Стремясь упредить нашествие, русское командование приняло решение о наступлении в немецкую Ливонию. Намеченный план был частично осуществлен. Прибыв в Новгород в начале июня 1579 г., царь отпустил «за реку за Двину», в Курляндию, воеводу князя Василия Хилкова с войском. По-видимому, сам царь намеревался двинуться следом за воеводой, чтобы очистить от поляков всю Курляндию.

Хилков «погромил» курляндских немцев, но его успех имел ограниченное значение. К моменту неприятельского вторжения силы русской армии оказались разъединенными.

Король Стефан направил царю грамоту с объявлением войны. Особый пункт послания гласил, что король имеет претензии к особе царя, но не к его подданным, которым как христианам он желает всякой свободы. В пограничные крепости были направлены письма с обращением к жителям — от бояр до простого народа. Всем сдавшимся в плен Баторий обещал «вольность и свободу прав христианских».

Будучи в Пскове, царь составил письмо Баторию. Он называл латинскую веру «полухристианством», пенял королю, что его паны «веруют иконоборные ереси люторские» и в его владениях появилась арианская ересь. Бог покарает еретиков, а «искру благочестия истиннаго христианства в Российском царстве сохранит и державу нашу утвердит от всяких львов, пыхающих на ны». Однако уберечься от «пыхающих львов» не удалось, и Иван IV так и не отправил послание королю.

Король Стефан сознавал, что ему противостоит опасный противник, и в первой кампании поставил ограниченную задачу. Он решил отвоевать у России Полоцкую землю, захваченную Грозным пятнадцатью годами ранее. Цель войны была понятна дворянству и народу и нашла поддержку общества. Если бы Баторий двинулся в Ливонию, ему пришлось бы штурмовать многочисленные каменные замки. Полоцк располагал деревянными укреплениями.

Узнав о наступлении Батория на Полоцк, Грозный направил туда воеводу Бориса Шеина. Но помощь запоздала. Шеину пришлось остановиться в близлежащей крепости Сокол.

В начале августа поляки осадили Полоцк и стали обстреливать его калеными ядрами. Из-за дождей обстрел не дал результатов. Осада Полоцка продолжалась почти четыре недели. Наконец венгерской пехоте удалось поджечь крепостные стены смоляными факелами. Гарнизон продолжал оборонять охваченный пожаром город. Но затем стрельцы вступили в переговоры о сдаче крепости. 31 августа 1579 г. Полоцк пал.

Исследователи Ливонской войны полагали, что более других в поражении был повинен сам монарх: он потерял голову и, располагая трехсоттысячной армией, не смог оказать сопротивления неприятелю. В действительности царское войско было малочисленным. Действия Ивана IV были продиктованы обстановкой. Он послал на выручку Полоцку сначала Шеина, затем лучшего из своих воевод, князя Дмитрия Хворостинина, с передовым полком и Ивана Шуйского с полком правой руки. Они должны были нанести удар по осадному лагерю Батория. Русское командование рассчитывало на то, что полоцкий гарнизон окажет длительное сопротивление врагу.

Царь мог выступить к Полоцку со всей армией, но не сделал этого, так как в его тылу началась концентрация шведских войск. В июле 1579 г. шведский флот обстрелял и сжег предместья Нарвы и Ивангорода. Вслед за тем многочисленный шведский корпус высадился в Ревеле и направился к Нарве. Русские оказались меж двух огней. Неприятельские армии обладали численным превосходством и наступали с разных сторон.

Иван IV с тревогой следил за развитием событий в районе Нарвы. Первая российская гавань на Балтике представляла в его глазах несравненно большую ценность, чем Полоцк.

На помощь Нарве был выслан воевода Тимофей Трубецкой. Вслед за ним туда же двинулся князь Дмитрий Хилков с отрядом.

14 сентября шведский главнокомандующий Горн с многочисленным войском подступил к Нарве и в течение двух недель пытался овладеть крепостью. Из-за трудностей с подвозом продовольствия шведы терпели голод. Нарвский гарнизон отбил все приступы. Понеся большие потери, Горн отступил от стен крепости.

Поражение шведской армии произвело тяжелое впечатление в Шведском королевстве. Государственный совет рекомендовал Юхану III заключить мир с Россией.

Грозный мог использовать шанс и дать новый поворот всему ходу войны. Однако он отдал приказ снарядить полки для похода против шведов. Приказ был выполнен, но поход не состоялся. Войска понесли потери и нуждались в отдыхе.

Царь давно привык объяснять любое поражение изменой своих неверных подданных. В книгах Разрядного приказа было сказано, что король Стефан «Полотеск взял изменою, потому что воеводы были в Полоцке глупы и худы; и как голов и сотников побили, и воеводы королю и город здали».

Подозрения насчет предательства не имели почвы. После взятия Полоцка Баторий предложил сдавшимся дворянам и стрельцам на выбор отправиться с ним в Речь Посполитую или вернуться в Россию. Согласно польским источникам, большая часть пленных предпочла остаться на родине.

Царь мог заключить мир со Швецией. Но он недооценивал силы Батория и считал, что тот примет мир на приемлемых для России условиях. 29 ноября Иван IV направил королю Стефану предложение полностью прекратить военные действия и прислать послов для мирных переговоров.

В новом обращении к Баторию Грозный не ссылался более на покровительство Бога. Его твердая уверенность в заступничестве небесных сил поколебалась. В августе 1580 г. русские пленные сообщили литовцам, что Иван IV «приказал собраться владыкам, митрополиту со всей той земли, просил у них прощения, признаваясь в грехах своих и смиряясь перед Богом». Покаяние самодержца не было услышано. Речь Посполитая отклонила мирные предложения.

Русское командование не имело точных сведений о замыслах поляков. Оно допускало три варианта. Король мог попытаться захватить Смоленск, чтобы открыть себе путь на Москву. Второй вариант сводился к тому, что Речь Посполитая направит войска в Ливонию, а третий — под стены Пскова, что должно было решить судьбу Ливонии.

Для нового наступления против России Речь Посполитая собрала самую крупную за всю историю Ливонской войны армию в 48 399 солдат. Но польское командование должно было считаться с тем, что военная ситуация стала менее благоприятной для Польши, чем в начале войны. Поражение шведов под Нарвой произвело сильное впечатление на поляков. Баторий не мог более рассчитывать на активные наступательные действия Швеции. Ему пришлось отказаться от крупномасштабных операций. Свой главный удар поляки нанесли по третьестепенной крепости Великие Луки.

После завоевания Полоцка русскими Великие Луки утратили значение передовой пограничной крепости России. Ее деревянные укрепления обветшали. Накануне выступления один из воевод Батория, Г. Фаренсбах, до того служивший в России, писал в своем донесении, что Великие Луки не представляют собой какого-то особого укрепления — это просто большое, широко раскинувшееся и населенное место. Великолукский гарнизон был невелик. Его возглавлял воевода совсем невысокого ранга князь Федор Лыков. Годом ранее он командовал сотней в царском полку.

27 августа 1580 г. Баторий осадил Великие Луки. Располагая громадным перевесом в силе, поляки рассчитывали быстро овладеть крепостью, но натолкнулись на упорное сопротивление. В первые дни осады русские предприняли вылазку из крепости, напали на отряды Замойского и захватили королевское знамя.

Баторий приказал начать общий штурм крепости, но успеха не добился. Лишь после того как город был подожжен огнем артиллерии, царские воеводы 5 сентября сдали крепость неприятелю.

Через две недели после падения Великих Лук поляки разгромили воеводу Хилкова под Торопцом.

Поражения 1578–1580 гг. деморализовали дворянское ополчение. В средневековых войнах роль морального фактора была исключительной.

Поражениям сопутствовала разруха. Помещики самовольно покидали полки и гарнизоны. Учитывая все это, царь приказал воеводам избегать полевых сражений с неприятелем и ограничиться налетами на его обозы и заставы. В царском наказе воеводам значилось: «А как будете под людьми, и вы б в одном месте не стояли, ходили б есте, переходя, чтоб вас литовские люди не нашли, а на прямое бы есте дело с литовскими людьми не ставились». Великий государь предписывал своим ратникам бегать от литовцев. Но воеводы действовали на свой страх и риск. Когда литовские отряды напали на окрестности Смоленска, они были разбиты смоленским воеводой Иваном Бутурлиным.