Справа в тому, що помітно скоротились і гетьманські повноваження як такі — відразу після обрання Івана Скоропадського, цар, упевнений, що «все гетманы от Богдана Хмельницкого были изменниками» (!), у липні 1709 року наказав стольнику Андрієві Ізмайлову повсякчас «бути при гетьмані» фактичним співправителем — царський резидент мав спільно з гетьманом вирішувати всі основні державні проблеми, водночас стежачи за всією українською адміністрацією задля недопущення нового «бунту» чи «зради». Згідно з Решетилівськими статтями гетьман позбавлявся права призначати старшину, карати винних смертю, роздавати маєтки без царського указу, стольник Ізмайлов здобув виняткове право приймати послів і навіть стежити за прибутками гетьмана й держави (1710 року Ізмайлова змінив новий резидент — відомий хабарник і донощик Федір Протасьєв). Гетьманську резиденцію, згідно з волею Петра І, було перенесено з Батурина до провінційного Глухова, майже на російсько-український (цілком реальний тоді) кордон. За таких умов Скоропадський, якому, скоріш за все неодноразово принагідно згадували його колишні приятельські відносини з Мазепою, тим самим «тримаючи на гачку», поводився надзвичайно обережно, зрідка зважуючись на невеличкі демарші. Так, Петро І вдав, ніби не помітив петиції гетьмана від 1722 року, у якій Скоропадський «із плачем і слізьми» просив царя вивести російські полки з Лівобережжя, а також скаржився на зловживання Меншикова.

Запорозькі козаки, жуючи несолодкий хліб вигнанців після втечі з території, підконтрольної Російській імперії 1709 року, не просто не визнавали влади Скоропадського над собою, а й відверто глузували в листах зі старого гетьмана, якого обрала мізерна купка старшин і який сидить, мовляв, у Глухові під охороною «московських мушкетів». Проте на той момент хоч якимось чином змінити співвідношення сил між імперією і Гетьманщиною вже не міг, мабуть, ніхто. Не допомогло посиленню позицій українського гетьмана і те, що 1718 року Скоропадський на прохання Петра І віддав свою 15–річну доньку Уляну за сина одного з царських улюбленців — графа Петра Толстого. Парадокс, але це зміцнило позиції радше матері нареченої (любительки модних європейських суконь) в колі російських придворних дам, аніж владу її татка — гетьмана.

Не міг Іван Скоропадський вести й самостійну кадрову політику, як це робили його попередники — старшина Гетьманщини активно поповнювалася з найстрокатіших елементів, призначених Петром І за критерієм «благонадійності» до імперії. Проблема для гетьмана тут була навіть не в різноманітті етнічного походження цих «нових людей», а в їхній схильності до доносів, у зневазі до колег, підлеглих і українських порядків, та відсутності бажання обстоювати інтереси Гетьманщини. Петро І нерідко прямо втручався у «кадрову політику» гетьмана. Так, за своїм власним бажанням він призначив ніжинським полковником уже згаданого росіянина П. Толстого, гадяцьким — серба Милорадовича, київським — колишнього українського найманця Антона Танського. Більше того, цар інколи сам призначає на посади навіть сотників, обмежує функції генерального суду…

І без того, м'яко скажемо, невеликий авторитет Скоропадського серед старшини та звичайних мешканців Гетьманщини стрімко падав: місцеві старшини, особливо полковники, часто просто ігнорували його розпородження, вели незалежну від гетьмана політику, спираючись на свої заслуги перед царем.

Дуже помірними здаються й успіхи Скоропадського у сфері меценатства — хоча віддамо гетьманові належне, тут він теж намагався наслідувати Мазепу, чимало жертвуючи «на храми». Проте брак грошей у добряче спустошеній царем і його людьми скарбниці й заходи Петра І, спрямовані на відверте придушення українського друкованого слова (чого вартий лише сенатський указ від 1720 року про заборону друкувати українські церковні книги і фактичне запровадження цензури Святійшого Синоду в цій сфері), неабияк перешкоджали цьому.

Минали роки. Успішним для Росії Ніштадтським миром 1721 року закінчилась Північна війна, але наступ Петра І на внутрішні автономії імперії тривав. І старий, серйозно хворий Скоропадський зважився на достатньо сміливий за тих умов учинок — він вирішив нагадати цареві про його ж таки обіцянки зразка 1708-1709 років, тобто часів боротьби з Карлом і Мазепою, про «гарантії прав і вольностей вірного малоросійського народу». За словами українського старшини М. Ханенка, що їздив зі Скоропадським до Москви на святкування укладення Ніштадтського миру (де серед інших «трофеїв» була й алегорична фігура «знищеного мечем гнізда бунту Батурина», що навряд чи тішило Скоропадського), гетьман подав цареві прохання вивести з Гетьманщини обтяжливі регулярні полки, ліквідувати ненависну селянам підводну повинність, заборонити російським чиновникам утручатися в козацьку юрисдикцію тощо. На цю обережну програму захисту бодай решток українських прав, сформульовану старшиною, імператор відповів своєму надокучливому «рабу» — так мав писатися Скоропадський згідно з етикетом (і знову разючий контраст із «Йваном Степановичем», «господином гетманом», як колись звали Мазепу) — досить несподіваним кроком. Такого рішення точно не чекали ні хворий Скоропадський (у Москві він часто кликав до себе лікаря, не був на деяких церемоніях, чого Петро І, як відомо, страшенно не любив), ані старшина в Україні.

30 квітня 1722 року Петро І видав спеціальний указ про створення в Україні так званої Малоросійської колегії на чолі з С. Вельяміновим (першої з двох, відомих в українській історії), зазначивши її безпосередні функції (нагляд за всією діяльністю гетьмана, генеральної, полкової і сотенної старшини, дозвіл на видачу ними розпоряджень щодо управління Гетьманщиною тощо), зокрема, і як найвищої апеляційної інстанції. Мотивація запровадження нового органу управління була такою простою — постійні непорядки і зловживання в Гетьманщині, масові скарги її населення до царя і щире бажання добра для «вірних малоросів». 2 травня 1722 року Скоропадський іще знайшов у собі сили від повісти на цей потік демагогії, відвертої брехні й напівправди запереченням усієї мотивації змін, про яку йшлося в царському указі. Скоропадський навіть пообіцяв усесильному володареві імперії подати повне досьє на хабарника і донощика Протасьєва, якого вважав душею цієї інтриги. Більше того, завжди такий обережний гетьман наважився нагадати вже доволі роздратованому цареві про пункти Богдана Хмельницького, порушені в даному випадку, та ще й пообіцяв, що малороси будуть служити цареві вірно, лише якщо тих пунктів буде дотримано. Цар мовчав. Із гетьманом, що від'їхав з Москви, він навіть не попрощався, і то було досить зловісною ознакою. Проте на Івана Скоропадського вже чекав не менш грізний, але водночас і набагато справедливіший суддя… 27 червня помираючий гетьман дістався своєї столиці Глухова, де навіть не зміг (а може, і не надто хотів?) бути присутнім на молебнях та бенкетах з нагоди річниці такої неоднозначної для українців Полтавської перемоги й дня святого Петра (29 червня).

2 липня він підписав заповіт, а наступного дня висповідався, прийняв соборування і тихо помер.

Наступні п'ять років козацькою Україною керувала Малоросійська колегія (такий собі «колективний гетьман»), котра своїми зловживаннями дратувала не лише старшину, а й звичайних мешканців Лівобережжя. І після смерті Петра І відбувся певний «відкат» у російській політиці ліквідації української автономії.

За іронією долі, саме через занепокоєність відомого ворога «мазепинства» князя Меншикова діями гетьмана–емігранта Пилипа Орлика, загостренням відносин з Османською імперією і через небезпеку великої війни в Європі, у яку мало не вступила Росія на боці австро–іспанської коаліції, було ухвалене рішення про ліквідацію Малоросійської колегії та відновлення гетьманства в Україні. Урочисті вибори (а фактично царське призначення без жодних договірних статей) гетьманом миргородського полковника, старого знайомого Мазепи, 73–річного Данила Апостола відбулися 1 жовтня 1727 року в Глухові.

Проте всі ті росіяни та українці, хто міг подумати, що сивочолий дідусь уже стоїть «на Божій дорозі» і не має жодних серйозних політичних планів, сильно помилялись! Мало того, що Данило Апостол прожив іще понад шість років на зло своїм ворогам і на радість друзям і численній родині, він устиг залишити помітний слід в історії козацької України саме як гетьман. Старий козарлюга спробував улаштувати справжню кадрову чистку під вічно актуальним девізом боротьби з корупцією (не гіршу за ті, котрі колись улаштовував його давно покійний шеф Іван Мазепа), виганяючи з посад високопоставлених хабарників, особливо тих з них, у чиїй лояльності щодо себе пан Данило мав сумніви (чого варті лише довголітня «війна» Апостола з кланом Марковичів чи російським резидентом в Україні й відомим хабарником Ф. Наумовим!). Не був сивий ветеран і царським холопом — 1728 року він разом зі старшиною подав петицію до Петербурга, на котру імператриця Анна Іоанівна відповіла так званими «Рішительними пунктами», які в обмеженій формі зберігали українську лівобережну козацьку автономію. Протягом 1729-1731 років було проведено так зване «Генеральне слідство про маєтності», внаслідок чого було визначено і повернуто в державне користування частину рангових (державних, які надавалися за службу і на термін служби козацьких урядовців) землі, безпідставно захоплені в приватне володіння, проведено реорганізацію фінансової системи України (зокрема, вперше встановлено кошторис); 1730 року гетьман видав «Інструкцію українським судам», де встановлювався порядок апеляції в судових справах, обмежено кількість полків російської армії, що стояли на щорічному постої в Україні тощо.