Генерал И.Х. Баграмян позже вспоминал:
«…Самая, пожалуй, трудная миссия выпала на этот раз на долю начальника инженерных войск генерала В.В. Косырева. Ведь в обеспечении преодоления таких укреплений, которые были созданы вокруг города и в самом городе, инженерные войска должны были сыграть не менее важную роль, чем авиация и артиллерия. Силы были выделены немалые: десять инженерно-саперных, три штурмовые инженерно-саперные, две моторизованные инженерные и одна понтонная бригады. И это не считая тех штатных саперных подразделений, которые имелись в корпусах и дивизиях. Значительную часть этих сил пришлось включить в состав 26 штурмовых отрядов и 104 групп.
Инженерным войскам предстояла гигантская работа как в период подготовки штурма, так и в его ходе. Помимо проведения тщательной инженерной разведки обороны противника надо было подготовить массу дорог, мостов и колонных путей, построить пункт базирования торпедных катеров на побережье Земляндского полуострова, эстакады для спуска бронекатеров, доставленных по железной дороге на реку Прегель, выбрать исходный плацдарм для войск, предназначенных для штурма города, преодолеть под огнем противника сотни проходов в минных и проволочных заграждениях.
С началом штурма инженерные войска должны были разминировать и восстанавливать пути для продвижения танков, артиллерии и других видов боевой техники, а затем разминировать улицы города и построить переправы через реку Прегель и многочисленные глубокие каналы. И вся эта работа была тщательно спланирована и своевременно выполнена. Важная роль принадлежала и химическим войскам, боевое применение которых планировал генерал-майор М.Ф. Доронин со своим отделом. Для обеспечения штурма было выделено три батальона химической защиты, семь отдельных огнеметных батальонов, рота фугасных огнеметов и пять отдельных рот ранцевых огнеметов. Огнеметные подразделения были распределены по штурмовым отрядам и штурмовым группам».
В период подготовки наступления исключительно большое внимание уделялось артиллерийской разведке. К 2 апреля все форты, около 900 дотов, 180 укрепленных зданий и 106 наблюдательных пунктов противника были обнаружены и изучены артиллерийскими офицерами. Каждый командир батареи имел перспективную фотопанораму закрепленного за подразделением сектора разведки и обстрела.
Артиллерийское наступление состояло из четырех периодов: период разрушения (три дня), артиллерийская подготовка атаки, артиллерийская поддержка атаки, артиллерийское сопровождение пехоты и танков в глубине обороны противника.
В период разрушения в течение четырех суток артиллерия большого калибра флота и корпусные группы разрушения вели огонь по городу, разрушая доты, прочные здания, баррикады. За день-два до начала периода разрушения гаубичная артиллерия калибра 122 и 152 мм Должна была произвести огневое вскрытие всех долговременных сооружений (огнем расчистить маскировку и разрушить земляной слой прикрытия). Авиация в этот период бездействовала из-за плохой погоды.
Для разрушения фортов, железобетонных огневых сооружений и бетонированных убежищ привлекались орудия калибром от 203 до 305 мм. На каждый форт, как правило, выделялся артиллерийский дивизион, который в течение трех суток вел огонь по 5–6 часов в день. На каждый форт расходовалось от 360 до 440 снарядов. В результате в доты попадало от 90 до 200 снарядов. Несмотря на это, часть этих оборонительных сооружений к началу штурма разрушена не была.
В 9 часов началась артиллерийская подготовка в полосе 11-й гвардейской армии, а час спустя — в полосах 43-й и 50-й армий. Она планировалась продолжительностью 180 минут. Из них артиллерия работала два часа на разрушение, 20 минут отводилось на огонь орудий прямой наводкой, 35 минут — на подавление и уничтожение живой силы и огневых средств противника. Завершалась огневая подготовка 5-минутным мощным огневым налетом.
Поддержка атаки пехоты и танков осуществлялась двойным огневым валом на глубину 2 км. Было намечено 11 основных и 10 промежуточных рубежей. Сопровождение боя пехоты и танков в глубине должно было осуществляться методом последовательного сосредоточения огня по ранее намеченным объектам и целям.
Для выполнения задач артиллерийского наступления артиллерия уже 28 марта заняла огневые позиции и приступила к доразведке и плановой пристрелке намеченных целей. Однако непосредственно перед началом штурма крепости поиски разведчиков и разведка боем до 5 апреля были запрещены. Разведка велась только наблюдением.
Для полного вскрытия обороны противника, а также для того, чтобы убедиться, что он занимает первую траншею, 5 апреля была проведена разведка боем силами от взвода до роты от каждой стрелковой дивизии первого эшелона. В ходе разведки боем некоторые подразделения ворвались в первую траншею противника, находившуюся за противотанковым рвом. Это позволило саперам в течение ночи навести через ров 60-тонные мосты для танков.
Оперативное построение 43-й армии и боевые порядки соединений и частей при штурме Кенигсберга
В то же время в связи с захватом передовыми подразделениями первой траншеи противника артиллерийская подготовка атаки была сокращена с трех до двух часов.
Штурм крепости начался 6 апреля в 10 часов утра с артиллерийской подготовки атаки. Ее эффективность была настолько высокой, что артиллерия противника даже через 2 часа после окончания артиллерийской подготовки атаки не могла вести прицельный огонь по советским войскам. Авиация из-за неблагоприятных погодных условий в этот день практически не работала.
В 12 часов пехота и танки вслед за двойным огневым валом двинулись на штурм крепостных укреплений. Сопротивление гарнизонов фортов было относительно слабым. Штурмовые отряды и группы просачивались между фортами и дотами, окружали и блокировали их со всех сторон.
Но в глубине обороны враг оказал упорное сопротивление. Яростные контратаки предпринимались при малейшем продвижении наступавших. К исходу дня 43-я, 50-я и 11-я гвардейская армии прорвали укрепления внешнего обвода обороны Кёнигсберга, вышли на его окраины и очистили от войск противника в общей сложности 102 квартала. Соединения 39-й армии, прорвав внешний оборонительный обвод, достигли железной дороги на Пиллау и перерезали ее западнее Кёнигсберга. Немецко-фашистское командование к западу от крепости ввело в бой 5-ю танковую дивизию, отдельные пехотные и противотанковые части. Метеорологические условия исключили участие в боевых действиях бомбардировочной авиации и значительной части штурмовиков. Поэтому воздушная армия фронта, совершив за первые два часа штурма лишь 274 самолето-вылета, не смогла помешать выдвижению и вводу в бой резервов противника.
Непосредственно в полосе наступления 43-й армии находилось 4 форта: № 5 «Шарлоттенбург», № 5А, № 6 и № 7. Части этой армии первыми ворвались в город. Но фашисты оказали ее войскам упорное сопротивление, время от времени проводя контратаки.
К вечеру 6 апреля оборонительная позиция противника была прорвана. Часть фортов и дотов была уничтожена, другие блокированы. Гарнизоны фортов «Канитц» и «Лендорф» капитулировали, не дожидаясь штурма. Советские войска вышли к окраинам города (оборонительная позиция № 2) и завязали ночные бои, которые отличались особой жестокостью.
К утру 7 апреля войска всех трех армий овладели семью фортами первой позиции и очистили от противника более сотни кварталов на городских окраинах. В этот день погода улучшилась, и авиация начала действовать с полным напряжением сил. Только в период с 13 часов 30 минут до 14 часов 30 минут 516 дальних бомбардировщиков Ил-4 из состава 18-й воздушной армии сбросили на город 550 тонн бомб. Всего же за этот день на Кёнигсберг было совершено 4758 самолето-вылетов и сброшено 1658 тонн бомб.
Войска медленно продвигались в глубь города, частью сил решая задачи на первой позиции. Противник отчаянно сопротивлялся. Только в течение 7 апреля им было произведено 35 контратак, в основном против войск 43-й и 39-й армий. Несмотря на это, советским войскам к исходу дня удалось захватить несколько важных объектов, в том числе один из самых мощных фортов — «Король Фридрих Вильгельм III» (форт № 5), который сопротивлялся особенно упорно. Впоследствии за героизм, проявленный при штурме этого форта, 15 солдат и офицеров были удостоены звания Героя Советского Союза.