Весной 1600 года Саутгемптон отправился в Ирландию с письмом от Эссекса, предлагавшего высадить армию Маунтжоя в Англии, даже если Яков предпочтет остаться в стороне. Но к этому времени изменились взгляды самого Маунтжоя. Добившись известных успехов, он, думая о своей военной карьере, решил отделить свою судьбу от участи бывшего друга и союзника. «Для удовлетворения личного честолюбия Эссекса, заявил Маунтжой Саутгемптону, я не намерен вступать в подобное предприятие».

В марте 1600 года Эссексу разрешили вернуться в свой лондонский дворец, хотя формально он оставался под домашним арестом В июне графа вызвали на заседание Звездной палаты, где его обвинили по нескольким пунктам. Разбирательство, состоявшееся в Йорк-хаусе 5 июня, длилось 11 часов Вердикт суда гласил: заключение в Тауэре, выплата огромного штрафа. Королева не утвердила приговор, а 26 августа Эссексу сообщили о монаршей милости. Граф был освобожден из-под домашнего ареста, но ему запрещалось появляться при дворе.

В октябре Эссекса лишили права сбора таможенных пошлин на сладкие вина — статьи дохода, которая позволяла ему содержать огромный штат пажей, слуг и приближенных. Прежде королева не раз ссужала своего фаворита солидными суммами На сей раз лицензия не была продлена под предлогом опустевшей казны. Эссекс был возмущен, о чем Сесил, осведомленный через своих шпионов, тотчас сообщил королеве.

Вокруг Эссекса группировались недовольные, честолюбцы, искатели приключений Эссекс считал, что Роберт Сесил и Уолтер Рэли составили заговор, чтобы убить его и сделать преемницей Елизаветы испанскую инфанту, дочь Филиппа И. Граф, вероятно, еще рассчитывал на поддержку Якова. Программа Эссекса включала возведение на трон Якова, изменение состава Тайного совета, реформу государственной англиканской церкви в пресвитерианском духе и вместе с тем известную терпимость в отношении католиков.

3 февраля заговорщики выработали план неожиданно захватить правительственное здание Уайт-холл, арестовать Сесила и Рэли, созвать парламент и публично осудить их. Королеве, по мысли сторонников Эссекса, пришлось бы признать победителей.

7 февраля Эссексу было передано королевское повеление немедленно прибыть на заседание Тайного совета. Граф отказался, сославшись на тяжелую болезнь.

На следующий день во дворец графа явились четверо высших сановников, посланных Тайным советом. Их встретила возбужденная толпа заговорщиков. Лорды заявили, что пришли выяснить, что здесь происходит. В ответ посыпались угрозы. Эссекс увел гостей в библиотеку и предложил им оставаться там до тех пор, пока он не проведет консультации с лондонским лорд-мэром и шерифами.

Заговорщики поняли, что пора выступать. Более 200 молодых дворян со своими слугами, вооруженных большей частью лишь шпагами, двинулись вдоль одной из центральных улиц — Стренда, а потом Флит-стрит в направлении Сити, рассчитывая найги там поддержку. «Нация предана! Корона капитулирует перед испанцами! Смерть изменнику Сесилу!» — выкрикивали они.

Расчет заговорщиков состоял в том, что к ним присоединятся тысячи жителей Сити — и затем состоится штурм Уайт-холла. Однако в воскресенье улицы были безлюдны. Даже шериф Смит, с которым связывались особые надежды, не принял сторону мятежников, его примеру последовал и лорд-мэр. Тем временем пришло известие, что лорд Берли, сводный брат Роберта Сесила, тут же, в Сити, объявил Эссекса изменником, что приближается лорд-адмирал Ноттингем с большим военным отрядом.

Эссекс и его друзья, потеряв надежду на поддержку жителей Сити, направились к Уайт-холлу. Но путь к правительственному зданию оказался закрыт отрядом офицера сэра Джона Ливсона. Тщетные попытки убедить Ливсона перейти на сторону Эссекса, вооруженные стычки, стоившие нескольких человеческих жизней,  и заговорщики, ряды которых заметно поредели, отступили, укрывшись в своем последнем убежище — Эссекс-хаусе. Там они узнали, что находившиеся в качестве заложников лорды — представители Тайного совета — освобождены.

Вскоре дворец Эссекса был окружен королевскими войсками. Возникла перестрелка. Наконец хозяин дворца в сопровождении нескольких друзей появился на крыше. Саутгемптон вступил в переговоры с осаждавшими, среди которых был его кузен Роберт Сидней, и попытался убедить их, что Эссекс не имеет дурных намерений против королевы, он лишь защищает свою жизнь от врагов.

Эссекс согласился сложить оружие при условии, что он и его друзья будут признаны благородными пленниками, их будут судить честным судом, а во время пребывания в тюрьме разрешат беседовать с капелланами. Лорд-адмирал не возражал. Мятежный граф сдался королевским солдатам, предварительно уничтожив свои секретные бумаги, включая переписку с шотландским королем.

Всего же было арестовано свыше 100 человек. Власти в течение некоторого времени опасались выступлений в защиту Эссекса Через четыре дня после провала заговора приближенный Эссекса капитан Томас Ли составил план захвата королевы, чтобы вынудить ее подписать приказ об освобождении арестованных. Однако Ли был схвачен и спустя трое суток приговорен к смерти.

Суд над Эссексом и Саутгемптоном, по желанию королевы, настаивавшей на скорейшем разбирательстве дела, был назначен на 18 февраля. При этом решили не упоминать о связях Эссекса ни с шотландским королем, ни с Маунтжо-ем, услуги которого в Ирландии оказались столь ценными для правительства. Членами суда были выбраны лица, равные Эссексу по титулу. Граф не имел права отводить никого из состава суда, а приговор выносился простым большинством.

Действия Эссекса и его сообщников квалифицировались как государственная измена. В свидетелях не было недостатка. Среди них — лорд верховный судья Попем, задержанный в начале мятежа в доме Эссекса. Один из заговорщиков, сэр Фердинандо Горгес, еще ранее выдавший их секреты, подтвердил на суде мятежные намерения Эссекса Показания других арестованных выявили многое из его планов. Утверждение Эссекса, что признания были сделаны из страха перед пытками, не опровергало того, что в этих признаниях излагались действительные намерения заговорщиков.

Обвинение стремилось доказать наличие заранее подготовленного заговора. Эссекс же обвинял Рэли в покушении на его жизнь, уличал Сесила в намерении за взятки передать престол после смерти Елизаветы испанской инфанте. Сесил попросил у суда разрешения «очиститься от возведенного на него обвинения». Теперь Эссекс должен был назвать имя того, кто сообщил ему об измене Сесила. Этим человеком оказался дядя подсудимого сэр Уильям Ноллис. Увы, Ноллис дал показания в пользу министра. По его словам, Сесил лишь показал ему книгу, где говорилось о преимущественных правах инфанты на английский престол.

Министр Фрэнсис Бэкон для доказательства преступных намерений Эссекса сравнил его с афинским тираном Пизистратом и, главное, с герцогом Гизом, который поднял парижан против короля Генриха III. То была поистине по достоинству оцененная Елизаветой и Сесилом убийственная для Эссекса параллель, поскольку он уверял, будто собирался лишь свести счеты с личными врагами, иначе ему нетрудно было бы собрать большие силы. Напрасно обвиняемый ссылался на то, что сам Бэкон по его, Эссекса, просьбе и от его имени писал письма королеве. «Письма были совершенно невинного содержания», возразил Бэкон.

После вынесения приговора — «квалифицированная» казнь — Эссекса вернули в Тауэр. Там он сделал полное признание перед членами Тайного совета, обвинив при этом приближенных, Маунтжоя, даже сестру, что они подстрекали его и превратили в неблагодарного изменника.

Другой руководитель заговора, Саутгемптон, держался мужественно и даже не последовал совету Эссекса полностью признаться и раскаяться. Ему был вынесен смертный приговор, который королева по предложению Сесила заменила пожизненным заключением в Тауэре. В глазах закона осужденный считался мертвым, документы упоминают о нем как о «покойном графе». Саутгемптон оставался в Тауэре до воцарения Якова, другие знатные заговорщики были выпущены из тюрьмы после уплаты огромных штрафов.