, Никон около года трудился над возражениями и написал в ответе Лигариду целую книгу страстных и очень метких оправданий.
Очевидно, под влиянием Лигарида царь Алексей Михайлович в конце 1662 г. решился созвать второй собор о Никоне. Он велел архиепископу Рязанскому Иллариону составить для собора как бы обвинительный акт – «всякие вины» Никона собрать – и приказал звать на собор восточных патриархов.
Никон, подавленный отношением царя к нему, и раньше искал мира, посылая к царю письма и прося его перемениться к нему «Господа ради»; теперь же он решил тайком приехать в Москву и приехал ночью (на Рождество 1662 г.), чтобы примириться с государем и предотвратить собор, но той же ночью уехал обратно, извещенный, вероятно, своими московскими друзьями, что его попытка будет напрасной. Видя, что примирение невозможно, Никон снова переменил поведение. Летом 1663 г. он произнес на упомянутого Боборыкина (дело с которым у него продолжалось) такую двумысленную анафему, что Боборыкин мог ее применить к самому царю с царским семейством, что он и сделал, не преминув донести в Москву. Царь чрезвычайно огорчился этим событием и тем, что на следствии по этому делу Никон вел себя очень заносчиво и наговорил много непристойных речей на царя. Об этом, впрочем, постарались сами следователи, выводя патриарха из себя своими вопросами и своим недоверием к нему. Если царь Алексей Михайлович сохранил еще какое-нибудь расположение к Никону, то после этого случая оно должно было исчезнуть вовсе.
Восточные патриархи, приглашение которым было послано в декабре 1662 г., прислали свои ответы только в мае 1664 г. Сами они не поехали в Москву, но очень обстоятельно ответили царю нате вопросы, какие царь послал им о деле Никона одновременно со своим приглашением. Они осудили поведение Никона и признали, что патриарха может судить и поместный (русский) собор, почему присутствие их в Москве представлялось им излишним. Но царь Алексей Михайлович непременно желал, чтобы в Москву приехали сами патриархи, и отправил им вторичное приглашение. Очень понятно это желание царя разобрать дело Никона с помощью высших авторитетов церкви; он хотел, чтобы в будущем уже не оставалось места сомнениям и не было возможности для Никона протестовать против собора.
Но Никон не желал собора, понимая, что собор обратится против него, он показывал вид, что собор для него не страшен, но в то же время сделал открыто и гласно первый шаг к примирению, чтобы этим уничтожить надобность собора; он решился с помощью, и может быть по мысли, некоторых своих друзей (боярина Н. И. Зюзина) приехать в Москву патриархом, так, как когда-то уехал из нее. Ночью на 1 декабря 1664 г. он неожиданно явился на утреню в Успенский собор, принял участие в богослужении как патриарх и послал известить государя о своем приходе, говоря: «Сшел я с престола никем не гоним, теперь пришел на престол никем незванный». Однако государь, посоветовавшись с духовенством и боярами; собранными тотчас же во дворец, не пошел к Никону и приказал ему уехать из Москвы. Еще до рассвета уехал Никон, отрясая прах от ног своих, понимая окончательно свое падение. Дело о приезде его было расследовано, и Зюзин поплатился ссылкой. Никону приходилось ожидать патриаршего суда над собой. В 1665 г. он тайком отправил патриархам послание, оправдывая в нем свое поведение, чтобы патриархи могли правильнее судить о его деле; но это послание было перехвачено и на суде служило веской уликой против Никона, потому что было резко написано.
Только осенью 1666 г. приехали в Москву патриархи Александрийский Паисий и Антиохийский Макарий (Константинопольский и Иерусалимский сами не приехали, но прислали свое согласие на приезд двух первых и на суд над Никоном). В ноябре 1666 г. начался собор, на который был вызван и Никон. Он держал себя как обиженный, но признал собор правильным; оправдывался он гордо и заносчиво, но повиновался собору. Обвинял его сам царь, со слезами перечисляя «обиды» Никона. В декабре постановили приговор Никону, сняли с него патриаршество и священство и отправили в ссылку в Ферапонтов Белозерский монастырь. Так окончилось «дело патриарха Никона».
