Территорию от набережной Карповки до улицы Профессора Попова занимает Ботанический сад (см.: ул. Профессора Попова, 2).

В одном из корпусов Ботанического сада, выходящих на набережную, в 1910-е гг. находилась редакция вестника центральной патофизиологической станции Ботанического сада – журнала «Болезни растений», редактором которого был И.А. Оль, брат известного архитектора.

За садом территория вплоть до Инструментальной улицы принадлежала Министерству внутренних дел.

На углу набережной и улицы Профессора Попова, в то время Песочной, стояла служебная двухэтажная дача министра внутренних дел. В 1900-е гг. ее занимал председатель Совета министров П.А. Столыпин.

12 августа 1906 г. около трех часов дня три боевика – рабочие И. Типунков, Н. Иванов и Э. Забельшанский, переодевшись жандармами проникли на дачу, где были разоблачены охранником. С криком «Да здравствует свобода!» они бросили туго набитые портфели на пол. Раздался страшный взрыв. Стоявшие на верхнем балконе над подъездом дачи дети Столыпина взрывом были выброшены на набережную. Большая часть дачи разрушилась. Уцелел только кабинет. В результате раскопок, производимых нижними чинами Гренадерского и Московского полков и пожарными командами пяти городских частей были обнаружены 27 человек убитых на месте и 32 раненых (хотя в справке, составленной департаментом полиции, убитых и скончавшихся от ран указывалось 30 человек), П.А. Столыпин не пострадал. 13 июля 1907 г. принято решение о сооружении обелиска в память погибших. Его заложили 12 августа 1907 г. Через год, в августе 1908 г., состоялось открытие. Проект исполнил гражданский инженер В.К. Торлецкий при участии архитектора Р. Марфельда. При возведении обелиск украсили иконой Воскресения Христова, исполненной монахинями Новодевичьего монастыря, и доской «под старую бронзу» с именами погибших.

На углу набережной и улицы Профессора Попова (дом № 6а/1) в 2001–2008 гг. возведен многофункциональный жилой комплекс (арх. И.А. Солодовников и Ю.В. Исадченко).

На набережную выходят корпуса завода «Красногвардеец» (см.: Аптекарский пр., 9). В 1939 г. началось строительство главного трехэтажного корпуса завода. Он вытянулся вдоль Большой Невки почти на 200 м. В 1973–1974 гг. для завода построено административное здание.

В 2008 г. на набережной установлен памятник Менеджеру (скульпторы П. Игнатьев, Д. Прасолов).

От набережной реки Карповки до Аптекарской набережной. Свое название проспект получил от аптекарского огорода, заложенного в 1714 г. по указу Петра I для выращивания лекарственных трав. От этого огорода пошло название острова и проспекта. Аптекарский огород подчинялся Главной аптеке, следовательно, и Медицинской канцелярии. Помимо заготовки лекарственных трав здесь ставились опыты по проверке эффективности различных лекарственных средств, велся обмен семенами и растениями с иностранными ботаниками, преподавалась ботаника ученикам госпиталей.

В 1730-е гг. сделаны первые попытки благоустройства острова. Была прорублена просека длиной свыше километра, послужившая впоследствии (1798 г.) трассой Аптекарского проспекта. Первоначально названия она не имела, построек на ней не было. Хозяевами здесь были только служащие огорода и мастерской лекарских инструментов.

В начале XIX в. началось благоустройство всей трассы, которой придавался вид улицы. В 1817 г. ее назвали Малым Аптекарским проспектом. В 1828–1845 гг. она называлась Песочным проспектом, Песочной улицей (название связано с характером почвы этой местности), вновь Аптекарским проспектом. В 1856 г. это название закрепилось окончательно.

На участке от набережной Карповки до улицы Профессора Попова с выходом к Большой Невке расположен Ботанический сад. Он создан в 1823 г. на базе Аптекарского огорода. В 1931 г. здесь организован Ботанический институт АН СССР. В 1940 г. ему присвоено имя В.Л. Комарова (см.: ул. Профессора Попова, 2).

Со стороны проспекта просматриваются главное здание института и четырехэтажный дом гербария и библиотеки Ботанического сада, возведенный в 1911–1915 гг. по проекту архитектора А.И. Дитриха (дом № 1). Центральная ось его главного фасада выделена двумя парами пилястр ионического ордера.

В здании хранится уникальный гербарий, насчитывающий около пяти миллионов листов растений.

15 ноября 1941 г. одна из бомб попала в Ботанический сад и разрушила оранжереи, где погибло много редких растений и деревьев.

На территории Ботанического сада, на пересечении проспекта с улицей Профессора Попова, в 1912–1914 гг. по проекту А.И. Дитриха построено здание для рабочих и сотрудников сада.

Дом № 3 (см.: ул. Профессора Попова, 5).

В 1792 г. на участке, занимаемом домами №№ 5, 7 и 9, построили двухэтажное здание для Медико-хирургического училища. В связи с тем, что оно располагалось далеко от госпиталей, было решено «здание обратить в помещение фабрики хирургических инструментов, лаборатории, типографию, заведя тут же особый Запасный магазин аптекарских материалов ради лучшего сбережения оных».

Вопрос о постройке «Магазина аптечных материалов» (что-то вроде склада) с лабораториями и подсобными помещениями, включающими эксикаторию – сарай для сушки лекарственных трав, затянулся до 1830-х гг. Весной 1837 г. архитектор З.Ф. Краснопевков выполнил план местности, представив его в Комиссию проектов и смет Совета путей сообщения и публичных зданий. План был представлен Николаю I и Высочайше одобрен.

Здание магазина с флигелями возведено вдоль Аптекарского проспекта. Слева и справа от него, а также за ним построены лаборатории. Автором этих домов, видимо, был архитектор-строитель З.Ф. Краснопевков, в 1830-е гг. работавший в Медико-хирургической академии; в 1837–1843 гг. он служил в МВД. Некоторые чертежи, хранящиеся в архиве, подписаны Д. Висконти, Ф. Руска и Шарлеманем 2-м.

Главный запасный магазин («Магазин аптечных материалов») в результате слияния магазина Главной аптеки, погребов и лабораторий медицинского сада стал родоначальником Химикофармацевтического завода № 1 (дом № 5).

С Главным запасным магазином, впоследствии переросшим в завод военно-врачебных заготовлений, связаны первые шаги отечественной лекарственной химии. Он был тесно связан с Медикохирургической академией. В 1808 г. учреждено особое фармацевтическое отделение для подготовки провизоров. Для студентов читались лекции по фармации, фармакологии, химии, зоофармакологии и зоотомии.

В 1840-е гг. было решено построить новый Запасный магазин с лабораторией. Его строительство завершилось в 1846 г.

В конце 1890-х гг. Главный запасный магазин объединился с Инструментальным хирургическим заводом в Завод военноврачебных заготовлений. Впервые в России здесь было налажено массовое производство готовых дозированных лекарственных препаратов. С 1900 г. стала действовать таблеточная мастерская, изготовлявшая прессованные таблетки из дозированных порошков. Выпускались настойки, экстракты, мази, растворы из растительных веществ.

25 мая 1900 г. завод переименован в завод врачебных заготовлений. В его обязанность входило снабжать всем необходимым учреждения, подчиненные Главному военно-санитарному управлению, а затем – Наркомату здравоохранения. На заводе изготовляли весь комплекс медикаментов, необходимых Красной Армии и населению, – хирургические инструменты и врачебные предметы, аппараты для дезинфекции, фельдшерские сумки, протезы, асептические и индивидуальные пакеты, халаты для медицинского персонала.

В 1922 г. завод назывался «Военврач», с 1937 г. – Химикофармацевтический завод № 1. Приказом наркома здравоохранения от 11 сентября 1938 г. завод ориентировался на выпуск готовых медицинских препаратов и патентованных средств. С 1939 г. создавались новые врачебные препараты: цитрамон, таблетки витамина С и сухого йода, свинцовая примочка и другие.

Во время Великой Отечественной войны ни один из цехов завода, несмотря на острую нехватку сырья, топлива, электроэнергии, не был законсервирован. Из 660 рабочих, работавших до войны, в блокаду оставалось лишь 339 человек.