Отже, повернулася з Ладоги ледве третина (до того ж багато з них покалічених) із тих 10 тисяч козаків, які працювали на Півночі. Може, з тих часів прийшли до нас гіркі слова, що «Петербург споруджений на козацьких кістках». Насправді, сповна ще не підраховано, скільки полягло козацьких голів у тих болотах, на яких побудована була нова столиця Російської імперії.
У 1706–1707 роках сила силенна народу, передусім селян і козаків, мусила працювати коло будови нової фортеці в Києві на Печерську, оскільки цар Петро боявся приходу шведів в Україну. Козаки повинні були працювати зимою й літом під пильним оком московських наглядачів, котрі поводилися з ними брутально й немилосердно. Військовий писар Пилип Орлик, довірена особа Івана Мазепи, писав у листі: «Зачалася та робота коло фортифікації печерської, наступили переходи через українські міста до головної армії — то рекрутів, то всяких начальників. І полковники з старшиною, часто приходячи до гетьмана, з жалями оповідали, що пристави коло той фортифікаційної роботи козаків палицями по голові б'ють, уха шпагами обтинають і всяку наругу чинять. Козаки, покинувши доми свої, косовицю і жнива, зносять тяготу і спеку на службі царського величества, а там великоросійські люде доми їх грабують, розбирають, палять, жінкам і донькам їх чинять насильства, коней, худобу і всяке майно забирають, старшину б'ють смертним боєм».
Примусові «канальні» та будівельні роботи надзвичайно знесилювали козацьке господарство — козаки мусили йти зі своїми кіньми і фуражем, харчами, одягом, зброєю. Роками вони не могли займатися власним господарством, яке занепадало, козацтво бідніло.
Згадувані в листі Орлика «переходи» через українські міста відбувалися не лише у зв'язку з побудовою Києво-Печерської фортеці. Протягом майже усієї війни через Україну проходили московські полки й команди. Вони чинили усякі кривди, забирали в населення припаси, поводилися брутально не тільки з простими людьми, а й із старшиною. З усіх боків підіймався «плач, стогін і лемент» козацтва, селян, міщан, всього українського народу.
Один із найбільш шанованих провідників козацтва — полковник Горленко, який командував біля Гродна допоміжним корпусом, частина котрого стояла і в Ризі, прибувши до головної гетьманської квартири, виклав скарги на свавілля московських командирів, їхнє знущання, образливе поводження з козаками й старшиною. У відповідь на це полковника зіштовхнули з коня, якого відібрали, як і в решти старшин. Коли стало відомо, що з козаків, яких вислали до Пруссії, хочуть зробити драгунів (це було замахом на вільний військовий устрій), Горленко вигукнув: «Пане гетьмане, ти, що нами проводиш, що ти думаєш про це все?» І, може, вперше гетьман відверто висловив свій осуд московській владі й натякнув на можливість іншого союзу: «От яка нагорода за нашу службу!.. Який я дурень, що відкинув пропозиції Станіслава» (Лєщинського). А цар до того ж безупинно вимагав поставляти до московської армії коней, худобу, хліб і всякі інші припаси, що також розоряло українські господарства.
Через війну припинилась українська торгівля через балтійські порти. Взагалі, Петро І завдав страшенного удару по економіці України, фактично скасувавши вільну торгівлю. Указами царського уряду було заборонено вивозити з України будь-куди, окрім Росії, селітру — сировину для виготовлення пороху. Вугілля з Донеччини дозволялося брати лише на російські заводи. Саме в інтересах російських купців і заводчиків заборонялося ввозити в Україну з-за кордону ряд промислових виробів. Україна могла торгувати лише через віддалені та невигідні для українського купецтва порти.
Отже, петровське «вікно в Європу» обернулося для України бідою. Вона вже не мала права користуватися давніми, традиційними для себе торговими шляхами, мусила везти свої товари через усю країну до Архангельська.
До гетьмана доходили відомості, скарги, нарікання з усіх міст Гетьманщини на безправ'я, пограбування, знущання, наруги царських військових начальників і солдатів над українським населенням. Мазепа гостро реагував, намагався захистити свій народ, протестував, висилав десятки листів до царя, його генералів і сановників, неодноразово висловлював свої протести в розмовах, віддавав розпорядження козацькій старшині з рекомендаціями, яким чином запобігти свавіллю чужинців.
Після лівонського походу Мазепа писав цареві: «Вернувшися із служби нашої монаршої з границь Лівонських, полковники, старшина й товариство почали на мене дуже нарікати насамперед за те, що понесли такі труди й господарство своє розорили під час такого дального походу, а далі за те, що за сіно немало їх товариства побито й потоплено, й коні повідбирані, а управи, не дивлячись на всі спори, їм жодної не дано. Особливо ж вони скаржаться на те, що у Пскові забрали їхні гармати польові. Взагалі, всі говорять на мене, що я не стою за їхні права і вам, великому государю, не б'ю чолом, що такі справи робляться».
Мазепа добився від царя проведення розслідування. Був присланий стольник Лутовінов. Але командуючий царськими військами Шереметєв так усе повернув, що козаки ще й залишилися винними.
Особливо багато скарг надійшло на німецького найманця, царського довіреного, авантюриста Паткуля. Німці з його численного загону оточили в Познані козацький, загін, відняли у козаків коней, старшин заарештували. Козаки мусили йти пішки до Кракова, де їх побили шведи й поляки короля Лєщинського. В результаті в Україну із 1700 козаків повернулося тільки 80. Іншого разу Паткуль силою захопив коней, які були зібрані в Миргородському полку для перевезення козацької військової армати, табірного оснащення, а також хворих, і продав їх у Франкфурті.
Незважаючи на протести, скарги та обурення, свавілля й злочини царських посіпак в Україні тривали. Особисто для Мазепи дошкульною була моральна зневага, яку він майже постійно відчував як гетьман. Цар нібито ставився до нього з великою довірою, жалував почестями. У 1700 р. Мазепа першим після Головкіна одержав найвищий орден — святого Андрія. Петро І добився для Мазепи титулу князя Священної імперії. Водночас цар не дозволяв українському гетьманові набути політичної та військової самостійності. Коли розпочалися воєнні операції, Петро І поставив Мазепу, немов звичайного генерала, а не гетьмана, під руку свого улюбленця князя Меншикова, неука й хабарника, який прагнув дістати Україну у своє володіння.
Проте над усім цим стояло головне. Цар Петро І проводив в Україні колоніальну політику. Уніфікуючи всі частини своєї імперії, він почав ліквідовувати особливий лад України, нищити усталені форми її управління, обмежувати старшинське самоврядування й гетьманську владу, маючи на меті їхнє остаточне скасування. У віддаленіші плани Петра І входило також і знищення збройних сил України, які він поки що використовував у своїх війнах. У 1705 р. спеціальним указом Петро І перевів козацьке військо в безпосередню компетенцію царського командування, запровадив контроль за витратами на утримання козацького війська, частково реквізував його артилерію. Цар мав намір обернути козаків на солдатів, завести в Україні рекрутчину. Як на першу спробу в 1705 р. за царським наказом два козацькі полки були відправлені до Пруссії на вишкіл, щоб зробити з них регулярні драгунські полки.
Взагалі, Україна для Петра І була своєрідною розмінною монетою в його зовнішньо-політичних комбінаціях, козирною картою у військово-дипломатичній грі. Ціною розшматування України цар прагнув заручитися підтримкою Польщі (якій віддав Правобережжя) для спільної боротьби зі шведами. Зробивши з Гетьманщини князівство, цар мав намір віддати його англійському герцогу Мальборо, через якого сподівався втягнути у свої плани Англію, щоб вона сприяла успішним переговорам зі шведським королем Карлом XII.
Якщо раніше Мазепа, може, й сподівався, що своєю службою царю він зуміє скористатися й витягнути Україну з руїни, зміцнивши гетьманську владу, й посприяти цим розквіту науки та культури, підйому престижу Української держави в європейському світі, її шляху до майбутньої незалежності, то згодом він почав усвідомлювати нездійсненність цих прагнень. Імперська політика Петра І, яка з перших років XVIII ст. набула особливої агресивності, спрямовувалася на те, щоб зробити з України звичайнісіньку російську провінцію, а також знищити головного носія менталітету українського народу — козацтво. П'яту частину його цар мав намір зарахувати в царські регулярні полки й розчинити в солдатській масі своєї імперії, решту ж перевести в селянство й закріпачити.
