Для жаждущих поживы вако абордаж был естественной тактикой морского боя. Их интересовали содержимое трюмов, поэтому топить корабли было незачем. На протяжении всей японской истории морская тактика практически не менялась. Единственный заметный шаг вперед произошел в период Сенгоку, когда огнестрельное оружие начало вытеснять луки. Но и с новым оружием принципы ведения боя оставались прежними: огнем выбить команду противника на палубе корабля, после чего взять корабль на абордаж. Тактика окончательно оформилась в ходе двух сражений при Кидзугавагути. На формирование тактики повлияла существовавшая самурайская традиция, согласно которой самураи на поле боя выбирали себе достойного противника и вступали с ним в поединок на мечах.

Морские сражения времен войны в Корее снова показали важность абордажа. Адмирал Ли старался дело до абордажа не доводить, предпочитая расстреливать японские корабли из пушек с безопасного расстояния. В сражении при Унчхонс в 1593 г. Вакидзака Ясухару и Като Есиаки сумели забросить абордажные крючья на один и тот же корейский корабль. Взбешенный Вакидзака приказал своим солдатам перерубить канаты крючьев, заброшенных Като. Пока самураи выясняли отношения, корейский корабль благополучно ушел. В дневниках Ли также отмечается случай, произошедший в ходе сражения при Мёнъяне в 1597 г.: «Вражеские орды, словно черные муравьи взбирались на корабль Ан Ви, но с помощью утыканных шипами дубин, длинных копий и камней попытку абордажа удалось отразить».

В действительности, только в ходе сражения при Чхилчохнняном против бездарного адмирала Вон Кюна японская тактика сработала. Под звуки барабанов и гонгов, осыпая противника градом стрел, японцы взяли корейские корабли на абордаж и добыли множество голов.

Сражение при Сунчхоном произошло в самом конце корейской войны. В его ходе действовали абордажные отряды, но их применяли необычным образом. По договоренности, флот династии Мин под командованием Чень Линя должен был во время прилива подойти к стенам замка Сунчхон и обстрелять его, готовя наземный штурм. Но к несчастью для китайцев, прилив быстро сменился отливом, в результате множество кораблей село на мель. Японские самураи перешли в контратаку и захватили пять кораблей, уничтожив еше 12.

Приверженность японцев к абордажной тактике привела к созданию интересных абордажных крючьев. Кусари-каги представлял собой устройство из четырех крюков, соединенных между собой коротким отрезком цепи. Другим концом цепь крепилась к крепкому шесту. Кама представляла собой шест длиной 3 м, заканчивающийся серповидным крюком. Кама предназначалась для перерубки древков кусари-каги. Кумаде («медвежья лапа») и кумоде («когтистая медвежья лапа») изначально предназначались для захвата кораблей противника, но в результате оказались неплохим противопехотным оружием.

Кобая не имела деревянных щитов по бортам, иногда имелся только щит на носу. Деревянную раму затягивали занавесом, который задерживал стрелы. Иногда вместо матерчатого занавеса подвешивали бамбуковые стебли. Экипаж кобаи состоял из 20 гребцов, десяти солдат и восьми аркебузиров.

Описания артиллерийских перестрелок встречаются в японских источниках реже, чем описания абордажа, причем большинство таких описаний относится к случаям, когда корабли использовались для осады крепостей с моря. Первый пример артиллерийской стрельбы в японской истории относится ко времени осады замка Модзи в 1561 г. Но этот пример мы можем засчитать лишь условно, так как обстрел замка вели португальцы. Несколько крупнокалиберных пушек (вероятно казнозарядных) использовались в 1584 г. Окитой Навате для поддержки колонны, двигавшейся вдоль побережья. Однако настоящие корабельные пушки появились в Японии очень поздно. Когда европейские корабли вставали на стоянку в Японии, японская сторона предъявляла к пушкам повышенный интерес. Следует заметить, что японские корабли не могли выдержать попадания европейской кулеврины.

Читая об осаде крепости секты Икко-икка в Нагасиме в 1573 и 1574 гг., мы узнаем, что корабли Оды Нобунаги применяли скорее крупнокалиберные аркебузы, нежели мелкокалиберные пушки. Когда адмирал Ли скорбел о потери нескольких корейских «небесных» и «черных» пушек, попавших в руки японцев, он отмечал, что японцы использовали пушки в составе береговых батарей, но так и не поставили их на корабли.

Модель корабля черепахи в масштабе 1:2,5, Военный Мемориальный музей, Сеул. По-видимому, это одна из наиболее точных попыток реконструкции знаменитого корабля. Видны две носовые фигуры и дополнительные паруса.

Береговые батареи использовались для отражения атак с моря. В 1633 г. отмечен наиболее любопытный случай применения артиллерии береговой обороны за всю историю Дальнего Востока. Когда японский авантюрист Ямада Нагамаса был убит в Сиаме в 1633 г., местное население напало на японское поселение. В результате восемь человек из отряда Ямады попали в плен. Тем временем некоторые «жители Явы» (этим словосочетанием могли обозначаться также вьетнамские или камбоджийские пираты) совершили набег на Сиам. Сиамский царь, поняв, что японцы могут быть полезными. Он обещал выпустить пленных, если те помогут отразить нападение пиратов. Японцы согласились помочь царю и предложили тому оснастить японскими доспехами как можно больше сиамских воинов, поскольку вид японских солдат напугает противника. Дополнительно устрашить противника должны были восемь слонов. Удалось найти семнадцать комплектов самурайских доспехов, которые и надели 17 сиамских воинов. Под командование восьми японцев царь Сиама передал 500 солдат. На каждого слона поставили по маленькой пушке. Едва пиратские корабли приблизились к берегу, пушки открыли огонь. Те корабли, что не успели отвернуть, были потоплены. Так японские самураи победили пиратство в Юго-Восточной Азии с помощью береговой батареи, установленной на слонах.

В Японии применяли простые зажигательные стрелы для луков, а также более крупные стрелы, наподобие тех, какими в Корее стреляли из пушек. Активное применение зажигательных стрел отмечено в период Сенгоку. Сферические бомбы, называемые «хорокубия» и другие зажигательные материалы часто использовали и в боях на море. Сакума Уэмон, один из полководцев Оды Нобунаги, потерял корабль, сгоревший из-за попадания зажигательной стрелы. Японские зажигательные бомбы напоминали китайские образцы, делались из железа, керамики или бумаги, уложенной в несколько слоев.

В период Сенгоку командующий флотом обычно занимал место в центре строя, также как это делалось на суше. Основную эскадру флота составляли корабли атака-буне и секи-буне, малые корабли-кобая использовались для поддержания связи. Как и на суше, для флота существовало несколько стандартных построений, представлявших аналоги сухопутных построений. Обычно флагманский корабль с фронта и флангов прикрывался вспомогательными кораблями. Цуруёку («крыло журавля») — наступательный строй с выдвинутыми вперед флангами. Хоэн — оборонительный строй, когда корабли занимали круговую оборону вокруг флагмана. Ганко — вспомогательные корабли шли под углом к направлению атаки. Гёрин — оборонительный строй, который легко можно было развернуть в наступательный.

Сражением Дан-но Ура в 1185 г. закончилась война Гемпей. Это было одна из решающих битв, предопределивших ход японской истории. Корабли клана Минамото шли в бой, выстроившись в шеренгу, тогда как корабли клана Тайра сформировали три эскадры. Поначалу сражение сводилось к перестрелке из луков на дальних дистанциях. Клан Тайра захватил инициативу, воспользовавшись приливными течениями, благодаря опыту Тайра Томомори. Клан Тайра попытался окружить флот клана Минамото. К 11:00 оба флота сблизились вплотную, местами стороны уже сошлись врукопашную. Но в этот момент отлив сменился приливом, и корабли начало сносить на запад, в сторону от пролива. В результате инициатива перешла в руки клана Минамото, которые не упустили предоставившегося им шанса. Постепенно они переломили ход сражения в свою пользу и одержали победу. Окончательно исход сражения предрешил предатель Миура Ёсидзуми, служивший клану Тайра. Он ударил в спину своих хозяев, а также сообщил, что император находится не на самом большом корабле. Узнав местоположение императора, Минамото атаковал. Сначала лучники выбили гребцов и рулевых. Когда корабль с императором на борту потерял управление и ход, он начал дрейфовать. Понимая, что сражение проиграно, многие члены клана Тайра совершили самоубийство, попрыгав в море. Был утоплен и малолетний император Антоку.