Простившись с уходящим на родину транспортом, Франклин направился мимо острова Диско ко входу в пролив Ланкастера, Миновав этот остров, «Эребус» и «Террор» попали в страшный шторм. Опасность увеличивалась еще и тем, что вокруг было много айсбергов, раскачивавшихся на волнах и порой с грохотом переворачивавшихся. Отклонившись несколько на север, экспедиция попала на широте Уппернивика (Гренландия) в так называемый срединный лед Баффинова залива. Продвижение по узким каналам между льдинами заняло очень много времени. Местами английские суда проходили под парусами, местами с помощью паровой машины, иногда же приходилось заводить ледяной якорь и подтягиваться затем к льдине по тросу. Некоторое время экспедиция шла в сопровождении китобойных судов. 22 июля Джон Франклин последний раз побеседовал с белым человек, который не участвовал в экспедиции. Это был капитан китобойца Мартин. Наиболее интересным местом этой беседы, которая была опубликована после гибели экспедиции, стало то, что Франклин считал свои суда обеспеченными продовольствием «на пять и может устроиться так, чтобы его хватило даже на семь лет».
Последний раз суда экспедиции Франклина в 1845 году видели 26 июля, когда они стояли на ледовых якорях в бухте Мельвиля (Гренландия). Еще два дня — и они ушли в Арктику.
Летом следующего года Франклина с нетерпением ждали в Лондоне, но не дождались. Вестей от него также не было. Столь же безрезультатным было ожидание и в дни очередных навигаций — 1847 и 1848 годов. Правда, зная, что продовольствия на суда взято на пять лет, особо за судьбу путешественников сильно никто не переживал. Однако на всякий случай было снаряжено несколько поисковых групп, которые вышли в Атлантику по следам пропавшей экспедиции. Но все они вернулись, не только не обнаружив следов Франклина, но и не найдя там даже местных эскимосов. Знатоки Севера, старые полярники, знаменитые исследователи арктических пустынь нашли нужным высказать свое компетентное мнение по вопросу отсутствия вестей от Франклина, все сильнее и сильнее волновавшего умы различных слоев населения, как на Британских островах, так и во многих приполярных странах. Их вывод состоял в том, что наихудшее, чего следовало опасаться, была потеря Франклином обоих кораблей. Однако тут же оговаривалось, что их одновременная гибель маловероятна: в арктических морях нет страшных бурь, как в южных широтах, трудно предположить, чтобы оба корабля одновременно разбились о рифы, еще невероятнее возможность пожара на обоих судах. От сжатия льдов оба судна были отлично защищены.
Английское правительство решило отправить на поиски еще шесть кораблей, двум из которых предстояло искать экспедицию Франклина со стороны Берингова пролива. В декабре 1849 года министр иностранных дел Англии лорд Пальмерстон обратился через русского посланника в Лондоне с просьбой к правительству России, чтобы Российско–Американская компания, ведавшая Аляской, оказала «содействие к успешному достижению цели Великобританского правительства» и приютила тех «злополучных моряков» экспедиции Франклина, которым удалось достигнуть русских владений в Америке. Россия внимательно и дружественно отнеслась к просьбе английского правительства, но, к сожалению, ничем не могла помочь.
Первые следы присутствия экспедиции Франклина, а вернее, следы первой зимовки экспедиции, были найдены 23 или 26 августа 1850 года на мысе Спенсера (остров Бичи). В тот день английский поисковый отряд лейтенанта Уильяма Пенни с корабля «Леди Франклин» обнаружил остатки хижины (каменного барака), где среди многочисленных жестянок из‑под супа на одной удалось обнаружить надпись «Г. М. Дональд» (моряк с «Террора»). Затем, между бараком и мысом Райли, было найдено место зимовки английских путешественников (вновь жестянки из‑под супа, куски одежды, наковальня, бумаги с датами «1844» и «1845») и три могилы зимовщиков, умерших в январе—апреле 1846 года. Двое умерших моряков были из команды «Эребуса» и один — из команды «Террора».
22 октября 1850 года в Новоархангельск прибыл английский военный шлюп «Предприятие» под командой лейтенанта Ричарда Коллинсона. Русские промышленники предложили англичанам для предстоящих поисков 9 байдар с достаточным числом алеутов. И прежде чем отправиться на зимовку в Гонконг, Коллинсон оставил в Новоархангельске лейтенанта Борнарда, дав задание проверить ходившие среди эскимосов слухи о том, что у северных берегов Аляски разбились два неизвестных судна.
30 сентября 1852 года в бухте Кембриджа экспедиция Коллинсона у встреченных эскимосов нашла железный стержень от паровой машины и такой же стержень с клеймом Лондонского Адмиралтейства. Это были уже явные следы экспедиции Франклина. Тем не менее еще три последующих года английские моряки прилагали героические усилия, чтобы проникнуть в тайну бесследного исчезновения Джона Франклина, но все было безрезультатно.
Спасательные суда продолжали уходить в Арктику в течение еще 7 лет. 19 экспедиций обследовали Северо–западный путь со стороны Берингова пролива и моря Лабрадор. Во льдах было оставлено и потеряно 8 поисковых судов, но и эти усилия остались безуспешными.
20 апреля 1854 года до Британских островов дошла новость, что на реке Мэкензи эскимосы перебили экспедицию европейцев. По другим данным, эти путешественники погибли от голода. Новость сообщил доктор Джон Рэ, нанятый Гудзоновской компанией, чтобы закончить съемку острова Бутия, соседнего с островом Северный Соммерсет. В тот день Рэ встретил эскимоса, который и рассказал о погибшей экспедиции.
По утверждению эскимосов, они обнаружили в районе острова Земля Короля Уильяма несколько могил и около 36 незахороненных трупов на материке, по соседству с мысом Огль и островом Монреаль, и 5 трупов на острове. Некоторые трупы были закопаны, некоторые лежали в палатках, некоторые были найдены под перевернутой лодкой, которая служила им убежищем. На одном из трупов висела подзорная труба на ремне, а под рукой лежало двуствольное ружье. Скорее всего, это был офицер. Джон Рэ выкупил у эскимосов несколько английских орденов, серебряную тарелочку с выгравированной надписью «Сэр Джон Франклин, кавалер Ордена Бани», а также множество серебряных ложек и вилок с инициалами членов экспедиции; капитана Крозье, врача Джона С. Педди, лекарских помощников Гарри Д. С. Гудсира и Александра Мак–Дональда. Возможно, это был отряд, которому поручили как можно быстрее добраться до людей и оповестить о плачевном состоянии экспедиции Франклина.
30 июня 1855 года экспедиция Гудзоновской компании, состоявшая из отрядов Джемса Андерсона и Джемса Стюарта, у порогов в то время еще безымянного озера (позже названо озером Франклина) обнаружила 3 эскимосские хижины, где были найдены шесты для палаток, медные и жестяные котлы, железные суповые миски, обрывок письма с датой «1843», цепные крюки, долота, обрывки канатов и флагов. Несомненно, это были предметы со шлюпки, принадлежавшей одному из пропавших английских кораблей.
1 июля 1856 года из шотландского порта Абердин вышло в море очередное поисковое судно — шхуна «Фокс» под командой опытного полярного путешественника капитана Леопольда Мак–Клинтока, которая была куплена на деньги жены начальника пропавшей экспедиции — Джейн Франклин.
Л. Мак–Клинток пользовался славой прекрасного полярника, одного из лучших знатоков арктических пустынь и природы, и человека, обладающего превосходными чертами характера, что особенно важно в полярных путешествиях. Вся команда маленького «Фокса» состояла из 25 человек. Большая часть из них участвовала в прежних плаваниях в Арктику. Мак–Клинток имел возможность отобрать для своего судна самых надежных, испытанных и опытных моряков и полярников, так как количество желающих участвовать в экспедиции было весьма велико. Весь начальствующий состав корабля неоднократно бывал в арктических плаваниях: П. Хобсон (неоднократно ходил на «Пловере» через Берингов пролив), Аллен В. Юнг (капитан торгового флота), Петерсон (морской капитан, провел полжизни за Полярным кругом, участник экспедиций Пенни и второй Гриннелевской). Судно имело двойную обшивку корпуса, специальное подкрепление корпуса, судовой форштевень был обит толстыми листами железа, был установлен более мощный паровой котел и новый винт. Недостатками «Фокса» были его малость и неспособность преодолевать тяжелые льды. Главной задачей экспедиции был розыск еще, возможно, оставшихся в живых членов команд судов Франклина, а дополнительной — поиски и сохранение письменных документов пропавших путешественников.
