Рядове козацтво з невдоволенням дивилось, як старшина прибирала до своїх рук найкращі грунти, луки й луги. Відбувався поділ, роздвоєння в самому середовищі козацтва. У ньому формувалися нібито дві партії — старшинсько-аристократична і демократична. Виговський вважав основою держави саме старшинсько-аристократичну частину українського суспільства. Селянсько-козацьку масу він прагнув утримати в покорі адміністративними засобами. Відверта орієнтація гетьмана на панівну старшинсько-шляхетську верхівку дратувала та обурювала не тільки козацтво, а й міщанство та селянство, котрі жили недавніми традиціями боротьби проти чужоземного гноблення та за соціальну справедливість.

Рух протесту розгорнувся й серед нижчих прошарків українського населення. Селянство нападало на панські, старшинські двори, на заможних козаків, купців… Рухом народних мас скористалися старшини, руки яких тягнулися за гетьманською булавою. Царський уряд втрутився в соціальні протистояння й боротьбу за владу, використовуючи їх для встановлення панування Москви в Україні.

Барабаш і Пушкар підняли заколот проти законно обраного гетьмана. Пушкар зібрав на Полтавщині у великій кількості так званих «дейнеків» — бездомних і безземельних наймитів, «гультяїв» — робітних людей із промислів (гуралень і буд), озброєних рогатинами, косами та киями, їх об'єднувала одна мета — помсти старшині, заможним козакам, маєтки й садиби яких вони громили й грабували, а власників убивали. До повстанців приєдналися запорожці на чолі з Барабашем. Виговський спочатку шукав мирного порозуміння з опозицією, казав, що не хоче проливати крові, а потім удався до блокади Запорожжя й Полтави, не допускаючи туди зброю та харчові припаси.

На кордонах Запорожжя були поставлені полки Ніжинський, Чернігівський, Прилуцький та Іркліївський, які мали наказ хапати й карати на смерть кожного, хто пробирався на Запорожжя. Однак це не вгамувало повстанців. Заколот поширився на все Подністров'я. 40 тисяч повстанців на чолі з Пушкарем і Барабашем виступили проти Виговського. Вони розбили направлені гетьманом війська під проводом полковників Івана Богуна та Івана Сербина. Тоді Виговський мобілізував полки, в яких було 20 тисяч козаків, приєднавши до них своїх нових союзників — татар (40-тисячну орду на чолі з Карач-беєм). В облогу була взята Полтава, біля якої два тижні велися бої. 15 травня бунтівників розбили. З їхнього боку полягло 15 тисяч, серед них і Мартин Пушкар. Якова Барабаша повісили. Полтава була спалена. Татари захопили багато людей у неволю. Виговський велів козакам відбити бранців. Запорожці втекли під захист московського війська, яке прибуло разом із воєводами, щоб стати залогами в Києві, Чернігові та Ніжині. Воєводи злякалися й відступили зі своїми ратними людьми в межі Московської держави. Тільки Шереметьєв зумів укріпитися в Києві.

Так розпочалася в Україні кривава братовбивча війна, викликана боротьбою за гетьманську владу. На цей раз громадянська війна коштувала Україні 50 тисяч людських жертв: кільканадцять тисяч полягло в бою. Крім того, татари, що прийшли Виговському на допомогу, вивели з Лівобережжя багато ясиру. Почався розпад збройних сил України, порушилася їхня монолітність. Уперше козацькі полки воювали один проти одного. Ситуація, що склалася в Україні, певною мірою була наслідком підступної, двоєдушної політики Москви, яка й розпалювала, й використовувала громадянську війну в Україні. Агенти царського уряду доводили, що слід обмежити владу гетьмана й старшини, посадити в містах царських воєвод, піддати цілковито Україну під царя, який і захистить народ.

Виговський на гіркому досвіді переконався, що за найлояльнішого його ставлення до Московської держави царська політика несе і йому особисто, а головне — Україні, згубу. Гетьман приймає рішення розірвати союз із Москвою. Виговського підтримала більшість козацьких полковників зі своїми полками, а також генеральна старшина, які добре розуміли антиукраїнську політику Москви. Це були найосвіченіші серед козацтва люди, які найкраще виявили себе в минулій боротьбі українського народу з поляками: генеральний суддя Богданович-Зарудний, генеральний осавул Ковалевський, генеральний писар Іван Груша, обозний Тиміш Носач; полковники — Григорій Лісницький, Павло Тетеря, Петро Дорошенко, Іван Богун, Оникій Силич, Остап Гоголь, Михайло Зеленський, Михайло Ханенко, Станіслав Морозенко; брати Виговського — Данило (чоловік доньки Богдана Хмельницького — Катерини), Костянтин і Федір, їхній дядько — овруцький полковник Василь та небіж Ілля — Виговські.

Погляди цієї старшини поділяло й духовенство, яке чинило опір домаганням Москви скасувати давній звичай обирати нового митрополита для української церкви вільними голосами всіх архієреїв, а також спробам підкорити українську церкву московському патріарху.

Заможні міщани також стояли за незалежність України, оскільки вже почали відчувати наступ Москви на магдебургію та інші їхні права. Іван Богун із погрозою говорив Скуратову: «Непотрібні нам московські воєводи — жінок і дітей наших переписувати. Ти до нас в Чигирин їдеш? Не здоровий від нас поїдеш». Виховані в традиціях політичної свободи, старшина й козаки з осторогою приглядалися до суворого московського абсолютизму, брутальних і жорстоких звичаїв, нетерпимості та релігійного фанатизму, їх лякала перспектива обернутися на царських «холопів», позбавлених усяких політичних прав і залежних виключно від милості самодержавного царя. Проте частина старшини трималася Москви.

У 1659 р. Іван Богун у листі до Івана Безпалого, одного зі старшин — прихильників царя, писав: «Непомалу дивуємося, що ваші мості, народившися з нами разом як вільний народ і разом зрісши на Україні, нашій Вітчизні, і проливаючи немалий час кров свою за вольності всього Війська Запорозького, зараз самі добровільно піддаєтеся в неволю і з нами, братією своєю, з ким разом хліба їли і проти кожного неприятеля ставали, ведете війну і на нас, свою кров, наступаєте».

Виговський зі старшиною виступили з міжнародним маніфестом, пояснюючи причини, що привели їх до повного розриву і війни з Москвою. «Ми, все військо Запорозьке, заявляємо й свідчимо перед Богом і цілим світом цією нашою невинною й чистою маніфестацією, що великі війни, ведені з Польщею, не мали ніякої іншої мети, як тільки оборону святої Східної Церкви й прадідівської свободи, якої любов'ю ми держимося, її провадив вічної пам'яті наш гетьман Богдан Хмельницький і канцлер наш Іван Виговський. Свої приватні справи відсунули ми далеко перед славою Божою й справами громадськими. Задля того ввійшли ми в союз із татарами, з пресвітлою королевою шведською Христиною, а згодом і з найяснішим королем Карлом Густавом, і всім ми завсігда дотримували, заховували їх непорушними, і додержували вірність. Навіть і Польщі не дали ми ніколи причини нарушити пакти, але всім додержали свято нашу вірність, умови й союзи. І не з іншої причини прийняли ми протекторат великого князя московського, як тільки щоб нашу свободу, здобуту за Божою допомогою і освячену кров'ю, могли зберегти, а після смерті передати потомкам нашим».

Далі в маніфесті говорилося, що цар московський не виправдав надій України, не виконав своїх обіцянок; не надавав допомоги проти ворогів, розпочав трактати з Польщею коштом України, наказав ставити в Києві фортецю, щоб держати народ в ярмі, нарешті задумав зовсім знищити Білу Русь і Україну з усім Військом Запорозьким, почав сіяти усобицю, піддержувати бунти проти гетьмана. «Москва готує нам ярмо неволі насамперед внутрішньою громадянською війною, а далі відкрито своєю власною зброєю, без усякого приводу з нашого боку». Наприкінці в маніфесті зазначалося, що не на українців «спадає відповідальність за нову війну, що вже розпалилася, й що вони «примушені підняти законну оборону та вдатися до сусідів із проханням про допомогу для своєї свободи».

Оскільки Швеція на той час припинила війни й пізніше формально замирилася з Москвою і Польщею, Виговський зі старшиною, вище православне духовенство з київським митрополитом Діонісієм Балабаном прийняли пропозицію про союз із Польщею, яка, будучи ослаблена майже безперервними війнами, прагнула знову приєднати козаків, обіцяючи Україні самостійність у межах Речі Посполитої. Серед польських політиків уперше почали лунати, щоправда, поодинокі голоси, які закликали визнати в якійсь формі українську державність. За приклад можна навести меморіал познанського воєводи Лєщинського: «Що досі ми не прийшли з ними до згоди, не козаки, а ми винні, бо дивилися на них згорда, не як на людей — не те, що як на нерівних нам, але не вважаючи їх за людей! Та Бог показав, що це такі ж люди, як і інші, покарав нашу пиху, і тепер вони варті великої пошани — що так завзято стояли за свої вольності, що годилися краще загинути, ніж жити без свободи. Ми стали нижчими від них, бо вони билися за свободу, а ми за своє безсиле панування… Справді, треба їх визнати за націю, а не за партію; даймо ж їм спокій та ніяким штучним та неприродним способом не викликаймо інтриг, і не розбиваймо їх. Нехай з ними буде така унія як литовська; нехай один народ над другим не має ніяких окремих прав, бо тільки законно унормованими відносинами тримаються держави, а підвищення одного народу над другим приносить розлад».