Неудача с поступлением в преподаватели Училища живописи, ваяния и зодчества нисколько не поколебала убеждения в высоком его назначении. Он горд и независим. Уже заявила о себе коненковская недюжинная творческая сила, но оставались также его неприкаянность, житейская неустроенность. Трудно, неудачливо складывалась жизнь Коненкова, выпущенного в жизнь неклассным художником. Училище не давало диплома о высшем образовании, и это задевало самолюбие. Москвичи дружно бранили цитадель академизма в Петербурге, а между тем один за другим отправлялись в императорскую Академию художеств. Уехал в Петербург Леонид Шервуд. Уехала Голубкина. Мятущийся Коненков, подумывая о поездке в Северную Пальмиру, сильно сомневался в полезности, необходимости для него этого шага. Решение давалось тяжко. Он совсем было затосковал.

Летом 1899 года он снова на родине. С большой охотой плотничает, косит, помогает по хозяйству. В сарае-мастерской затевает новую работу — композицию «Пильщики». Позировать для композиции будут свои — родня, соседи. Стал думать, как устроить вращающийся станок для огромной, пудов на двести, скульптурной группы. На помощь пришел отец. Тимофей Терентьевич прикатил откуда-то четыре чугунных колеса, приладил их к концам двух перекрещивающихся под прямым углом бревен, посадил этот крест на вертикально стоящую железную ось, покрыл сверху досками, и получился вращающийся помост, лучше которого и желать было нельзя. Работа пошла.

Коненков продолжает раздумывать. Что, если, отозвавшись на приглашение профессора В. А. Беклемишева, поехать в Петербург, пройти курс учебы в Академии художеств и, получив Большую золотую медаль, отправиться за казенный счет на два года в благословенную Италию?

Коненков относился к академии «трех знатнейших искусств» почтительно. Он правильно, исторически справедливо оценивал ее заслуги. История академии, рассуждал Коненков, неразрывно связана с историей великого города на Неве. Петербург, чудесно слитый с природой, не был бы так прекрасен, если бы в Северной Пальмире не существовала Академия художеств.

Не одно поколение русских скульпторов и зодчих творило строгий, стройный вид города, воспетого Пушкиным. Из недр академии вышли выдающиеся мастера живописи Александр Иванов, Карл Брюллов, Илья Репин, Михаил Врубель, братья Васнецовы, замечательные скульпторы Федот Шубин, Михаил Козловский, Степан Пименов, Иван Мартос, Василий Демут-Малиновский, Федор Толстой, Борис Орловский, Петр Клодт.

И, наконец, еще одно немаловажное обстоятельство влекло Коненкова в Петербург. В Петербургской академии художеств учились его лучшие друзья — Георгий Ермолаев, в свое время помогавший готовиться к поступлению в Училище живописи, ваяния и зодчества, и Петр Кончаловский. Знакомство с Кончаловским много дало Сергею Коненкову в его общем развитии. Отец будущего знаменитого живописца, литератор и издатель Петр Петрович Кончаловский, в 1891 году предпринял издание Собрания сочинений Лермонтова, а позднее, в 1899 году, — Пушкина с иллюстрациями лучших русских художников. В доме Кончаловских Сергея встречали как родного, дружеское расположение согревало душу в трудные минуты жизни.

Одна из первых портретных работ Коненкова — вырезанная в дереве голова П. П. Кончаловского. В ней любовь, уважение к Петру Петровичу, сочувствие человеку благородному, подвижнику, посвятившему жизнь служению народу, теперь на склоне лет усталому, больному.

Получив в Караковичах письмо от молодого Кончаловского, в котором он снова звал в Петербург, Коненков решился.

Осенью 1899 года он отправился поступать в Академию художеств.

В Петербурге, в опровержение многочисленных рассказов о постоянно моросящих там дождях, разбрызгивая по фасадам и кровлям мягкий золотистый свет, играло солнце.

Молодого человека с двумя большими чемоданами расторопный извозчик свез на «квартиру», которая представляла собой узкую комнату в два окна в доходном доме на Петроградской стороне. Оставив поклажу, молодой человек отправился побродить по городу и сам не заметил, как оказался у египетских сфинксов на гранитной набережной Невы. Величественный фасад здания академии внушал чувство почтительной гордости.

Наутро, до начала занятий, пришел на квартиру к Беклемишеву. Владимир Александрович встретил его радушно — профессор был искренне рад, что Коненков отозвался на приглашение. Беклемишеву нравилось открывать таланты. Это он в 1892 году, встретив в Ново-Афонском монастыре подающего надежды иконописца-послушника Филиппа Малявина, уговорил его бросить монастырь и приехать учиться в академию. Однако участие Беклемишева в судьбе талантливого юноши обернулось скандалом. Дипломная работа Малявина, выставленная на соискание Большой золотой медали, советом профессоров была решительно отвергнута. Филиппу Малявину присудили звание классного художника за его прежние работы. О золотой медали и речи не было. Но вскоре брызжущая весельем и озорством, вобравшая в себя чистые, звонкие краски русской земли, написанная широкой смелой кистью картина «Смех» получила золотую медаль Всемирной выставки в Париже и была приобретена итальянским правительством на Венецианской биеннале 1900 года. Консерватизм Петербургской академии был посрамлен. Коненков по всем признакам был таким же беспокойным талантом.

В 1900 году Беклемишев стал ректором академии. Очень влиятельный и состоятельный человек, Владимир Александрович внешне корректен, внимателен, никогда не повысит голоса, не скажет резкого слова.

Беклемишев, как только Коненков появился в его учебной мастерской, стал ставить ему в пример Александра Богатырева, о даровитости которого говорил Коненкову еще в Риме. Оказалось, этот его ученик хорош только тем, что послушен. На деле всем видно, как прискорбно положение Богатырева. Однажды он подметил у натурщика выразительную позу задумавшегося человека: тот, сидя, охватил руками колени. Натурщик, в прошлом кузнец, при великолепной мускулатуре имел высокий лоб и красивые черты лица. Богатырев на основе вылепленного с кузнеца этюда хотел создать образ мыслителя, а Беклемишев, одобряя замысел, настойчиво рекомендовал голову натурщика обратить в голову поэта-мистика Владимира Соловьева. Из этой затеи соединить несоединимое так ничего и не вышло.

Коненков считал, что метод Беклемишева не позволял отходить от модели, чтобы охватить общее. Главной заботой было копирование анатомических подробностей. В мастерской пренебрегали пластическими возможностями трехмерной модели, ограничиваясь поисками силуэта.

Коненкова все это раздражало, подчиняться профессору он отказывался уже на первых порах.

После вежливых нотаций Беклемишева Сергей всякий раз вскипал и молча, чтобы не нагрубить, покидал мастерскую.

Однажды, выслушав замечания Беклемишева по поводу вылепленной им фигуры, Коненков довольно резко заявил, что просит не сбивать его с выбранного пути. А профессор будто не замечает вызывающих речей и поступков своего строптивого ученика. Коненков лепит в отдельном помещении. Беклемишев с этим соглашается. После очередного столкновения Коненков вовсе перестает посещать академическую мастерскую. Долгое, ничем не объяснимое отсутствие Коненкова Беклемишев словно не замечает. Впрочем, Владимиру Александровичу не привыкать к выходкам выпускников Московского училища живописи, ваяния и зодчества. Так же независимо держал себя Леонид Шервуд, вставший в позицию открытой конфронтации с методами обучения в академии. Пробыв под началом Беклемишева несколько месяцев, уехала в Париж Анна Голубкина. «Беспокойные москвичи», — саркастически называет их петербургский профессор.

К Коненкову это определение подходит с наибольшей полнотой. Он не уехал, подобно своим старшим товарищам-москвичам, за границу, а, находясь в оппозиции к мертвенной системе академического образования, со свойственной ему одержимостью занялся самообразованием. Зачастил в Эрмитаж, стал завсегдатаем филармонических концертов. Его развитию способствуют традиционные на Васильевском острове субботние посещения квартир-мастерских профессоров Академии художеств И. Е. Репина, А. И. Куинджи, В. О. Ковалевского. Чопорности, заботы о чинопочитании здесь нет и в помине.