Органическую химию в университете в этот период читал Николай Александрович Меншуткин, который заменил на этой кафедре А. М. Бутлерова. В годы создания А. М. Бутлеровым теории химического строения Н. А. Меншуткин принадлежал к лагерю ее противников и критиков, но факты, добытые в работах А. М. Бутлерова и его школы, и плодотворное применение теории Бутлерова к решению практических задач органической химии в дальнейшем были столь неопровержимо убедительны, что Н. А. Меншуткин нашел в себе мужество признать несостоятельность прежних своих возражений, и в годы, когда он читал курс органической химии в университете, он уже всецело стоял на позиции теории химического строения. Он читал курс органической химии очень интересно — в строго теоретическом плане и к его изложению также привлекал большое количество материала, относящегося к физической химии.

Органическая химия, говорил Меншуткин, должна все глубже разрабатывать вопрос о строении вещества. Определив атомный состав углеродных соединений, этот отдел химии, исходя из четырехатомности углерода, дает простые правила, допускающие привести в чудный по простоте порядок состав бесконечного числа углеродных соединений.

Один атомный состав органических соединений, продолжал он, не может дать указание на его строение, как это возможно для сравнительно просто составленных неорганических соединений. Физические и химические свойства органических соединений обусловливаются не только химической природой углерода и элементов, с ним соединенных, но и способом соединения атомов в частицах соединения. Развивая теорию четырехатомности углерода, теория химического строения позволяет нам как бы проникнуть в глубину частиц органических соединений и показать, с какой неизменной правильностью проявление определенных физических и химических свойств юс находится в соотношении с определенным способом соединения атомов элемента в частице…

Неудивительно, что это определение выдержано в чисто бутлеровском духе. Изложение описательной части органической химии по отдельным классам соединений в курсе Н. А. Меншуткина, также в основном, принципиально не отличалось от построения курса, принятого А. М. Бутлеровым.

Свой курс Н. А. Меншуткин начинал с общего раздела, в котором излагал основные теоретические положения. В этом разделе, кроме подробного изложения основ теории химического строения, уделялось большое внимание вопросу физических свойств органических соединений и вопросу их образования.

Он так говорил об этом:

— Мы изучили теорию химического строения и стереохимическую гипотезу, которые обобщают правильность состава органических соединений, Мы видели, что определенным случаем строения отвечают определенные проявления в физических и химических свойствах. Нам остается рассмотреть те общие положения, которыми химик опытно воспроизводит разнообразнейшие системы атомов, и в каких условиях эти равновесные системы теряют устойчивость и распадаются или изменяются.

Далее он рассматривал различные виды энергии и с материалистической точки зрения правильно выделял химическую энергию как наиболее сложный и высший вид энергии, подчеркивая, что эквивалент для перевода химической энергии к более простым видам энергии еще не установлен. В дальнейшем, после рассмотрения вопроса обратимости и необратимости химических процессов и закона действующих масс, Н. А. Меншуткин переходил к рассмотрению вопроса о скоростях химических реакций как меры интенсивности химических процессов. Такой подход к ним тоже был очень новым и перспективным.

В своих экспериментальных работах Н. А. Меншуткин часто обращался к изучению и механизма самой химической реакции. И в этом он был новатором.

Таким образом, слушая курс органической химии Н. А. Меншуткина, Сергей Васильевич получал фундаментальные познания теоретических основ этой науки и особенно в области применения физико-химических методов исследования, в частности методов изучения кинетики химических реакций, для выяснения вопроса взаимного влияния атомов в молекуле на ее реакционную способность, то есть «химическую активность». Таковы были истоки тех больших успехов, которые ждали С. В. Лебедева в дальнейшем, когда он, законченный исследователь, должен был сказать новое слово в изучении сложнейших процессов гидрогенизации и полимеризации.[4]

В 90-х годах прошлого века в Петербургском университете не было специальной кафедры аналитической химии. Преподавание аналитической химии осуществлялось на кафедре технической химии, которую возглавлял Алексей Евграфович Фаворский. Читал же курс аналитической химии Вячеслав Евгеньевич Тищенко; он же руководил работами в лаборатории количественного анализа. Сам А. Е. Фаворский читал лекции по технической химии, руководил работами в лаборатории количественного анализа и имел в своём распоряжении лабораторию на десять мест для подготовки дипломантов (кафедру органической химии в Петербургском университете А. Е. Фаворский занял в 1902 году, после ухода Н. А. Меншуткина из университета во вновь созданный Политехнический институт).

А. Е. Фаворский, ученик Бутлерова и сам выдающийся химик-органик, с особым интересом изучал процессы изомеризации, то есть такие внутримолекулярные превращения органических соединений, которые приводят к изменению строения молекулы без изменения ее состава и молекулярного веса. Располагая относительно большим количеством мест в лаборатории для дипломантов, А. Е. Фаворский имел многочисленных учеников, которые стремились работать под его руководством в той области органической химии, которую так блестяще начал развивать А. М. Бутлеров.

Нелишне напомнить, что с истолкования явления изомерии с точки зрения теории химического строения (до Бутлерова это явление оставалось необъяснимым) и началось триумфальное шествие бутлеровских идей.

На третьем курсе университета Лебедев начал работать в лаборатории А. Е. Фаворского. Его привлекала сюда царившая здесь атмосфера высокой научности. Здесь жила и развивалась бутлеровская теория химии органических соединений (несмотря на то, что эта лаборатория находилась при кафедре технической химии), и на этой основе изучались механизмы сложных химических реакций.

Несмотря на то, что С. В. Лебедеву довелось поработать в лаборатории А. Е. Фаворского сравнительно недолго — с осени 1897 года по весну 1898 года, — С. В. Лебедев всегда считал себя и называл учеником этого ученого. В этой лаборатории им была выполнена дипломная работа на тему, одобренную А. Е. Фаворским: «Исследование трихлорметил-ометоксифенил-карбинола». Эта студенческая по форме работа, по существу, однако, достойно примкнула к циклу основных работ лаборатории.

Сергей Васильевич Лебедев на всю жизнь сохранил большое уважение и любовь к А. Е. Фаворскому. Когда в конце ноября 1921 года академик Н. С. Курнаков обратился с просьбой к Сергею Васильевичу (тогда уже профессору) составить характеристику (научной деятельности А. Е. Фаворского, необходимую для представления в Академию наук, в связи с предстоящими выборами его в члены-корреспонденты академии, Сергей Васильевич от души написал:

«Среди той школы русских химиков, которую создал А. М. Бутлеров, которая внесла в науку так много, которой по праву может гордиться Россия, А. Е. Фаворский представляет самую крупную фигуру. Он ученик А. М. Бутлерова — продолжатель его традиции. За свою более чем тридцатилетнюю научную деятельность он передал эти традиции нескольким поколениям русских химиков. Несколько десятков его учеников оставили след в химической науке. Некоторые из его учеников имеют уже своих учеников. В нем и в них живут традиции Бутлерова.

Эти превосходные традиции неизменно жили в лаборатории Алексея Евграфовича, в его школе. Оценивая значение представителя науки, мы привыкли считаться не только с ценностью того, что он личным трудом и особенностями своего ума внес в науку, но и живучестью того импульса, который он сообщил научному творчеству своих учеников. И в том и другом А. Е. Фаворский представляет индивидуальность большого веса…»