29 января 1676 г. царь Алексей Михайлович скончался. Незадолго до смерти он послал к Никону за «разрешительной грамотой» — своего рода ин­дульгенцией, прощением грехов. Никон отказался на­писать царю такую грамоту.

Новый царь Федор Алексеевич распорядился пе­ревести Никона под строгий надзор в Кирилло-Бело-зерский монастырь. Там он жил с лета 1676 до лета 1681 г., когда ему разрешено было вернуться в свой любимый Воскресенский монастырь. Однако прибыл он туда уже в гробу: по дороге, в Ярославле, бывший патриарх  занемог  и   17  августа   1681   г.  скончался.

Падение Никона не означало полного поражения церкви в ее борьбе за сохранение экономического мо­гущества и влияния на политические дела. Напротив, уже в 1667 г. высшие иерархи добились упраздне­ния ненавистного им Монастырского приказа, изгна­ния светских чиновников из системы церковного суда. Патриаршьи владения вновь стали расширяться. Зримым воплощением «контрнаступления» церкви в 70—80-е годы XVII в. стал выстроенный в этот период ростовский «Кремль» — роскошная резиденция ро­стовского митрополита Ионы, духовного наследни­ка идей Никона.

Весьма знаменательна судьба института патриар­шества в России в последней трети XVII — начале XVIII в. По мере укрепления российского абсолютизма привилегии и амбиции патриархов все чаще стали раздражать самодержца. Временами между царем и главой церкви возникали отношения «двух медведей в одной берлоге».

В 1700 г. умер патриарх Адриан, о котором со­временники писали, что он жил «из куска», то есть заботясь лишь о собственном благе. После его кон­чины царь Петр не позволил духовенству провести. выборы нового главы церкви. Покладистый Адриан был скорее исключением, нежели правилом: Петр хорошо знал, сколько хлопот причинил его отцу, ца­рю Алексею Михайловичу, патриарх Никон. Сам Петр в детстве и юности побаивался строгого, по­рой жестокого патриарха Иоакима (1674—1690).

Петр хотел иметь церковь, четко выполняющую свои идеологические функции, но в политическом от­ношении полностью управляемую, подчиненную. В со­зданном им абсолютистском государстве церковь становилась одной из ветвей чиновничье-бюрократи-ческого аппарата. Во главе церковной организации в 1721 г. была поставлена «духовная коллегия» — «Свя­тейший Синод». В его состав входили высшие цер­ковные иерархи, однако руководил их деятельностью, утверждал указы и распоряжения Синода его свет­ский глава — назначаемый царем обер-прокурор.

Превращение церкви в составную часть чинов-ничье-бюрократического аппарата Российской импе­рии завершилось секуляризацией монастырских зе­мель в 1764 г. Единственный иерарх, выступивший против этой меры правительства, ростовский митро­полит Арсений Мациевич, поплатился за свою сме­лость пожизненным заключением в крепость.

Продолжая выполнять обязанности «духовной по­лиции», монашество с 1764 г. полностью перешло на содержание государства. Белое, приходское духовен­ство по-прежнему жило главным образом за счет прихожан. Вполне закономерно, что в XIX — начале XX в. русская церковь уже не могла выдвинуть из своих рядов сколько-нибудь самостоятельных, неза­висимых общественно-политических деятелей.

На исторической сцене появляются новые общест­венные силы. Русская православная церковь в новую эпоху неизбежно утрачивала господство в духовной жизни страны.