Корпус, насчитывавший 18 ООО человек, вошёл в Польшу в декабре 1806 года, составил часть левого фланга французской армии на участке от Данцигского залива и далее к югу на 90—100 км и прикрывал нижнее течение Вислы. В начале января Наполеон, так и не добившись разгрома русских, отдал приказ уходить на зимние квартиры. Бернадот отправился в Эльбинг, в то время как его части расположились в гарнизонах в городах по линии Браунсберг—Дойтч—Эйлау. Маршал Ней захотел отличиться: в январе 1807 года он ринулся на свой страх и риск в Кёнигсберг, где засел 13-тысячный прусский гарнизон генерала Лестока, но напоролся на решительные действия и отступил. Генерал Л.Л. Бенниг- сен, воспользовавшись оплошностью Нея, решил разгромить его корпус, ворваться на его плечах на позиции корпуса Бернадота и вытеснить его за Вислу. Ней, получив за неудачный рейд головомойку от императора, медленно отступал на запад, и 25 января авангард русской армии вступил с французами в соприкосновение. Но вместо солдат Нея русских встретили свежие части князя Понте-Корво, который, узнав о неудаче Нея и преследовании его русскими, в спешном порядке собрал часть своих дивизий и выдвинул их навстречу противнику.
Встречный бой начался у местечка Морунген атакой казацкой лавы. Французы выслали навстречу им свою лёгкую кавалерию. Казаки после короткой стычки, как водится, отступили, а Понте- Корво вслед за кавалерией выслал вперёд пехоту, поставил на господствующей высоте артиллерийскую батарею и нанёс противнику значительный ущерб. Сражение продолжалось с переменным успехом, русским удалось даже взять у 9-го пехотного полка ценный трофей — знак орла, но французам вскоре удалось его вернуть. К ним подошли резервы, и русские, потеряв в бою своего генерала, под превосходящими силами противника начали отступать. Бой затянулся до поздней ночи, но решительного перелома так и не наступило. Впрочем, к утру русские сами оставили свои позиции и ушли. Поле боя осталось за Бернадотом. Победа французов имела между тем большое стратегическое значение, поскольку помогла сохранить наполеоновской армии линию фронта и спасти от разгрома корпус Нея. Потери французов исчислялись 250 убитыми и 600 ранеными, русские потеряли 600 убитыми, 900 ранеными и 150 человек пленными.
Под Морунгеном русские захватили весь личный багаж Бернадота, но Беннигсен, выходец из Ганновера, в знак благодарности и признательности за поведение маршала во время управления Ганноверским курфюршеством, скоро вернул его обратно владельцу.
На следующий день Беннигсен сконцентрировал против Бернадота значительные силы, и князь был вынужден отдать приказ на отход к Ноймарку, но и Беннигсен на его преследование не решился и расположил свои части вокруг всё того же Морунгена. Наполеон, потеряв оперативную инициативу и не разобравшись в силах противника, решил стягивать армию на запад и отозвал корпус Бернадота к Торну (Торуни) для прикрытия своей операционной базы. Здесь он собрал для решающего удара в центр русских позиций около 100 000 человек, обеспечил себя флангами (18 000 на левом и 40 000 на правом) и только после этого медленно двинулся на восток.
Получив приказ Наполеона, Бернадот со своим корпусом 31 января 1807 года выступил в южном направлении. Это не прошло мимо внимания русских, и они немедленно атаковали уходившую последней дивизию Дюпона. Искусно маневрируя, Дюпон оторвался от противника и присоединился к основным силам корпуса. В тот же день Наполеон проинформировал, наконец, всех своих фельдмаршалов о деталях своего плана предстоящего генерального сражения. Согласно плану, все они должны были явиться к Прейсиш-Эйлау к 8 февраля. Сражение было намечено им на 9 февраля.
По иронии судьбы приказ от Наполеона должен был вручить Бернадоту молодой и неопытный офицер, курсант военного училища в Фонтенбло, который должен был выехать к месту своей службы в один из полков первого корпуса. Офицер заблудился, был захвачен казаками Багратиона в плен и вместе с депешей На
полеона приведен к Беннигсену. Командующему русской армией стало сразу ясно, что ему грозила опасность, и он немедленно отдал приказ отступать к Кёнигсбергу. Наполеон с основными силами наступал ему на пятки, но русские в полном порядке продолжали движение на восток.
Бернадот, до которого сведения о положении армии дошли окольными путями, 4 февраля на свой страх и риск повернул обратно и поспешил на соединение с главными силами. До 8 февраля он находился в полном неведении относительно событий, которые разыгрались под Прейсиш-Эйлау. В ночь на девятое число он получил странный приказ Бертье, датированный 6 февраля, на преследование прусского корпуса, укрывшегося в районе Эльбинга. Однако в этот же день связь со штаб-квартирой Наполеона была восстановлена, и император позвал его как можно быстрее присоединиться к главным силам.
Под Прейсиш-Эйлау он прибыл лишь 11 февраля, спустя 3 дня после короткого, но кровавого столкновения между обеими армиями. И снова Бернадот получил от Наполеона нагоняй за неучастие в решительном сражении. Французские потери, находившиеся в отношении 1:3 к русским, могли бы, по мнению императора, быть намного меньше, если бы корпус Бернадота оказался вовремя на месте. Т. Хёйер решительно берёт «провинившегося» под свою защиту и утверждает, что в данном случае к нему придраться вообще было невозможно, ибо последнее указание Наполеона о том, чтобы 8 февраля всем корпусам собираться у Прейсиш-Эйлау, он так и не получил. Так оно и было, и видно, такова уж была участь этого полководца — «запаздывать к обеду».
Беннигсен ушёл под Кёнигсберг, а Наполеон стал готовиться к новому сражению с русской армией. Первый корпус расположился на линии Пассарге—Шпанден, в то время как его командир устроился в замке Шлобиттен в Прейсиш-Холланд. Здесь его навестила супруга Дезире. И хотя французская армия терпела лишения и голод, уходить из Пруссии было опасно: это дало бы повод всем врагам Наполеона к новым инициативам и действиям. Поэтому нужно было до конца сломить Пруссию.
Но чем сильнее император желал дать своей армии отдых, тем менее охотно удовлетворялся Беннигсен с зимней бездеятельностью. 20 февраля он снова пошёл в наступление: прусские части под командованием Лестока двигались к Эльбингу, в то время как сам Беннигсен появился под тем же Прейсиш-Эйлау, полагая, что французы на зимнее время всё-таки уйдут за Вислу. Лестока встретил первый корпус Бернадота, французы отогнали пруссаков обратно, и на этом военные действия на фронте закончились. Бернадот отдал своим частям приказ создать в Нойштадте плацдарм для будущих действий и занялся оборудованием там крепостных сооружений.
Движение на фронте возобновилось к маю, когда французская армия покинула зимние квартиры и стала накапливаться в восточном направлении. Беннигсен, сохраняя в своих руках стратегическую инициативу, 5 июня напал на позиции слишком далеко выдвинувшегося корпуса маршала Нея, одновременно демонстрируя силу перед корпусами Бернадота и Сульта. Это было начало кровавого Фридландского сражения (14 июня), которое так же, как и битва под Прейсиш-Эйлау, не принесла победы ни одной стороне. В этом сражении Бернадот был легко ранен: обнаружив, что один из его полков попал под губительный огонь русской артиллерии, он поскакал к нему, чтобы попытаться вывести его в безопасное место, но по пути был ранен пулей в шею. Он с трудом удержался в седле, сдерживая коня левой рукой, а правой с платком пытаясь остановить кровь. Обливаясь кровью и отдав необходимые распоряжения своему начштаба генералу Мэзону, он был вынужден покинуть баталию и обратиться к помощи хирурга в Мариенбурге. Здесь он прожил с Дезире до июля 1807 года.
На этом для него, а скоро и для всех война была закончена.
Русские ушли непобеждёнными на восток. 9 июля 1807 года был подписан Тильзитский мир. Пруссия должна была испить полную чашу унижения. Разоружённая, униженная, связанная по рукам и ногам, раскромсанная на части, она лежала у ног императора Наполеона. Россия сохраняла свои государственные границы и получала от Пруссии Белостокскую область. На половине территории Пруссии создавалось т.н. Великое герцогство Варшавское. На встрече с Наполеоном прусская королева Луиза тщетно просила смягчить условия мира, но Наполеон остался непреклонен.
