Впрочем, судьба скоро преподнесла сюрприз и подпоручику Болотову. Из Петербурга пришла бумага, согласно которой от отзывался из полка и назначался флигель-адъютантом генерал-полицмейстера города Петербурга. Сначала Андрей не мог понять, каким образом это произошло. Но вскоре все выяснилось: генерал-полицмейстером Петербурга был назначен Н. А. Корф. Он-то, зная Болотова как умного и исполнительного офицера, и перевел его к себе в штат. Сборы были недолгими, и в начале 1762 года подпоручик Болотов прибыл в Петербург. 

В Петербурге Болотов бывал не раз. Но раньше он жил в нем мальчиком, а теперь ему шел 24-й год. И воспринимал он город и жизнь в нем по-новому, уже как взрослый человек. Петербург стал местом его службы, участия в общественной жизни. Первое время многое для Болотова было новым и интересным. Его деятельность в качестве флигель-адъютанта генерал-полицмейстера столицы была неразрывно связана с императорским дворцом и придворной жизнью. В его обязанность входило всегда находиться при генерале и сопровождать того во всех поездках. Болотов выполнял поручения Н. А. Корфа, которые заключались главным образом в посещении высокопоставленных лиц и передаче им устных или письменных сообщений, а также в получении ответов на эти сообщения.

Кроме того, молодой флигель-адъютант сопровождал генерал-полицмейстера на балы и другие празднества, которые почти ежедневно устраивались во дворцах царя и придворной знати. Первоначально это тоже привлекало Андрея: ему было интересно видеть царя, членов его семьи, встречать представителей высшей государственной элиты. Как и другие дворяне, он воспитывался в духе почитания императора как помазанника божьего. Все связанное с царской фамилией представлялось ему священным, достойным всяческого почитания и подражания.

Каково же было разочарование Болотова, когда, став очевидцем придворной жизни, он смог наблюдать поступки императора и его приближенных. Вспоминая позднее дни, проведенные при дворе, Болотов записал в своих дневниках: «Мы ... имели только ту отраду и удовольствие, что могли всегда в растворенные двери слышать, что государь ни говорил с другими, а иногда и самого его и все деяния видеть. Но сие удовольствие было для нас удовольствием только сначала, а впоследствии времени скоро дошло до того, что мы желали уже, чтобы таковые разговоры до нашего слуха и не достигали; ибо как редко стали уж мы заставать государя трезвым и в полном уме и разуме, а всего чаще уже до обеда несколько бутылок аглинского пива, до которого он был превеликий охотник, уже опорознившим, то сие и бывало причиною, что он говаривал такой вздор и такие нескладицы, что при слушании оных обливалось даже сердце кровью от стыда перед иностранными министрами, видящими и слышавшими то и бессомненно смеющимися внутренно. Истинно бывало, вся душа так поражается всем тем, что бежал бы неоглядкою от зрелища такового! - так больно все то видеть и слышать».

С каждым днем все постылее и ненавистнее становились Болотову императорский дворец и придворное праздное и хмельное времяпровождение.

Неизвестно, как бы сложилась дальнейшая судьба молодого офицера, если бы не один случай, связанный с неуравновешенным характером Петра III. Как-то, проводя смотр кирасирскому полку, над которым он шефствовал, император не увидел в строю одного знакомого ему офицера.

Царь спросил о нем, и генералы свиты ответили, что того перевел в свой штат Н. А. Корф. Император возмутился, что генерал-полицмейстер посмел без его разрешения отозвать офицера из полка. После разъяснения, что существует соответствующий указ, Петр III еще больше рассвирепел, приказал тут же вызвать к нему Корфа и подготовить для подписи «высочайшее повеление» о ликвидации штатов у некомандующих генералов и возвращении освобождающихся офицеров в полки.

Болотову это грозило большими осложнениями: Архангелогородский полк в это время находился в Пруссии, и молодому офицеру пришлось бы поехать на чужбину, чего он больше всего боялся. Ему хотелось оставить военную службу, уехать в деревню и заняться там сельским хозяйством и наукой.

На счастье Болотова, император Петр III ознаменовал свое короткое царствование указом «О вольности дворянству», согласно которому дворяне освобождались от обязательной военной и государственной службы и им предоставлялось право избирать поле деятельности в соответствии со способностями и влечениями. Вспомнив об этом указе, Андрей решил добиваться отставки. Первое время он надеялся, что поможет Корф. Однако тот, только недавно получивший нагоняй от императора за самовольный перевод офицера из кирасирского полка, побоялся снова навлечь на себя «высочайший» гнев и решительно отказался ходатайствовать за отчисляемых из его штата офицеров.

Поиски других путей привели Болотова к его старому знакомому в военной коллегии М. А. Яковлеву. Тому понравился молодой офицер, который не прельстился карьерой и хочет уехать в глухую деревню, чтобы там заняться наукой. Яковлев обещал Болотову оказать поддержку и помог надлежащим образом оформить ходатайство в военную коллегию об отставке.

Хотя не так уж долго, по тем временам, продолжался процесс рассмотрения прошения молодого офицера, но тому в ожидании результатов казалось, что время тянется очень медленно: так хотелось ему оставить ненавистную службу. Когда особая комиссия военной коллегии удовлетворила просьбу Болотова, радости его не было пределов.

Распрощавшись с друзьями и знакомыми, с легким сердцем покинул Андрей Петербург, По пути он заехал к сестре Прасковье Тимофеевне в деревню Опанкино. Проведя там все лето, осенью 1762 г, Болотов вернулся в Дворяниново.

Двойственное чувство испытал Андрей Тимофеевич, обходя после долгого отсутствия свои владения. Ему было приятно оказаться в родных местах, где все было знакомо и так живо напоминало о веселых годах детства. В то же время он смотрел, воспринимал окружающее как взрослый человек, уже многое повидавший на свете и в своей стране и за рубежом.

Родной дом даже при жизни родителей Андрея не блистал роскошью и был скорее похож на большой крестьянский, а за годы отсутствия хозяина он и совсем обветшал. Сад без надлежащего ухода зарос сорными растениями, а яблони больше напоминали лесные дички. Многие пруды обмелели, а некоторые из них совсем высохли. Да и поля, хотя и называемые господскими, мало чем отличались от крестьянских: ни порядка, ни признаков хорошего урожая на них не было видно.

Крепко призадумался Андрей Тимофеевич; нужно было что-то предпринимать; не затем он возвращался в деревню, чтобы жить по старинке. Однако ограниченность ресурсов и материальных, и людских, не позволяла браться сразу за многое. И решил молодой хозяин начать -с дома, где ему нужно было жить и работать, и с садов, которые он надеялся превратить в один из источников дохода с имения,

В первую очередь Болотов взялся за приведение в порядок дома. Не мудрствуя лукаво, он велел убрать лишние внутренние стены и перегородки, увеличить размеры окон и прорубить новые. В результате в доме появились зал, столовая, спальня и кабинет-библиотека. Сделано это было все по плану самого Болотова и довольно быстро, поскольку не затрагивало главных частей дома: фундамента, капитальных стен, полов и потолка, крыши. Жить стало намного удобнее.

По-другому сложились дела с устройством сада. Не было еще у молодого хозяина достаточных знаний и опыта. А бившая ключом энергия и желание поскорее увидеть плоды своей деятельности сыграли тогда над Болотовым злую шутку: вместо хорошего сада он вырастил примерно такой же, какой был прежде, а может быть, даже и похуже. Этот печальный опыт заставил молодого хозяина по-иному взглянуть на дело. Взялся он основательно за книги, начал исследовать «натуру» с помощью внимательных наблюдений, экспериментов, вести регулярные записи в дневниках и журналах. Книги и занятия наукой избавляли Болотова от скуки, особенно осенью и зимой.