Петро І, дізнавшись про напрямок руху шведського війська, через Меншикова почав вимагати від Мазепи більш активних дій із захисту спільних (як він думав) інтересів, на що Мазепа відповідав зволіканнями. Він передавав царю, що не може виступити на з’єднання з ним через хворобу, або повідомляв, що повинен перебувати в Україні для того, аби вберегти запорожців від нового повстання. Мабуть, у ставці Петра І не одразу зрозуміли, що це зволікання є небезпідставним. Однак поступово тиск на Мазепу з боку Меншикова і Петра І посилювався. Вже в жовтні 1708 року Олександр Меншиков, який перебував зі своїм військом за кількасот кілометрів від гетьманської ставки Батурина, став наполягати на особистій зустрічі з Мазепою, вочевидь підозрюючи українського гетьмана у нещирості. Роздумувати далі не було сенсу. Тож 28 жовтня Іван Мазепа відкрив карти й оголосив про свій перехід на бік шведів. А вже 4 листопада з’явився гетьманський універсал, у якому Іван Мазепа урочисто присягав перед вищою українською старшиною. Зауважимо, що текст присяги було офіційно оголошено в молдавському місті Бендери лише після смерті гетьмана Мазепи. У ньому сказано, що задля визволення батьківщини, Війська Запорозького й усього українського народу «від страшного московського ярма неволі, вложеної на наші шиї», щоб «привернути, поправити й поширити поламані й до останнього упадку доведені закони та свободи», він, гетьман Мазепа, прийняв протекцію шведського короля Карла XII і мав за свій «обов’язок, із своєї синівської любови до цієї отчизни, матки нашої, і з повинности свого гетьманського уряду, проти ворогів москалів, за добро отчизни, в обороні законів і свобід, повстати, усіма способами й засобами боронитися та з’єднаними збройними силами св. королівського маєстату Швеції й Війська Запорозького, не щадячи свого маєтку, здоров’я, життя й останньої краплі крови, воювати з москалями так довго, доки не визволиться наша Малоросійська отчизна й Військо Запорозьке від деспотичного московського ярма, й наші закони та свободи з побільшенням не повернуться до давнього стану».
Неважко уявити, яку реакцію викликало в оточенні Петра І таке рішення гетьмана Мазепи. Це був ефект бомби, що вибухнула. Насамперед про те, що Мазепа перебуває в таборі Карла ХІІ, дізнався Меншиков, який і відрядив гінця з таким шокуючим повідомленням до ставки царя. Немало сучасних істориків дотримуються думки про те, що Петро І після отримання інформації від Меншикова був у стані нервового зриву. А з огляду на його безмежну владу і садистські нахили можна припустити, що царське оточення першим поплатилося за «зраду» українського гетьмана. Про це, до речі, теж згадують історичні джерела.
Однак, до честі московського царя, Романов досить швидко опанував себе і перейшов від тероризування свого оточення до більш плідної роботи. За короткий час він видав цілу низку царських маніфестів, у яких звертався до населення України. Зміст тих маніфестів також легко собі уявити. У них Петро І вдавався до банальної демагогії, твердив про якісь свободи й вільності «малоросіян», якими вони завдячували нікому іншому, як йому, і таке інше. Окрім того, царські грамоти містили заклик до козацької старшини зібратися для виборів нового гетьмана. Петро І не звертав уваги на таку дрібницю, як той факт, що рада козацької старшини ще не позбавила гетьмана Мазепу булави, а отже, обирати нового гетьмана було б юридично неправомірно.
Було з легкої руки царя вжито й інших заходів, спрямованих на опікування тими «свободами і вольностями малоросіян», які він з батьківською турботою проголошував у своїх маніфестах. І першим із таких «гуманних» заходів можемо назвати похід на Батурин, який 2 листопада за наказом царя здійснив корпус Олександра Меншикова. У ході цього виступу були вбиті всі мешканці міста, незалежно від віку і статі. За різними оцінками дослідників, загинуло від 11 до 15 тисяч жителів Батурина. В історію України ці події увійшли під назвою «різанина в Батурині». Місто разом із православними храмами, за які завжди так уболівала православна Москва, було пограбоване. Коли ж озвірілі солдати закінчили свою криваву справу, Батурин за наказом Меншикова був спалений дотла. З церквами, ясна річ.
Ось що пише про бузувірства російського війська у Батурині історик Микола Маркевич: «Сердюки були частиною вирізані, частиною пов’язані в одну юрбу мотузками. Помстившись за вчорашнє, Меншиков доручив катам стратити їх різноманітними стратами; військо, скрізь і завжди готове до грабунку, розсіялось по домівках обивательських і, не розбираючи невинних від винних, винищило мирних громадян, не пощадив ні жінок, ні дітей. Сама звичайна смерть була живих четвертувати, колесувати і на палю садити, а далі вигадані були нові роди мук, саме уяву в жах приводять».
У найтемніших тонах згадують про батуринські події й інші дослідники. Зокрема, генерал-майор Олександр Рігельман, відомий російський військовий інженер та історик, пише: «Меншиков місто одержав, люди всі мечу віддані, як у фортеці, так і в передмісті, без залишку, не шкодуючи навіть немовлят, не тільки старих».
Сумна доля очікувала не лише на жителів Батурина. «Ласкава» царська політика заохочувала російських урядовців проводити в Україні такі репресії, масштаб яких затьмарив собою навіть каральний рейд Ієремії Вишневецького українськими землями у 1648 році у відповідь на виступ Богдана Хмельницького. До рук царських катів потрапляли як люди з оточення Івана Мазепи, так і ті, хто не мав до гетьмана і його дій жодного стосунку.
Далі були вибори нового гетьмана, які відбулися 6 листопада 1708 року, оголошена московською православною церквою анафема гетьману Мазепі, сумнозвісна Полтавська битва. Однак це віхи життя самого Івана Мазепи. Нас же насамперед цікавлять наслідки відчайдушної спроби гетьмана вивести Україну з-під влади Москви, а також значення цих подій для російського царату в Україні, який запровадив Малоросійську комісію і спричинив тривалий період, що отримав назву Безгетьмання.
Слід зауважити, що події 1708—1709 років тривалий час подавали на наш розгляд саме ті люди, які виступали послідовниками російського імператора і яких аж ніяк не вирізняв справедливий погляд на історію України. В. Голобуцький писав: «Кожен, хто торкався постаті Мазепи, мусив – хотів він цього чи не хотів – називати цього гетьмана зрадником. У протилежному випадку зрадником називали б дослідника». Проте маємо сказати, що, хоч зараз в Україні гетьману віддають усю належну йому шану, наслідки його дій навряд чи можна оцінювати лише з позитивного боку. Не тому, що Мазепа вчинив неправильно. Навіть не тому, що програв найголовнішу у своєму житті битву. Військова фортуна іноді неприхильна до найхоробріших, це відомий факт. Головною помилкою гетьмана було те, що він, забувши істину, відкриту Богданом Хмельницьким, зробив у своїй боротьбі наголос не на простий народ, а взяв за союзників лише козацьку старшину, цю нову аристократію, створену, у тому числі, і дбанням Москви. І результат не примусив на себе довго очікувати – ці люди першими відвернулися від свого гетьмана. А Україна відчула, як після поразки Івана Мазепи лещата руйнування Росією її самостійності почали стискатися з новою, раніш не баченою силою.
Гетьман Іван Скоропадський, обраний, як було сказано, 6 листопада 1708 року, вже не мав навіть тієї нестійкої ілюзії незалежності від Петра І, яку мав Мазепа, перебуваючи на посаді лівобережного гетьмана. Полтавська перемога Росії цілковито розв’язала руки Петру I щодо Гетьманщини. Країна, спустошена спочатку війною, а пізніше епідемією чуми, стала територією російської військової окупації. Росія не тільки постійно тримала тут своє військо, яке складалося з десяти драгунських полків, коштом місцевого народонаселення. Вона дедалі настирливіше втручалася у внутрішні справи України, які досі були в компетенції гетьманського уряду. Козацьке військо цілковито було передане під командування російських генералів і значно ослаблене. Таким кроком Петро І убезпечував себе від діянь наступників Мазепи, у появі яких, судячи з усього, не мав сумнівів. Тож, якщо він не міг вплинути на симпатії непокірних «малоросів», то ослабити їх з військової точки зору вважав тепер за необхідне, що й успішно втілював у життя. Відомо, наприклад, що вся належна українському гетьману артилерія була вивезена на початку 1709 року до Московського царства. Крім того, усі ключові старшинські посади в козацькому війську обіймали люди, у лояльності яких особисто пересвідчилися московські воєводи. Цар не просто залишив за собою виключне право призначати генеральну старшину й полковників – іноді це були навіть сотники. Петро І призначав на ці уряди зовсім чужих для України людей, наприклад росіян, молдаван, сербів або поляків. У Глухові, куди, за наполяганням Петра І, була перенесена столиця Гетьманщини у 1709 році, московські ставленики прискіпливо наглядали за діяльністю гетьмана, який мусив радитися з ними в усіх, навіть найдрібніших, справах.
