По прибытии в порт Резанов вызвал туда для производства судебного расследования губернатора, находившегося постоянно в Нижнекамчатске, отстоящем от Петропавловского порта на 700 верст. Губернатор генерал-майор Кошелев прибыл в порт только 12 августа. Его сопровождали адъютант, младший его брат поручик Кошелев, капитан камчатского гарнизонного батальона Федоров и 60 солдат, которых губернатор взял по требованию посла.

По словам историка флота капитана 1-го ранга Александра Степановича Сгибнева, приведенных в статье «Резанов и Крузенштерн (Эпизод из первого кругосветного плавания русских)» // Древняя и новая Россия.1877. № 4, с. 387–389, «как ни старался Крузенштерн оправдать свои поступки, но когда дело дошло до очных ставок и намерения Кошелева отрешить его от командования судном, он сознался в своей виновности и просил Кошелева принять на себя посредничество в примирении с Резановым». Пользу отечества Н.П. Резанов поставил «выше всех личных… оскорблений» и согласился оставить свои бумаги без действия, но с «непременным условием, чтобы Крузенштерн и все остальные офицеры… извинились перед ним в присутствии Кошелева». Это предложение было принято.

20 августа И.Ф. Крузенштерн и все офицеры «Надежды» явились в полной парадной форме и принесли официальные извинения. «Сей день, – сообщал Шемелин, – был день радости для всякого подчиненного, развязавшего судьбу многих». Затем последовали торжественные обеды и ужины. Особенно торжественно происходил обед 2 сентября. За здравие Резанова и Кошелева несколько раз гремели пушечные выстрелы [5, с. 96].

Произошли изменения и в свите посла. Из-за «жестокой каменной болезни» живописец С. Курляндцев был отправлен в столицу сухим путем в сопровождении «кандидата медицины» Брынкина. Исключен был из миссии и отправлен назад гвардии поручик граф Ф.И. Толстой, «раздоры во всей экспедиции посеявший», «по причине беспокойного его характера» (выражение М.И. Ратманова), причем отправили его с предупреждением, «чтоб он не проживал в Москве и действительно к полку явился». Новыми членами свиты посольства стали капитан Федоров и поручик Кошелев. В качестве почетной стражи были взяты 8 солдат из числа прибывших в Петропавловск с губернатором.

С корабля выгрузили все грузы для РАК, которые были заменены несколькими тысячами пудов балласта, проведен ремонт корабельной оснастки, погружены свежие продукты, в том числе 7 быков (5 приведенных из Нижнекамчатска по распоряжению губернатора и 2 доставленных РАК), множество огородных овощей из Верхнекамчатска, несколько бочек соленой рыбы и три большие бочки чесноку дикого, называемого на Камчатке черемшой – лучшее противоцинготное средство, могущее служить заменой кислой капусты. Наливка из дикого чеснока, которую можно возобновлять в течение месяца, представляет хорошее противоцинготное средство. На корабль завезли свежего хлеба на 10 дней для всей команды. Получена была в порту и соленая оленина, соленая дичь, соленое мясо диких баранов и гусей и пр. Все это было доставлено благодаря содействию губернатора.

«Надежда» покинула Авачинскую губу 6 сентября, а уже 28 сентября показались берега Японии. Там корабль попал в страшный шторм. «Ветер, постепенно усиливаясь, – вспоминал Крузенштерн, – достиг в один час пополудни до такой степени, что мы с великой трудностью и опасностью могли закрепить марсели и нижние паруса, у которых шкоты и брасы, хотя и по большей части новые, были вдруг прерваны. Бесстрашие наших матросов, презиравших все опасности, действовало в сие время столько, что буря не могла унести ни одного паруса. В 3 часа пополудни рассвирепела, наконец, оная до того, что изорвала все наши штормовые стаксели, под коими одними мы оставались. Ничто не могло противостоять жестокости шторма. Сколько я не слыхивал о тайфунах, случающихся у берегов китайских и японских, но подобного сему не мог себе представить. Надобно иметь дар стихотворства, чтобы живо описать ярость оного. Довольно здесь рассказать только о действии его на корабль наш. По изорвании штормовых стакселей мы желали поставить зарифленную штормовую бизань, но сего сделать совершенно было невозможно, и потому корабль оставался без парусов на произвол свирепых волн, которые, казалось, ежеминутно поглотить его угрожали. Каждое мгновение ожидали мы, что полетят мачты. Хорошая конструкция корабля и крепость вант спасла нас от сих бедствий» [3, с. 218].

Но ни штормы, ни необходимость спешить в Японию не заставили Крузенштерна прекратить гидрографические исследования. Он прокладывал курс корабля с таким расчетом, чтобы проверить карты Тихого океана, составленные иностранными путешественниками. Сомневаясь в точности атласа Лаперуза, в котором значилось, что в районе 37° с.ш. и 214°20′ з.д. находится группа из четырех островов, а несколько южнее еще один остров, Крузенштерн проложил курс корабля так, чтобы «по означенному на картах положению островов придти к середине оных» [3, с. 212]. И на этот раз Крузенштерн убедился, что таких островов не существует.

Он уточнил также данные французских карт о положении Ван-Дименова (теперь Осуми у южной оконечности о. Сикоку) пролива и определил точные координаты ряда островов и мысов японского побережья, дав последним названия в честь известных русских мореплавателей и знаменитых морских сражений – мыс Чирикова, мыс Нагаева, мыс Чесмы и другие (русские названия на современных картах не сохранились).

7 октября 1804 г. «Надежда» бросила якорь на рейде Нагасаки. Переговоры посла Резанова закончились безрезультатно из-за категорического нежелания японского правительства налаживать дипломатические отношения и торговлю с Россией. Японцы отказались даже принять подарки японскому императору, доставленные на корабле, ссылаясь на то, «что в сем случае должен был бы и японский император сделать российскому императору взаимные подарки, которые следовало бы отправить в С.-Петербург с нарочным посольством. Но сие невозможно потому, что государственные законы запрещают отлучаться японцу из своего отечества» [3, с. 264].

Надо отметить, что во время более чем полугодичного пребывания «Надежды» в Нагасаки, когда посол Н.П. Резанов был фактически изолирован в доме на берегу, он не терял времени даром и стремился создать у японцев наилучшее представление о России и русских. Усердно занимаясь японским языком, он составил краткое русско-японское руководство и словарь, опубликованный затем в Петербурге, содержащий более 5 тыс. слов.

Во время пребывания в Нагасаки Крузенштерн и его офицеры впервые составили карту Нагасакской бухты с подробным ее описанием. «Для правильного составления оной измерено было более тысячи углов», – отметил Крузенштерн [15, с. 311].

17 апреля 1805 г. «Надежда» покинула Нагасаки. Намерение Крузенштерна плыть обратно на Камчатку между Японией и Кореей явно не нравилось японскому правительству. Но он не изменил своего намерения. «Мне… хотелось употребить следующие три месяца на исследования тех мест, кои Лаперуз, доставивший первые сведения о сих странах, принужден был по краткости времени оставить неизведанными. Зная, что ни он и ни кто другой из европейских мореходцев не определил точного положения всего западного берега Японии (выключая мыс Номо, [обозначавший вход на Нагасакский рейд]), большей части берега Кореи, целого западного берега острова Иессо [о. Хоккайдо], юго-восточного и северо-западного берегов Сахалина, также и многих из островов Курильских, вознамеривался я изведать из сих стран те, кои удобнее при настоящем случае избрать возможно будет» [3, с. 272].

Крузенштерну удалось осуществить важную часть этого обширного плана исследований. Он произвел опись западного и северо-западного побережья Японии, исправил ряд ошибок, допущенных Лаперузом при описании этого района, открыл и нанес на карту множество мысов и бухт – мысы Грейга, Россиян, Гамалея, Надежды, бухта Румянцевская и другие (русские названия на побережье Японии не сохранились). Описал он и ряд участков побережья Сахалина – нанесены были на карту мысы Сенявина, Муловского, Соймонова, залив Мордвинова и другие географические пункты.