Сообщения о неполноценности кораблей русской постройки являлись, по-видимому, преувеличением и, может быть, даже намеренно инспирировались зарубежными судостроителями. Однако несомненен тот факт, что русские корабли стоили дороже: один линкор, построенный в США в начале XX века, обходился России на 21% дешевле, чем такой же, построенный дома. Во-вторых, само время сборки отечественных кораблей было чуть ли не вдвое больше, чем у кораблей, строившихся за границей. Крейсер «Аврора», например, строился шесть лет, и это не исключение. Все это означало, что русские корабли, едва сошедшие со стапелей, оказывались в итоге устаревшими. Главной причиной такого отставания была плохая организация работ, а также задержка поступления комплектующих частей. Немаловажным фактором был и климат. Хотя петербургские судоверфи были обнесены огромными стенами и имели крыши, и работы, стало быть, могли вестись круглый год, если корпус судна не успевали завершить до ледостава, он должен был для спуска на воду дожидаться весны. Третьим серьезным тормозом в строительстве русских кораблей был тот факт, что в ходе постройки Морское ведомство, воплощая новые идеи, вносило в чертежи бесконечные поправки (благо его чиновники сидели в двух шагах от судоверфи). Заграничные подрядчики были избавлены от такого вмешательства, которое обычно приносило больше вреда, чем пользы. Два других недостатка, имевших место в русском судостроении, — отсутствие стандартизации (суда одного класса не могли использовать общие детали) и практика назначения команды на еще недостроенные корабли. Эта необычная процедура, на первый взгляд сулящая выгоду, в действительности приводила к разделению ответственности: судостроитель всегда мог в любом возникшем дефекте обвинить команду, команда же в этом могла обвинить судостроителя.
Морские ассигнования, составлявшие в 1881 г. 31 миллион рублей, выросли до 45 миллионов (около 4 млн фунтов стерлингов) в 1886 г., до 55 миллионов (свыше 6 млн фунтов стерлингов) в 1895 г. и, так как напряженность на Дальнем Востоке нарастала, поднялись почти до 100 млн рублей (свыше 10 млн фунтов стерлингов) в 1902 году. В 1898 г. была принята новая программа морского строительства, предусматривавшая общие затраты с 1898 по 1904 год на сумму 51 миллион, из которых 16 млн предназначались для нового строительства.
Предстояло построить 8 новых эскадренных броненосцев, в результате Россия в отношении основных боевых кораблей должна была стать одной из ведущих морских держав.
Реформы, прямо или косвенно вытекавшие из морской программы 1882 г., включали в себя организацию морского корпуса, начальник которого отвечал за боеготовность флота, создание нескольких специальных комитетов, основание новых или расширение существующих минных и машинных школ (а также школ водолазного дела, в котором у русских был большой опыт), составление новых и пересмотр старых корабельных и дисциплинарных уставов, а также других регламентирующих документов. Появился и новый план относительно командного состава, по которому надлежало сократить чрезмерно раздутый штат офицеров (на флоте, например, было 100 адмиралов, а по службе требовалось всего 55). Продвижение теперь предполагалось только в связи с вакансией или с непосредственным нахождением в море. (Последнее имело в Русско-японской войне негативные последствия, так как к 1904 году все адмиралы, имевшие опыт плавания в Дальневосточных водах, служили на береговых должностях в Европейской России. Их заменили офицеры, лишь только набиравшие опыт плавания. Та же ситуация сложилась и с офицерами нижнего звена. Так, командир минного заградителя «Енисея», подорвавшегося на собственной мине, был специалистом-взрывником, почти не имевшим плавательного стажа.)
Изменения коснулись и системы экипажей. Поскольку команды кораблей проводили большую часть времени на суше, их штаты были изменены в соответствии с жизнью в береговых казармах, а не на кораблях. Основной единицей являлся экипаж. Его ядро обычно составляла команда линкора или броненосного крейсера, но он мог включать и команды более мелких судов, насчитывая в итоге около тысячи человек. По реформе 1885 г. командиры кораблей должны были оставаться со своими людьми и в период их пребывания в экипаже.
Полная численность личного состава Императорского Русского флота (включая Черноморский) составляла в 1889 г. 23 634 человека. Сюда входили 11 полных адмиралов, 197 других высших офицеров, 546 строевых офицеров, 228 внештатных, 71 артиллерийский офицер, 246 штурманов, 231 инженер-механик, 105 судовых врачей, 118 интендантов, 24 судовых священника, 349 гардемаринов, 20 984 матроса и 524 вольнонаемных. В 1903 году в целях пополнения недостающего офицерского состава был расширен прием на флот курсантов, и личный состав флота вырос до 65 054 человек, что уже позволяло считать Россию второй морской державой, поскольку Франция в составе своих морских сил имела только 53 247 человек (Британия к этому времени имела 122 666, Япония — 31 000 человек). Однако эти цифры были далеко не соизмеримы: французские моряки, например, обладали гораздо большей эффективностью и боеспособностью, чем русские.
Кадровый состав Русского флота лишь частично напоминал состав флота других стран. Здесь существовало резкое различие — обычное в то время — между так называемыми строевыми и нестроевыми офицерами. Последние, в свою очередь, делились на несколько корпусов, хотя начало их упразднению было положено отменой в 1885 г. орудийного и штурманского корпусов. Существовал хорошо отлаженный Табель о рангах, вполне достойный флота, основанного еще Петром Великим. Так, строевой капитан приравнивался к полковнику артиллерии или навигации, или полковнику службы Адмиралтейства, флотскому инженеру-механику, старшему кораблестроителю (судовому архитектору) или главному заводскому конструктору.
Как и на других флотах того времени, в русском существовала определенная враждебность между строевыми командующими офицерами, с ностальгией вспоминавшими эпоху парусов, и офицерами «технарями», презиравшими реакционеров-белоручек юта. Эти последние в самом деле заслуживали критики. Большинство их придавали слишком большое значение внешнему виду — выскобленным добела палубам и сверкающей краске — и слишком мало внимания учениям и боеготовности. Офицер, должным образом относившийся к важным для морского дела вещам, имел меньше шансов продвинуться по службе, чем равнодушные к этим вещам его коллеги-чистоплюи.
Как и в Королевском флоте, натянутые отношения между офицерами-механиками и командирами — строевыми офицерами основывались отчасти на той идее, что «функция руководства выше функции производства». Все это помимо прочего имело, конечно, и классовую почву: в то время как в Морской корпус, готовивший строевых офицеров, поступала молодежь из дворянских фамилий, курсантами Инженерно-морского училища становились сыновья служащих и разночинцев (среда, между прочим, отличавшаяся более передовыми политическими взглядами).
Несмотря на эти различия, когда Балтийская эскадра совершала в 1904—1905 годах свое кругосветное плавание, в кают-компаниях, похоже, царило согласие. Общие опасности и лишения (а может, и общее возмущение Морским департаментом), объединив души людей, создали атмосферу товарищества. Во всяком случае, тип строевого офицера «голубых кровей» к 1904 году стал относительно редким. Например, на эскадренных броненосцах типа «Бородино» было 18 строевых офицеров (командир, старпом, 8 лейтенантов, 8 мичманов), но семь из них были специалистами (артиллеристы, торпедисты и т.д.), да вдобавок еще четырнадцать «практикующих» строевых офицеров (судовые врачи, капелланы и др.). Нижние чины, в свою очередь, делились на строевых и нестроевых. Последние в основном составляли персонал машинных отделений и котельных.
Законом 1874 г. устанавливалось число людей, ежегодно призываемых на флот. Этот призыв первоначально шел за счет приморских областей страны, но позднее распространился и на сухопутные губернии и сопровождался параллельным, но более крупным набором в сухопутную армию. В начале 1890-х годов в матросы ежегодно призывались 7000 человек. Эта цифра постоянно росла и в 1897 г. составляла уже 11 000. Набор осуществлялся по жребию и касался годных к службе молодых людей, достигших 21-летнего возраста. Попавшие на флот должны были прослужить семь лет действительной службы и три года в запасе. Во время действительной службы не разрешалось жениться, не было никаких шансов на повышение, матросов плохо оплачивали и зачастую плохо кормили.