Глава церкви четко выразил свое отношение к креатуре Захарьиных — Висковатому.

Становится понятным замечание Курбского о том, что Сильвестру удалось отогнать от царя Ивана «ласкателей» после того, как он «присовокупляет себе в помощь архиерея онаго великаго града» Москвы, иначе говоря, митрополита Макария.

Вот причина, почему Грозный ни словом не обмолвился о Макарии в своем отчете о кризисе 1553 г. Смертельная болезнь государя и династический кризис выдвинули фигуру митрополита на первый план. Если монарх в своем отчете о «мятеже» вообще не упомянул имени Макария, то лишь потому, что щадил его память. Он не стал обвинять пастыря церкви в том, в чем обвинял «изменных бояр», а именно во вражде к Захарьиным. Видимо, в 1553 г. Макарий, подобно Сильвестру, старался погасить раздор между Старицкими и Захарьиными, чтобы устранить опасность смуты.

Споры о ереси возродили прежний раздор. Розыск обнаружил, что ересь свила себе гнездо при дворе старицкого удельного князя. Главными сообщниками еретика были объявлены знатные дворяне Иван Тимофеевич Борисов-Бороздин и его брат. Они происходили из очень знатного рода тверских бояр и доводились троюродными братьями Евфросинье Старицкой. Оба служили в удельном княжестве и были видными придворными князя Владимира Андреевича. Враги Старицких не прочь были использовать момент, но Сильвестр и Макарий не дали разжечь пожар.

Следствие по делу Башкина и Борисовых было передано осифлянам. Башкин в конце концов сознался, что называл иконы «идолами окаянными», хулил самого Христа. Видимо, эти признания были получены под пыткой. У обвиняемого помутился рассудок: он «язык извеся, непотребная и нестройная глаголаша на многи часы, и потом в разум прииде». Матвей Башкин был брошен в тюрьму, Иван Борисов сослан в монастырь на остров Валаам.

Церковные власти использовали суд над Башкиным, чтобы окончательно избавиться от нестяжателей. Отказ старца Артемия от участия в расправе с еретиками власти расценили как доказательство его причастности к ереси. На суде Башкин в расспросе «на старцов заволскых говорил, что его злобы (еретических взглядов) не хулили (старцы) и утверждали его в том». Возражая судьям, Артемий с полным основанием указывал, что ребяческие речи Башкина невозможно подвести ни под одну известную и осужденную святыми соборами ересь.

Вопрос о наказании еретиков был одним из главных пунктов, разделявших Артемия и его гонителей. Побуждая царя к размышлениям, старец писал в одном из посланий к нему: не следует спешить с осуждением, если кто «от неведения о чем усумнится или слово просто речет, хотя истину навыкнути». Старец возражал против казни еретика Башкина и его единомышленников. После бегства в Литву он писал: «Неподобно есть христианом убивати еретичествующих, яко же творят ненаучении, но паче кротостию наказывати противящаяся и молитися о них, да даст им Бог покаяние в разум истины възникнути».

Точка зрения осифлян была противоположной. Один из сподвижников Иосифа Волоцкого, архиепископ Геннадий, в свое время дал собору на еретиков такой совет: «С еретиками таки бы о вере никаких речей с ними не плодили, токмо для того учинити собор, чтобы их казнити — жечи да вешати».

Иосиф Санин свое главное сочинение «Просветитель» посвятил наставлениям и советам, как искоренить ересь на Руси. Затеяв гонения на еретиков, осифляне постарались приобщить Ивана IV к идейному наследию Санина. Епископ Нифонт Кормилицын отклонил просьбу старцев Иосифова монастыря о передаче им бывшей у него рукописи «Просветитель» на том основании, что «митрополит ея емлет и чтет, да и царь князь великий ея имал и чел». Самодержец ежечасно подвергался влияниям с самых разных сторон. Прилежный ученик черпал премудрость из источников, которые ему предлагали, как прилежный ученик.

Вероятно, Артемию удалось бы оправдаться, но с наветами против него выступили игумен Кирилло-Белозерского монастыря, старцы Ферапонтова и Троице-Сергиева монастырей. В защиту его выступили епископ Рязанский Касьян и соловецкие старцы. (За это Касьян был лишен сана.) В январе 1554 г. собор отлучил Артемия от церкви и сослал на вечное заточение в Соловки.

Власти готовили суд над «сообщниками» Артемия — Феодосием Косым и Вассианом. Но тем удалось бежать из-под стражи и скрыться в Литве. Там же нашел прибежище и Артемий. За рубежом он сохранил непоколебимую верность православию. Некоторые из беглых московских еретиков, напротив, перешли в протестантскую веру. Один из новообращенных заслужил в Литве славу «второго Лютера или, скорее, Цвингли». «Второй Лютер» рассказывал, что в Москве он был приговорен «советом епископов» к сожжению на костре, но царь Иван отменил смертный приговор и приказал освободить еретика из тюрьмы. Показание московского «лютора» проливает свет на роль монарха в затеянных осифлянами процессах. Иван хорошо усвоил мысль о том, что провинившиеся монахи достойны сурового наказания, но не смерти. В послании Курбскому он писал: «И во отрекшихся от мира наказания, аще и не смертию, но зело тяжкая наказания, колми же паче в царствие подобает наказанию злодейственным человеком быти».

Три года Сильвестр подвергался нападкам Висковатого, пока митрополит не защитил его от обвинений в ереси. Спасаясь от наветов, Сильвестр отмежевался от Артемия Пустынника. Позиция наставника оказала решающее влияние на царя Ивана. Он не мог выступить против решения Священного собора и заступиться за Артемия, у которого учился богословию. Но он не позволил сжечь мнимых еретиков.

Крупнейшей реформой середины XVI в. была реформа центрального управления и организация приказной системы управления, просуществовавшей в России до петровских времен. В период раздробленности великий князь «приказывал» (поручал) решение дел своим боярам по мере необходимости. Быть «в приказе» означало ведать порученным делом. Одним из первых «приказов», превратившихся в постоянное учреждение, было центральное финансовое ведомство — Казна. В его организации заметную роль сыграл византийский финансист и купец Петр Ховрин-Головин, потомки которого были казначеями на протяжении нескольких поколений. Казначеи ведали Денежным двором, собирали государеву подать в Москве и «дань» в Новгороде, оплачивали военные расходы и пр. Со временем из состава Казны выделились узкофинансовые ведомства вроде Большого прихода. Поземельные дела стал вершить Поместный приказ, военные дела — Разрядный приказ, суд — Разбойный приказ.

В числе первых в Москве сформировались приказы, управлявшие княжеским доменом — собственностью великокняжеской фамилии. Дворцовый приказ снабжал дворец и многочисленные царские резиденции припасами. По мере присоединения земель и появления княжеских владений на окраинах рядом с Большим дворцом в Москве появились Новгородский, Тверской и прочие дворцы. Как правило, посты дворецкого и конюшего занимали представители одних и тех же старомосковских фамилий: Морозовых, позднее — Захарьиных и Челядниных. Наследование приказных постов замедляло формирование приказного аппарата.

Начало переустройству приказной системы на новых основах положила организация Посольского приказа на первом году реформ. В 1549 г. «приказано посольское дело Ивану Висковатого, а был еще в подьячих». На первых порах дело казалось столь маловажным, что поручено было не боярину, не дьяку, а лишь подьячему, низшему чиновнику. Опыт оказался удачным.

В Дворовой тетради 1552–1562 гг. записано до 50 больших и дворовых дьяков, возглавлявших главнейшие приказы, или избы. Со временем число приказов увеличилось до 80. Штат каждого приказа составляли дьяк, подьячие и писцы числом от 20 до 50 человек.

Характерной чертой системы приказного управления была чрезвычайная дробность ведомств и отсутствие четкого разграничения функций между ними. Наряду с центральными отраслевыми управлениями (Казна, Посольский, Разрядный, Поместный, Разбойный, Конюшенный, Ямской приказы, приказ Большого прихода) существовали областные приказы, управлявшие территориями отдельных земель (Тверской, Рязанский дворцы), упраздненными удельными княжествами (Дмитровский и Углицкий дворцы) и вновь завоеванными землями (Казанский дворец). Существовали также различные мелкие ведомства: Земский двор (полицейское управление столицы), московское тиунство и т. д. Не только областные дворцы, но и центральные приказы имели в своем ведении выделенные им территории. В пределах этой территории приказ собирал налоги, творил суд и расправу. К примеру, Посольский приказ осуществлял управление Карельской землей.