Как и во время переговоров с Эстонией и Латвией, начались и военные приготовления: на границах Литвы была развернута 3-я армия Белорусского фронта РККА. Любые дипломатические маневры литовских переговорщиков наталкивались на ультиматум – в случае несговорчивости Москва обещала передать Вильно Белоруссии⁷¹. Этот аргумент и стал решающим.

10 октября 1939 г. советско-литовское соглашение «О передаче Литовской республике города Вильно и Виленской области и о взаимопомощи между Советским Союзом и Литвой» было подписано. Таким образом, Литва стала третьим – помимо Германии и СССР – государством, получившим вследствие пакта Молотова – Риббентропа территориальные «приращения». Договор предоставлял СССР право «держать в установленных по взаимному соглашению пунктах Литовской республики за свой счет строго ограниченное количество советских наземных и воздушных вооруженных сил». «Ограниченное количество» советского военного контингента определялось цифрой в 20 тысяч человек. Армия Литвы после демобилизации, произведенной в сентябре – октябре 1939 г. в условиях мирного времени, насчитывала 25 тысяч человек⁷². Срок действия договора устанавливался 15 лет, с пролонгацией на следующие 10 лет.

Итак, советский сценарий относительно Эстонии, Латвии и Литвы был примерно одинаков. Сначала СССР предлагал заведомо неприемлемые условия, потом шел на некоторые «уступки», что давало Кремлю основания говорить об уважении партнера по переговорам. И все это происходило на фоне сосредоточения советских войск на границе. В качестве «сопутствующего» к пактам о взаимной помощи документа Советский Союз подписал с Литвой, Латвией и Эстонией торговые соглашения.

В Кремле были вполне довольны итогами переговоров. «Мы думаем, – сказал Сталин генеральному секретарю Исполкома Коминтерна Г. Димитрову 25 октября 1939 г., – что в пактах взаимопомощи (Эстония, Латвия, Литва) нашли ту форму, которая позволяет нам поставить в орбиту Советского Союза ряд стран. Но для этого надо выдержать – строго соблюдать их внутренний режим и самостоятельность. Мы не будем добиваться их советизирования»⁷³.

Таким образом, договоренности с Германией о разделе сфер интересов и война в Европе стали теми необходимыми условиями, при которых советское руководство могло достаточно свободно действовать в отношении Прибалтики. Советский Союз приступил к реализации своих намерений, пользуясь традиционной практикой военно-политического давления и посулов в зависимости от конкретной обстановки применительно к каждой прибалтийской стране. Лишенные поддержки великих держав Европы, страны Балтии оказались один на один с требованиями советского руководства. С 10 октября 1939 г. советско-германские соглашения по Прибалтике были подтверждены соответствующими договорами⁷⁴.

Правящие круги Балтии были поражены степенью советско-германского взаимодействия. Наступление Красной Армии 17 сентября 1939 г. и подписание советско-германского договора о дружбе и границе 28 сентября 1939 г. вызвали в Эстонии, Латвии и Литве растерянность, которая временами граничила с паникой. Тем более, что секретные протоколы к нему предусматривали переход Литвы из германской в советскую зону интересов и переселение немецкого меньшинства из балтийских стран в Германию⁷⁵. Таким образом, уже во второй половине сентября 1939 г. балтийские государства оказались по существу в советско-германском окружении⁷⁶.

О секретных протоколах к советско-германским договорам 23 августа 1939 г. и 28 сентября 1939 г. руководителям Эстонии, Латвии и Литвы стало известно через несколько дней после их подписания⁷⁷.

Анализируя советско-балтийскую «переговорную» ситуацию этого периода и в этой связи «сговорчивость» балтийских элит, следует иметь в виду, что итоги советско-финской войны были расценены в малых странах совершенно иначе, чем в великих державах. Если в Берлине и Лондоне были изумлены тем, сколько сил и времени потребовалось Красной армии для прорыва обороны финнов, то в Таллине, Риге и Каунасе, наоборот, считали, что Финляндия понесла напрасно огромные человеческие жертвы. В странах Балтии преобладало мнение, что вооруженное сопротивление приведет к значительным человеческим потерям и последующим жестоким репрессиям, что поставит под вопрос саму судьбу малых народов⁷⁸. Следует также упомянуть, что СССР во время «незнаменитой» советско-финляндской войны активно использовал свои базы в Эстонии и Латвии для боевых операций на море и в воздухе⁷⁹. При этом советское правительство нарушало договор от 28 сентября 1939 г. о базах, где говорилось, что он действует только в случае войны с великой европейской державой⁸⁰. Финляндия никак не могла быть отнесена к их числу. Более того, поврежденные советские самолеты садились на эстонских аэродромах и получали там техническую помощь, а корабли советского ВМФ использовали не только базу, но и другие порты⁸¹. Политические круги балтийских государств находились в шоке от поражения Франции, которое произвело на них еще большее впечатление, чем разгром Польши в сентябре 1939 г. К этому надо добавить, что, хотя советские дипломаты и разведчики постоянно сообщали в Москву о «происках» Балтийской Антанты, на практике никакого сдвига в сфере укрепления военно-политического сотрудничества между балтийскими странами не произошло⁸². Весьма показательно, что, когда литовское руководство обсуждало возможность военного сопротивления, никто даже не вспомнил о Балтийской Антанте⁸³.

Осенью 1939 – весной 1940 г. в правящих кругах Литвы, Латвии и Эстонии время от времени рассматривался вопрос о создании правительства в эмиграции или какой-либо другой структуры со схожими функциями в случае полномасштабного советского вторжения. На практике ничего в этом направлении сделано не было. В современной балтийской историографии преобладает точка зрения, что этим сюжетам по различным причинам не уделялось должного внимания⁸⁴. Отчасти это было и результатом деятельности советской разведки, которая постоянно поддерживала контакты с верхушкой стран Балтии⁸⁵. Однако главное заключалось в том, что вряд ли удалось найти страну, которая захотела бы принять у себя балтийские правительства в эмиграции. Получать дополнительные проблемы без каких-либо очевидных политических преимуществ никто не хотел, особенно в условиях Второй мировой войны⁸⁶.

Теперь Советскому Союзу следовало реализовать полученное право на ввод войск в Латвию, Литву и Эстонию. На основании директивы наркома обороны от 30 сентября была образована военная комиссия под председательством командующего войсками ЛВО командарма 2 ранга К. Мерецкова, целью которой было «совместно с представителями правительства Эстонии установить пункты размещения и обсудить вопросы устройства частей Красной Армии». Директива устанавливала примерные районы дислокации войск и сроки работы комиссии. Переговоры военных делегаций сторон завершились 11 октября подписанием соглашений о размещении войск и базировании флота в районах Палдиски, Хаапсалу, на островах Эзель и Даго. В Хаапсалу советские войска размещались на время войны в Европе, но не более чем на 2 года, а КБФ на период сооружения баз получил право в течение 2 лет базироваться в Рохукюла и Таллине. Был оговорен порядок снабжения и посещения судами третьих стран районов базирования флота, причем полностью сохранялся суверенитет Эстонии, но учитывались и интересы советского флота. В соответствии с этими договоренностями в 8 часов утра 18 октября 1939 г. начался ввод в Эстонию подразделений Красной армии: вводились части 65-го особого стрелкового корпуса (ОСК) и Особой группы ВВС общей численностью 21 347 человек, 283 танка, 54 бронеавтомобиля и 255 самолетов⁸⁷.

Схожим порядком началась реализация договора с Латвией. В данном случае председателем комиссии Красной армии был назначен командующий войсками КалВО комкор В. Болдин. Военные комиссии сторон к 23 октября выработали ряд соглашений по размещению советских войск, пунктами базирования которых становились Лиепая, Вентспилс, Приекуле и Питрагс. Ввод военно-морских сил должен был начаться 23 октября, а сухопутных войск в район Вентспилс – Питрагс – 29 октября, в район Лиепаи – 30 октября. 23 октября в Лиепаю прибыл крейсер «Киров» в сопровождении эсминцев «Сметливый» и «Стремительный». В 11 часов утра 29 октября на станцию Зилупе прибыл первый эшелон советских войск. Согласно договоренности в Латвию прибыли части 2-го ОСК и 18-й авиабригады, в которых насчитывалось 21 559 личного состава⁸⁸.