Полицейский надзор за крамольными студентами «Петровки» осуществлялся совершенно беззастенчиво. С одной из лекций Тимирязева слушатели выволокли шпика, которому кулаками в укромном уголке разъяснили, что полицейским ищейкам ходить на лекции Тимирязева небезопасно.

По свидетельству одного из биографов Тимирязева, контора академии превратилась в своеобразный филиал московской охранки — там собирались донесения о поведении неблагонадежных студентов. Студенты протестовали против этого на сходках и в конце концов постановили вручить директору академии свой письменный протест. Автором его был Владимир Короленко.

В Петербург немедленно помчалось донесение о неслыханной дерзости студентов, и специальный нарочный Министерства государственных имуществ, в ведении которого находилась академия, князь Ливен поспешил в Москву вершить суд и расправу. Три студента, выполнившие поручение сходки и вручившие протест директору академии, — Вернер, Григорьев и Короленко — были арестованы. Совет академии должен был выбрать меру их наказания.

Узнав, что происходит, Тимирязев прорвался к арестованным, но беседа с ними была прервана немедленным вызовом в совет.

Тимирязев был единственным членом совета, который не побоялся выступить с резкой отповедью мечущему громы и молнии князю Ливену. Он заставил занести в журнал заседания совета свое особое мнение о невиновности трех лучших студентов академии. Но их судьба была предрешена. Постановление совета об исключении из академии провинившихся — двух совсем, одного — временно, на год, — было признано в Петербурге мягким и бесхребетно либеральным. Было приказано Вернера и Григорьева не только исключить из академии, но лишить права когда бы то ни было поступить в любое учебное заведение России. На языке того времени это называлось «исключить с волчьим билетом». Владимира Короленко исключили на один год без права поступления в течение этого времени в какое-либо другое высшее учебное заведение.

Год он провел в ссылке. По истечении этого срока Тимирязеву удалось провести в совете постановление о зачислении Короленко на третий курс лесного отделения академии. В Петербурге это решение было отменено.

Короленко так и не вернулся в академию. Как и для Прянишникова, для Короленко Тимирязев был «одним из самых дорогих и светлых образов» его юности. В 1913 году он писал ученому: «Не всегда умеешь сказать то, что порой так хочется сказать дорогому человеку. А мне в моей жизни так часто хотелось сказать Вам, как мы, Ваши питомцы, любили и уважали Вас в то время, когда Вы с нами спорили, и тогда, когда учили нас ценить разум, как святыню. И тогда, наконец, когда Вы пришли к нам, троим арестованным Вашим студентам, а после до нас доносился из комнаты, где заседал совет с Ливеном, Ваш звонкий, независимый и честный голос. Мы не знали, что Вы тогда говорили, но знали, что то лучшее, к чему нас влекло тогда неопределенно и смутно, звучит и в Вашей душе в иной, более зрелой форме».

По академии ходили рассказы и о том, как лесоводы и агрономы, сговорившись, натащили в актовый зал еловых шишек и картофельных клубней и закидали ими приехавшего из Петербурга чиновника Москальского, который собрал их в актовом зале, чтобы объявить начальственный выговор за дурное поведение.

Прянишников твердо решил специализироваться по кафедре Стебута. Поэтому по окончании экзаменов он поехал на летнюю практику — первую свою академическую практику — на Боринский завод в свеклосахарное хозяйство Гардениных, находившееся на границе Липецкого и Задонского уездов. Один из братьев Гардениных директорствовал на заводе, другой, Сергей Николаевич, вел хозяйство Боринской экономии. У него не было специального образования, но зато была душа экспериментатора. Природный ум и наблюдательность способствовали успеху его разнообразных начинаний. Он ставил опыты с минеральными и торфяными удобрениями; на торфяных выработках устраивал рыбные пруды, закреплял овраги, за бесценок скупал у окрестных разоряющихся помещиков различные сельскохозяйственные машины, и с интересом их испытывал. Жил он в маленьком деревянном домике из двух комнат между конюшней и скотным двором. Немалые доходы отлично поставленного хозяйства обращал на занимавшие его опыты, а когда пришла революция, встретил ее с полным пониманием необходимости и неизбежности происходящего и тотчас же передал свое хозяйство государству, а сам поступил на службу в Сахаротрест, где и проработал до конца своих дней.

Прянишников был первым агрономом, который ступил на землю в этом уголке земледельческой России. Он с жаром включился в опыты с минеральными удобрениями, поводом для постановки которых явился номер журнала французских сахарозаводчиков, где были опубликованы первые сведения о влиянии селитры на прибавку веса корнеплодов сахарной свеклы, а суперфосфата — на их качество. Отчет об этих опытах — первое агрономическое «крещение» Прянишникова. Он был частично опубликован в «Известиях академии».

Поскольку Тимирязев сумел убедить своего питомца, что поиски научной истины совпадают с его добрым стремлением приносить пользу жизни, Прянишников, как и Коссович, перейдя на четвертый курс, согласился стать «стипендиатом высшего оклада» — для подготовки к научной деятельности. Стипендиат получал 48 рублей 33 копейки в месяц, тогда как обычная студенческая стипендия равнялась 25 рублям. По рекомендации кафедры земледелия к ним были присоединены еще два «кандидата на оставление при кафедре», как тогда называлась нынешняя аспирантура, — В. Р. Вильямс и П. Р. Слезкин.

Как раз к этому моменту правительство решило «подтянуть» непокорную академию. Это щекотливое задание было поручено известному своей реакционностью бывшему профессору Военно-медицинской академии Юнге. Начальство слишком высоко ценило косные взгляды новоиспеченного директора, чтобы придавать значение такому «пустяку», как несоответствие профиля академии его научной специальности — Юнге был медиком-глазником. По этому поводу в кругах петровцев гуляла шутка: «Петровская академия всегда была бельмом на глазу русского правительства, а потому туда и послан окулист, чтобы это бельмо убрать».

В целом Юнге оправдал оказанное ему доверие. На одной из студенческих сходок его освистали, он вызвал казаков, которые препроводили большую группу студентов в ближайшую Бутырскую тюрьму, прозванную студентами «Бутырским университетом».

После этого дальнейший прием в академию был прекращен, хотя наличному составу студентов было разрешено ее закончить. По мере ликвидации отдельных курсов профессора увольнялись. Таким образом, академия была обречена на медленное умирание. Ходили слухи, что ее здания будут использованы для размещения то ли Тверского кавалерийского полка, то ли «Института благородных девиц», как именовались привилегированные, закрытого типа, средние школы-интернаты для девиц дворянского сословия.

А сейчас нам придется столкнуться с несколькими, на этот раз уже чисто внешними и в какой-то мере случайными обстоятельствами, которые на протяжении довольно значительного отрезка времени (в несколько лет) определили жизненный путь Прянишникова. Эти обстоятельства — неожиданная тяжелая болезнь и заграничная командировка по лабораториям Европы, главная особенность которой состояла в том, что ни командируемый, ни те, кто давал ему напутствия для поездки, не имели никакого представления о том, чем он должен там заниматься.

Но здесь обнаружилась одна на первый взгляд удивительная, однако при ближайшем рассмотрении вполне объяснимая особенность Прянишникова, связанная с его общей жизненной установкой. Любое событие, любое знакомство с новым предметом, любая поездка — а их были сотни, он не любил сидеть на одном месте — неизменно заканчивались одним и тем же: написанием очередной научной работы, если и не открывавшей новые горизонты, то, во всяком случае, под интересным и своеобразным углом зрения оценивавшей увиденное, продуманное или изученное.