В 1904 году семидесятипятилетний отец Иоанн тяжело заболел. Тогда ему, к счастью, удалось оправиться, однако в начале декабря 1908 года болезнь обострилась. После того как отец Иоанн отслужил последнюю свою литургию в Невском соборе 9 декабря, он окончательно слег и больше никого не принимал. До самой смерти его причащали ежедневно.

Он сделал все приготовления на случай смерти, подписал духовное завещание, по одному из пунктов которого на содержание престарелой супруга, верной помощницы, пережившей мужа всего на полгода, оставлялось десять тысяч рублей. Остальные средства и все принадлежавшие отцу Иоанну ценности завещались Иоанновскому монастырю на Карповке.

Отец Иоанн точно знал время своей кончины и предсказал его несколько раз. Еще за пятнадцать лет до смерти, присутствуя на закладке нового Морского собора в Кронштадте, в конце приветственного слова отец Иоанн сказал:

— А когда стены нового собора подведут под кровлю, то меня не станет.

Слова эти исполнились буквально.

За месяц батюшка отправил поздравительные рождественские открытки своим корреспондентам, сказав: «А то вовсе не получат».

18 декабря, очнувшись от забытья, отец Иоанн поинтересовался, какое число. Ему ответили. «Ну хорошо, значит, еще два дня».

В последнюю ночь праведник особенно страдал, около него оставался священник Орнатский, некоторые родственники и восьмидесятилетняя кухарка. Облегчить страдания было невозможно, от всякой врачебной помощи отец Иоанн давно отказался.

20 декабря (2 января по н. ст.) тихо предал дух свой Господу семидесятидевятилетний старец, великий труженик на земле. Эта траурная весть мгновенно облетела Россию. О кончине пастыря было немедленно сообщено по телеграфу в Царское Село, Гатчину, митрополиту Петербургскому Антонию, обер-прокурору Синода. Император Николай II скорбел вместе со своими подданными: «Со всеми почитавшими усопшего протоиерея отца Иоанна оплакиваю кончину его».

В тот же день весь Петербург знал о случившемся, и по всем церквам начались панихиды. Утром 21 декабря на Балтийском вокзале несметные толпы народа брали любые билеты, чтобы добраться до Кронштадта. В Ораниенбауме спрос на извозчиков был огромный: все, что только могло перевозить пассажиров, двигалось по льду непрерывной вереницей.

После последней панихиды на квартире гроб с телом почившего пастыря был перенесен в Андреевский собор. Его несли начальник Кронштадта генерал-лейтенант Артамонов, военный губернатор контр-адмирал Григорович, комендант крепости, городской голова, соборный староста. Вдоль улиц стояли сухопутные войска шпалерами, сдерживая многочисленную толпу. Окна, заборы и крыши домов были усеяны народом. Для того чтобы проститься с почившим, люди на морозе стояли по многу часов. После заупокойной всенощной народ до самого утра шел прощаться с любимым батюшкой.

23 декабря гроб с мощами праведника был опущен в мраморную гробницу в нижнем храме Иоанновского монастыря, где они и теперь почивают под спудом. Исцеления у гробницы начались сразу же, как только усыпальница стала доступна для поклонения.

Андреевский собор в Кронштадте, всегда при жизни батюшки ломившийся от народа, стал вдруг пуст: за поздней обедней собиралось человек сто — двести. Не стало отца Иоанна среди кронштадтцев.

Но для верующего человека разлуки с ним нет. Он и до сих пор подает надежду тем, кто желает ее получить…

Но не сложа руки ожидать нам этого восстановления. «Возвратись, Россия, к святой, непорочной, спасительной, победоносной вере своей и к Святой Церкви Православной — матери своей — и будешь победоносна и славна, как и в старое верующее время. Полно надеяться на свой кичливый, омраченный разум. Борись со всяким злом данным тебе от Бога оружием святой веры, Божественной мудрости и правды, молитвою, благочестием, крестом, мужеством, преданностью и верностью твоих сынов» — таков был один из заветов отца Иоанна Кронштадтского.

Оптина пустынь близ монастыря, что в шести десятках километров от древней Калуги, издавна притягивала множество паломников. Славилась она святостью, но в особенности старцами, которые провидели людские судьбы, исцеляли телесные и душевные болезни, предсказывали будущее… Временем расцвета оптинского старчества был XIX век, особенно его последняя треть. Но подлинная история монастыря уходит своими корнями в глубину веков, и понять истоки пророчеств оптинских старцев, не обратившись к истории, будет трудно.

В давние времена постоянные опустошительные набеги крымских татар на южные границы Московского государства заставили русских правителей укрепить засеками всю страну от Оки до Дона и от Дона до Волги. Одна из таких засек проходила вблизи города Козельска, основанного в 1146 году. В трех километрах от этого древнего города и находится Оптина пустынь.

Сделавшись оборонительным рубежом от набегов диких кочевников, засека одновременно стала и притоном для разбойничьих шаек, наводивших ужас на мирное население.

В XIV веке в засеке, прилегающей к Козельску, укрывался грозный предводитель разбойников. Но с ним случилось нечто невиданное: Опта раскаялся в своих злодеяниях, переменил образ жизни, постригся в монахи под именем Макария и основал две пустыни — два уединенных монастыря. В том, который теперь называется Оптина пустынь, он, вероятно, и окончил свои дни смиренным отшельником.

Первые письменные сведения об Оптином монастыре относятся к царствованию Бориса Годунова. В начале XVII века, когда Козельск, а вместе с ним и Оптина пустынь были «без остатку» разорены литовцами, в обители уже существовала деревянная церковь Введения Пречистой Богородицы, а в монастыре шесть келий. В конце же века на том месте была построена каменная церковь во имя Введения во храм Богородицы усердием окрестных бояр и всякого чину людей. Помогали монастырю и царевна Софья, и цари Иоанн и Петр Алексеевичи.

Но только-только стала устраиваться Оптина пустынь, как в 1724 году ее приписали к белевскому Спасо-Преображенскому монастырю: братию, состоявшую из 12 человек, перевели в Белев, куда перевезли и разобранные монастырские ограды, кельи и скотный двор. Оптинский храм был превращен в приходскую церковь.

Через два года по указу императрицы Екатерины I Оптина пустынь была восстановлена, но имущество ее было возвращено не сразу и то лишь благодаря официальному вмешательству.

Конец XVIII века явился временем полного упадка и оскудения обители. В эти годы число братии не только не превосходило положенного по штату семи, но и постоянно было меньше его. Случалось, что настоятель монастыря был и единственным в нем монахом. Жизнь Оптиной едва тлела…

Возрождением своим пустынь обязана знаменитому митрополиту Московскому Платону, который, посетив ее в 1796 году, «признал место сие для пустынножительства весьма удобным, почему и решился оное тут учредить, по образу Песношского монастыря». Митрополит Платон обратился к настоятелю этого монастыря с просьбой дать для этой цели способного человека. Таковым был признан иеромонах Авраамий.

Прибыв в Оптину, отец Авраамий нашел ее в немыслимом запустении. И только после 20 лет его настоятельства в монастыре возродился твердый порядок. Правда, особо чтимых святынь в самом монастыре не было. Его главным духовным богатством почитались оптинские старцы, жившие в скиту в полукилометре от обители. Скит — это как бы монастырь в монастыре, более уединенный и строгий. На его территории — деревянная церковь во имя Иоанна Предтечи, первого пустынножителя. Скит потому и образовался в начале XIX века: некий монах построил себе отдельную от монастыря келью, чтобы пустынно жительствовать — жить отшельнически, предаваясь молитве и духовному созерцанию. К нему впоследствии присоединились другие, способные к подобному монашескому подвигу. Но старцами — не по годам, но по духовному разуму — становились единицы.