Але Московське царство було за своєю природою й характером абсолютистською, феодально-кріпосницькою державою, для якої Українська Гетьманська держава — з її республіканським ладом і сильними демократичними елементами, з козацьким землеволодінням, вільною, без феодального примусу, працею на землі, покозаченим селянством — була своєрідною історичною антитезою. Отже, неминуче, рано чи пізно царський уряд повинен був розпочати наступ на автономію України, щоб узагалі зліквідувати її.
При укладанні договору це виявилося в більш-менш прихованому прагненні і царя й бояр установити контроль над внутрішнім економічним і воєнним життям, а також над міжнародними відносинами України. Однак українські посли відповідно до твердих і рішучих інструкцій Богдана Хмельницького протистояли цим прагненням, хоча в ході обговорень деяких статей їм доводилося йти на компроміс.
Одним із визначальних факторів незалежності Української Гетьманської держави була влада гетьмана. В договорі 1654 р. вона не обмежувалася. Гетьман залишався верховною владою й головою Української держави. Титули, які надавались гетьманові в офіційних документах, свідчили, зокрема, про його повну владу щодо внутрішніх справ Гетьманської держави — «верхній владця і господарь Отчизні нашої», «зверхнійший властитель».
Договір визначав, що гетьман одержував свою владу за вибором Війська Запорозького, тобто обирався на козацькій раді, де, як правило, були присутні представники інших станів, і мав цю владу «доживотно». Царя зобов'язані були лише «извещати» про вибори, а гетьман мусив скласти присягу цареві. І на майбутнє після смерті кожного гетьмана в Україні мали право, як формулювалося у жалуваній ратифікаційній царській грамоті, обирати гетьмана «по прежним их обычаям, самим меж себя».
У пропонованому проекті договору гетьман і Військо Запорозьке вимагають уже в першій статті непорушності автономії України, зокрема в судочинстві. Суд тоді вважали за одну з найважливіших функцій влади, і в Україні їй надавали великої ваги. «Щоб ні воєвода, ні боярин, ні стольник в суди військові не вступали, але від старших своїх щоб товариства суджені були: де три чоловіка козаків, тоді два третього повинні судити». Ось у такій формулі була висловлена теза про цілковиту незалежність від царського уряду Війська Запорозького у сфері судочинства.
27 березня 1654 р. цар ратифікував першу статтю договору без жодних змін. «Пожаловали, велели им быть под нашего царского величества высокою рукою, каковы им даны от королей польских й от великих князей литовских, и тех их прав и вольностей нарушивать ничем не велели, и судиться им велели от своих старших по своим прежним правам».
Коли заглибимося в аналіз статей, пов'язаних із проблемою податків, і простежимо хід її обговорення, то переконаємося, наскільки вона була для України життєво важливою. Певною мірою ця проблема була пов'язана зі збройними силами. Для нас, сучасників і жертв болісного процесу розпаду останньої величезної імперії в світі, ці суперечки 350-річної давності зберігають свою актуальність і деяку повчальність. Адже з цими суперечками перегукуються ті імперські тенденції, які виявилися в прагненні «центру» нав'язати народам колишньої радянської імперії то «оновлений Союз», то «Союз суверенних держав», над котрими «центр» волів поставити ще одну державу, тобто відновити імперію.
Коли Україна визволилася з-під польської влади і утворилась Українська Гетьманська держава, її фінансова політика набрала характеру суверенності. Всі податки, які людність України повинна була давати до королівського скарбу, на короля, католицькі монастирі та церкви, на панів, були передані до скарбу Війська Запорозького, Української Гетьманської держави. До того ж Богдан Хмельницький установив мито з чужоземного краму. Податки з меду, пива, горілки також давали великий прибуток Українській державі.
Отже, український гетьман, укладаючи договір із царем, прагнув, щоб увесь прибуток і надалі залишався в Україні, за винятком певної грошової данини Москві. Московські бояри не прийняли цієї умови в запропонованій редакції. Вони прагнули самі визначати характер і розміри податків, а, головне, щоб фіскальні органи належали Москві, тобто стягування податків здійснювалося збирачами, надісланими царем. Важко навіть було те передбачити, яких масштабів набудуть згодом безконтрольність, свавілля, зловживання московських фіскалів.
У результаті обговорень дійшли компромісу. Одноразова грошова данина замінялася збиранням податків, але місцевими українськими органами, які вже передавали кошти до царського скарбу через відряджених від царя людей. Отже, змінився спосіб виплати данини. Зберіглися фіскальні права України та українська фінансові адміністрація, а роль московських агентів обмежувалася тільки прийняттям зібраної данини. І все ж для державного українського скарбу виплата данини в розмірі більшої частини безпосередніх податків була тяжкою втратою, оскільки позбавляла Українську державу значної частини фінансових засобів.
Царський уряд намагався встановити військовий контроль над внутрішнім життям України, забезпечивши це введенням у головні українські міста своїх воєвод із військовими залогами. Щоб надати подібним діям законного характеру, бояри домагалися зафіксувати це в договорі 1654 р., однак безуспішно.
Взагалі, розмова про місце царського воєводи в Україні виникла вперше у 1653 р., тобто ще до укладання договору, її ініціатором був Богдан Хмельницький, який через свого посла Лавріна Капусту просив у Москви військової допомоги проти Польщі й пропонував вислати до Києва тритисячне військо під командуванням воєводи». Під час переговорів у Переяславі в січні 1654 р. Бутурлін нагадав Хмельницькому про його прохання й попросив дати перепустку воєводі на приїзд до Києва. Богдан Хмельницький погодився одержати військову допомогу від царя, зауваживши, що в разі ворожого наступу до весни бажано навіть збільшити кількість царського війська.
У наказі від 30 січня 1654 р. цар чітко вказав призначеному в Київ воєводі князю Куракіну його функції, котрі обмежувалися військовим захистом України від ворожого наступу: «по челобитию гетмана велел государь быть в Киеве ратным людям для бережения от приходу поляков и всяких воинских людей». Проте через три роки воєводи з царськими військами були вже не тільки в Києві, а й у Чернігові, Переяславі та Ніжині. А в 1657 р. виряджений до Богдана Хмельницького царський посол — окольничий Ф. Бутурлін — вимогливо запитував у гетьмана, чому немає воєвод в інших великих українських містах. Богдан Хмельницький відповів, що своїм послам у Москві в 1654 р. він наказував не погоджуватися на присутність царських воєвод в українських містах, окрім Києва, та й на переговорах у Переяславі саме так полагодив справу.
Міжнародні відносини України обговорювалися Богданом Хмельницьким із московськими послами ще в Переяславі, а потім гетьманськими послами — Богдановичем і Тетерею — з боярами в Москві. Ці питання порушувалися в обох проектах договору, однак українська та московська редакції значно відрізнялися одна від одної.
Богдан Хмельницький вважав, що в міжнародній сфері мову слід вести лише про взаємну інформацію щодо сусідніх держав та їхніх воєнно-дипломатичних планів, а за необхідності — про спільні заходи для оборони. Саме такі стосунки встановлювалися між самостійними державами, які укладали взаємооборонний союз. За цим принципом і була сформульована перша українська редакція статей.
У відповідь 19 березня бояри оголосили послам царський указ: «чтоб гетману з польским королем и турецким султаном не ссылаться». А в наступному указі цар не тільки обмежував дипломатичне активне право України щодо Туреччини та Польщі, а й її пасивне право — приймати та відпускати послів. Царський уряд хотів поставити це під свій контроль.
Таке однобічне обмеження чужоземних зносин суперечило волі та дійсним намірам Богдана Хмельницького. Українська сторона вважала, що при союзних договорах обмеження чужоземних зносин мусять бути двосторонніми й торкатися тільки контактів з ворожими обом державам країнами. Тому посли й заявили боярам, що з погляду взаємних союзних обов'язків Москві теж не слід мати відносини з цими двома ворогами-сусідами — Туреччиною та Польщею. Але навіть і обмежуючий царський указ усе ж таки визнавав у принципі право України як окремої держави на встановлення відносин з іншими державами, хоч і під певним контролем з боку Москви.
