Первым выступил против Шуйского Путивль. Город поднял на борьбу с Шуйским князь Григорий Шаховской, которого как верного соратника Лжедмитрия сослал на свою голову в Путивль Шуйский. За Путивлем последовали другие города, в том числе Елец и Чернигов. В Чернигове выступление против Шуйского возглавил князь Андрей Телятевский, который был в оппозиции к Лжедмитрию. Сейчас у него появился формальный повод для того, чтобы выступить против Шуйского. Затем против Шуйского выступили Тула и Рязань, за ними последовали поволжские города. Посланные для усмирения царские войска везде терпели поражение. В Перми войска, набранные для царя, разбежались. К общему выступлению против Шуйского поднялась и Вятка.
На этот раз выступали не только горожане, но и крестьяне и холопы. Инородцы воспользовались ситуацией и попытались добиться самостийности. Мордва осадила Нижний Новгород. В Астрахани против царя выступили казаки. Народ пришел в брожение. Неспокойной была Москва. Шуйский почувствовал, насколько тяжела для него шапка Мономаха. Взбунтовались разные силы. Все вместе они представляли собой огромную силу, вышедшую из-под контроля.
Выступлениями на юге первоначально руководил Шаховский. Он выступил в защиту Дмитрия, но нового кандидата на эту вакансию у Шаховского не было. Вначале он пригласил занять эту вакансию Молчанова, но тот струсил. Он послал вместо себя Ивана Болотникова. Это была весьма колоритная фигура, не лишенная оригинальности и самобытности.
Болотников был холопом у князя Телятевского. При невыясненных обстоятельствах он попал в плен к татарам, которые продали его туркам. Там Болотников провел несколько лет на галерах. Оттуда он попал в Венецию, а потом через Польшу решил пробираться на Русь. В Польше его задержали, и там судьба свела его с Молчановым. Он и послал Болотникова к Шаховскому.
Шаховский дал под командование Болотникова вооруженный отряд. Он быстро увеличил численность отряда за счет скопившихся на Украине разбойников, гулящих людей, беглых крестьян, холопов. Воинство Болотникова быстро умножалось. Болотников нацеливал всех на борьбу с власть имущими.
У Ельца Болотникова встретили царские войска, которые он разбил. Это очень вдохновило восставших. Пришли в движение города Тула, Венев, Кашира, Орел, Калуга, Вязьма, а также некоторые тверские города. В Рязани восставших возглавили Григорий Сунбулов и братья Ляпуновы (Прокопий и Захар), которые были дворянами. Ополчение в Рязан и было очень сильным, тем более что рязанцы славились своей дерзостью, энергий, способностью действовать решительно и смело.
В Туле также сформировалось сильное ополчение, во главе которого стал боярский сын Истома Пашков. Ополчения в Рязани и Туле были направлены против бояр и конкретно против Шуйского.
Как воинство Болотникова, так и ополчение Рязани и Тулы направлялись к Москве. Но они были абсолютно разные. Ополчения были дворянскими, а шайка Болотникова несла с собой разорение и вражду. С Болотниковым шли холопы и гулящий люд.
Ополчение и банды Болотникова соединились под Москвой в селе Коломенском. Положение Шуйского становилось критическим. У него не было сил отразить наступление восставших. К роме того, он не мог обеспечить нормальную жизнь москвичей. В Москве начался голод. Рознь между дворянскими ополчениями и бандами Болотникова была на руку Шуйскому. Болотников посылал к москвичам гонцов с призывами восстать против высших классов. Об этом патриарх Гермоген писал: «воры из Коломенского пишут к Москве проклятые свои листы, велят боярским холопам побивати своих бояр и жен их и вотчины и поместья им сулят и шпыням и безыменником вором (то есть черни) велят гостей и всех торговых людей побивати и животы их грабити, и призывают их воров к себе и хотят им давати боярство и воеводство и окольничество и дьячество».
Тульские и рязанские дворяне-ополченцы в испуге отшатнулись от отряда Болотникова и перешли на сторону Шуйского. Лидеры ополчения Сунбулов и Ляпунов сами явились к Шуйскому. Следом за ними на сторону Шуйского перешли ополченцы из Твери и Смоленска.
Болотников отступил от Москвы и окопался в Калуге, а затем перешел в Тулу. Здесь он соединил свои силы с казаками под водительством казачьего самозванца Петра. Петр выдавал себя за сына царя Федора, которого на самом деле никогда не было. Так Тула стала центром движения против Шуйского.
Весной 1607 года Шуйский решил осадить Тулу. Войска Шуйского стояли под Тулой целое лето. Было принято решение не выкуривать мятежников из города, а затопить их водой. Для этого на реке Упе устроили плотину и затопили город. Мятежников одолел голод. В октябре 1607 года Тула сдалась Шуйскому. Болотникова отправили в Каргополь и там утопили. Шаховского сослали в пустыню на Кубенское озеро. Предводителя казаков Петра повесили. Шуйский праздновал победу, но не долго. Волнения на этом не остановились. Появился второй Лжедмитрий. Прозвище у него было Вор. Он появился в пограничном литовском городке Пропойске. Там он выбрался из тюрьмы и объявил себя родней семейства Нагих. Его отпустили на Русь, в Стародуб. В Стародубе уверовали, что появился истинный царевич Дмитрий. Горожане ему помогали деньгами.
Вокруг Вора собралось войско, состоящее главным образом из польских авантюристов, казачества и всяких проходимцев. Конечно, никто не верил в то, что Вор является истинным царевичам. Тогда самозванство просто вошло в моду и служило предлогом для достижения под этим флагом собственных целей. Задача у этого сброда была одна – грабить, наживаться, воровать, насильничать.
Вор со своим воинством выступил на Москву. Царское войско было деморализовано и при Волхове потерпело поражение. Вор подошел к Москве и в селе Тушине разбил свой укрепленный стан. Сюда стекался всякий сброд, прежде всего казачьи шайки. Польские шляхтичи приводили свои дружины. Здесь собрались авантюристы, в том числе и Рожинский, Лисовский и Ян Петр Сапега.
Нового самозванца признала даже Марина Мнишек. Положение Шуйского было незавидным. Южная часть государства была разорена, покрыта шайками воров и разбойников. Северная половина царства была также частично поражена этим вирусом. Правда, северные области были самыми богатыми, здесь жили земские люди, занятые мирным трудом, которые были готовы защищать свой мирный уклад жизни, порядок и спокойствие.
Тушинскому отряду надо было на что-то жить. Поэтому они поглядывали в сторону севера. И не только поглядывали, но и посылали туда грабительские отряды. Путь тушинским ворам на север перекрывал Троице-Сергиев монастырь защищало только 15 000 человек, включая монахов, а наступали на него войска под водительством Сапеги и Лисовского, численность которых доходила до 30 000 человек. В сентябре 1608 года тушинцы осадили монастырь. Осада длилась полтора года до начала 1610 года. Но монастырь не был взят и длительное время сковывал значительные силы воровского войска. Тем не менее воровские шайки захватили северные города Суздаль, Владимир, Ярославль, Вологду. Они грабили и бесчинствовали. Основное их ядро состояло из поляков.
Постепенно северные города один за другим восставали против Вора, против грабежей и бесчинств, выступая за порядок, против его нарушителей. Северные города эффективно взаимодействовали и сообща громили шайки польских авантюристов. Возглавляли сопротивление выборные предводители. Активное участие в сопротивлении принимали Строгановы. Против Тушина восстали Нижний Новгород, Владимир, Галич, Вологда и другие города. Против воровского сброда выступили практически все города по Средней Волге, а также севернее от нее.
У Москвы не было сил потеснить Тушинский лагерь. В Москве не было порядка, не было дисциплины. Шуйский не пользовался никаким авторитетом и обратился за помощью к шведам. В 1608 году Шуйский послал своего племянника князя Михаила Васильевича Скопина-Шуйского для переговоров со шведами о предоставлении помощи Москве. В феврале 1609 года со шведским королем Карлом IX был заключен союз. Шведы должны были предоставить русским три тысячи конницы и три тысячи пехоты. За это русские отказывались от притязаний на Ливонию. Они должны были уступить шведам город Карелу с уездом. Кроме того, русские обязались вечным союзом со шведами против Польши. Цена, скажем, немалая за шесть тысяч воинов.