Коллегия довольно просто вышла из затруднения: Шпангбергу предписывалось ещё раз проделать вояж в Японию, о чем представить более точные и основательные данные. Как громом, поразило Шпангберга приказание, вручённое ему ещё в Якутске, вернуться в Охотск и повторить своё плавание. Разгневанный незаслуженной несправедливостью, моряк отправился к месту назначения. Но в Петербурге не успокоились на этом; повидимому, у Шпангберга были не только недруги, но и заступники. Для проверки и перевычислений показаний моряков была избрана авторитетная комиссия из моряков под председательством Дмитрия Лаптева и гидрографа адмирала А. Нагаева.
В тяжёлом настроении духа, в августе 1740 года вернулся Шпангберг в Охотск и, конечно, не смог в ту же навигацию осуществить поход. В Охотске ещё находился Беринг, деятельно готовившийся к своему походу в Америку. Никак не предполагая, что Шпангбергу ещё раз придётся пускаться в море, он забрал все его запасы, а также и лучшие его суда; вряд ли он и придавал какое-либо значение новому походу своего коллеги.
Новое осложнение угнетающе подействовало на моряков: уже не чувствуется в их работе прежней энергии, все идёт неудачно. Все же Шпангберг отправляется в Якутск и заготовляет там к новой экспедиции снаряжение и провизию. Сопровождаемый большим транспортом, он возвращается в Охотск уже к концу июня 1741 года, за ним следуют дополнительные грузы. Пока заканчивали постройку новых судов и подготовляли их к экспедиции, наступил сентябрь; о дальнем путешествии в Японию нечего было и думать, но кое-что, — полагал Шпангберг, — можно было выполнить ещё и в эту навигацию.
Послав «Надежду» под командою мичмана Шельтинга для описи западного берега Охотского моря до устья Амура, Шпангберг с остальными судами вышел в Большерецк на Камчатку, где намеревался перезимовать. Во время приключившейся по дороге сильной бури бригантина «Св. Михаил», которой «командовал за недостатком надёжных морских офицеров геодезист Свистунов», потеряла способность управляться и со сломанной бурею гротмачтой была отброшена к Курильским островам. Неудача постигла и «Надежду»: пройдя Шантарские острова и нигде не найдя хорошей стоянки, судно получило сильную течь. Теперь приходилось думать уже не об описи берегов, а о спасении команды, а потому Шельтинг поспешил вернуться в Большерецк. К началу октября все суда находились в Большерецке.
23 мая 1742 года Шпангберг снялся с якоря и снова поплыл в Японию. Сам он держал флаг на только что выстроенном пакетботе «Св. Иоанн». Штурмана Петрова уже не было с ним, вместо него он взял штурманов Хметевского и Верещагина. Специально для этого путешествия к Шпангбергу были прикомандированы из Петербурга в качестве переводчиков двое учеников Академии, изучавших японский язык. В походе принял также участие и «Св. Михаил» с новой гротмачтой, перевезенной «с великими усилиями» из Верхнекамчатска. Командовал кораблём тот же Шельтинг, а дубельшлюпкой «Надежда» — штурман Ртищев.
Рассказывать много о ходе этого последнего плавания к берегам Японии нечего. Перед нами все та же хорошо знакомая картина. Не успели войти в море, как подчинённые Шпангбергу суда, шмыгнув в разные стороны, «растерялись». Не дожидаясь и не отыскивая отставших, Шпангберг взял курс прямо на Японию. Но через некоторое время, достигнув 41° 15' широты, «оставленный теперь без помощников, встречая постоянно противные ветры и туманы» и полагая, «что, за отлучившимися судами, одним оставаться в море опасно, и сношения с Японией будут затруднительны, что, наконец, люди начали ослабевать и могут открыться болезни», — созвал совет, на котором предложил вернуться домой. Не встретив ничьего сочувствия, уныло продолжал путь дальше.
Однако, увидеть берегов Японии «Св. Иоанну» все же не удалось. 30 июня, когда находились на широте 39° 35', на судне открылась большая течь «до 14 дюймов в полчаса». Кое-как заделав пробоину, повернули и поплыли обратно и у первых же Курильских островов «нашли здесь все отлучившиеся суда отряда». Но было уже поздно действовать совместными силами, к тому же шлюп «Большерецк» «сильно поколотился на камнях». Переведя Шельтинга на «Надежду», Шпангберг поручил ему продолжать начатую в прошлом году опись берегов от реки Уды до устья Амура, сам же с остальными кораблями направился в Большерецк, куда и прибыл 29 июля.
Результаты этой экспедиции, предпринятой людьми, уже явно утратившими бодрость и действовавшими лишь «во исполнение высшего распоряжения», оказались крайне ничтожными. Лишь Шельтингу поверхностно удалось описать небольшой кусочек западного берега Охотского моря. По окончании экспедиции сам Шпангберг рассудил: продолжать экспедицию в будущее лето никаких «резонов не имеется». Этим походом в Японию закончилось его участие в Великой Северной экспедиции.
Читателя, вероятно, интересует окончательный вывод комиссии, назначенной для выяснения вопроса: побывали ли моряки в предшествующий рейс в Японии или нет? Это сомнение было разрешено лишь в 1746 году, т.-е. спустя три года по окончании всей Великой Северной экспедиции, и в положительном для обоих моряков смысле. «Без всякого сомнения признавается, — сказано в донесении этой комиссии, — что капитан Вальтон, по всем обстоятельствам, был подлинно у восточных берегов Япона, а не у Кореи…» В менее определённом тоне и в довольно обидной для моряка редакции комиссия вынесла заключение и о плавании в Японию корабля Шпангберга: «Что же касается до вояжа капитана Шпангберга, — следует далее в донесении, — по всем его журнала обстоятельствам едва ли возможно было кому поверить, что он, Шпангберг, подлинно коснулся плаванием своим северного угла острова Япона, если бы он ходил на море один; но как он в помянутом вояже, мая от 25-го, от Большерецкого острога, июня по 15 число до самого у японских земель в туман отлучения неразлучно шёл, и виды у японских берегов и прочие случаи в журнале, что в натуре видел, записал… — потому Шпангбергово у Япона, и о возвратном его пути меж японскими островами бытие причесться или признано быть может… А чтоб из Шпангбергова журнала сочинить пути его верную карту, и положения на ней аккуратного тех островов, которые он при прохождении видел, и части острова Япона, того не токмо другому кому, но и ему самому, Шпангбергу, сочинить и в достоверность на карте положить, за вышедонесенными, в журналах его записанными, многими необстоятельствы — невозможно».
Трудно теперь сказать, чем была вызвана такая странная формулировка заключения комиссии о плавании Шпангберга; виною ли тому не вполне точные его исчисления местоположения японских берегов, или же, быть может, неприязненное отношение к нему членов комиссии? Но одно несомненно: Вальтон, так упорно избегавший совместного плавания со своим начальником, достиг своего, — он не только оттеснил Шпангберга, разработавшего весь план экспедиции, но и значительно уронил его престиж и умалил его заслуги. Время, однако, воздало каждому должное: в истории русского мореплавания за Шпангбергом остаётся приоритет исследования Курильских островов и берегов Японии.
