Ширшов по нескольку суток находился без сна, проводя долгие часы у телефонов или в Наркомате путей сообщения. Шли упорные бои на разных направлениях — под Калининой, Дмитровом, Волоколамском, Можайском, Серпуховом, Тулой. Из Сибири и с Урала на Московский железнодорожный узел приходили эшелоны с резервными воинскими частями и без промедления перебрасывались к местам боев. Из Ставки Верховного Главнокомандующего шли приказы и директивы, требующие от железнодорожников немедленного их исполнения, и Ширшов внимательно следил, чтобы они выполнялись точно в требуемый срок, а если возникали задержки, немедленно выезжал на место и принимал меры к их ликвидации.

Особенно запомнились дни 5 и 6 декабря, когда началось генеральное наступление советских войск, защищавших столицу, и без того высокие темпы воинских перевозок возросли еще больше.

С напряженным вниманием и затаив дыхание Петр Петрович и его помощники слушали 13 декабря сообщение по радио Совинформбюро о первых итогах контрнаступления под Москвой. И когда замолк репродуктор, Ширшов радостно воскликнул:

— Дорогие друзья! Поздравляю с замечательной победой! Столица спасена. И хотя нас с вами не было среди бойцов, что сражались с врагом на фронтах, но в эту победу и мы вложили свою долю, пусть небольшую, но все же личную долю труда. Не будем сидеть теперь сложа руки. Бои продолжаются. Нашим армиям нужны как воздух новые подкрепления людьми и военной техникой. Так давайте же будем работать еще упорнее, еще быстрее! За работу!

Конец 1941 года был ознаменован крупной победой советских войск над немецко-фашистскими захватчиками: в боях на подступах к Москве вражеские армии были разгромлены и отброшены, планы гитлеровского командования захвата столицы нашей Родины сорваны, непосредственная опасность, нависшая над Москвой, ликвидирована. К этому времени планы эвакуации из Москвы женщин и детей, предприятий, научных и культурных ценностей были выполнены. Железные дороги и речной транспорт успешно справились с этим заданием Государственного Комитета Обороны СССР. Усилились с востока на запад грузопотоки вооружения и боеприпасов, перевозки воинских частей. Ширшов, читая ежедневные сводки с пяти железных дорог восточного направления, с удовлетворением отмечал, что железнодорожники выполнили труднейший экзамен, выстояли и с честью преодолели тяжелейшие испытания, связанные с войной.

Петр Петрович решил, что теперь он имеет право вновь поднять вопрос об отправке его на фронт. Вражеские армии захватили Украину, двигаются к Волге, к горам Кавказа. Ширшов вновь пишет письмо с просьбой назначить его комиссаром танковой дивизии. Но в феврале 1942 года Петра Петровича назначают народным комиссаром морского флота.

Аппарат наркомата был эвакуирован в Астрахань, а в Москве оставалась небольшая оперативная группа для связи с правительственными учреждениями. Ширшов получил от нее информацию о положении дел в торговом флоте. Правда, многое Петр Петрович уже знал раньше, но он хотел иметь полную картину, чтобы лучше знать, с чего начинать и в каком направлении действовать.

Торговый флот в первые месяцы войны понес большой урон: одни суда были потоплены, другие заблокированы неприятелем. Часть судов мобилизована в военно-морской флот, а с судами ушли и кадры моряков. Ворота во внешний мир из Черного и Балтийского морей оказались наглухо закрытыми, резко сократились коммерческие перевозки. Торговый флот работал преимущественно на перевозках воинских частей и военных грузов. Связи с внешним миром осуществлялись через порты Севера (Мурманск и Архангельск) и Дальнего Востока. Но на путях к северным портам действовали вражеские подводные и надводные военные суда и авиация, а в Дальневосточном бассейне — японские военные корабли.

В этот период большое значение приобрели морские пути через Каспийское море: грузы из разных стран доставлялись в Персидский залив, а затем по железной дороге или автомобильным транспортом перевозились через территорию Ирана в каспийские порты, где грузились на морские суда и доставлялись в Советский Союз. Это был более сложный и длительный путь, но зато безопасный. Совсем не случайно поэтому Наркомат морского флота был перебазирован в Астрахань. Транспортные операции в этом море еще не были должным образом налажены, велись с перебоями. К тому же вражеские самолеты систематически совершали налеты на транспортные суда в Каспийском море и на рейде в Астрахани. Этот бассейн в то время имел очень большое значение для обороны Родины, так как по нему шла перевозка нефти для дальнейшей доставки на фронты. Ширшов получил от Государственного Комитета Обороны СССР указание срочно вылететь туда и быстро навести порядок.

Пребывание Петра Петровича в Астрахани было недолгим, но весьма результативным. Он провел ряд деловых встреч и совещаний с руководящими работниками наркомата, быстро вошел в курс дела, наметил план срочных мероприятий по ликвидации «узких мест» и затем вылетел в Баку, где был сосредоточен флот Каспия и откуда легче было руководить и проводить в жизнь намеченные планы. В Баку сходились две главные морские трассы: с юга из портов Ирана и с востока — из Красноводска. И обе имели важное оборонное значение. Были срочно организованы работы по строительству дополнительных причалов в портах Ирана, а также в Баку и Махачкале, оснащению их средствами погрузо-разгрузочной механизации и транспортом, переброшены кадры портовых работников с Черного и Балтийского морей.

Проблемы Каспия занимали у Ширшова много времени, но он не забывал о других бассейнах, через которые пролегали пути во внешний мир: порты Севера и Дальнего Востока. Он не мог лично находиться там, но держал операции в этих местах под постоянным контролем. Там командовали транспортным флотом и грузовыми работами опытные руководители. Они регулярно докладывали наркому о ходе работ и о нуждах своего района. И получали своевременную помощь.

Для многих моряков назначение П. П. Ширшова на пост наркома было неожиданным. Почему выбрали не кадрового моряка, а ученого, полярника, широко известного всей стране своими подвигами на поприще науки? Как справится он с руководством таким сложным механизмом транспортных операций, проводимых не в ограниченном полярном бассейне, а по всем океанам и морям нашей планеты? Следует сказать, что эти сомнения рассеялись при первых же контактах с новым наркомом — об этом единодушно вспоминают все работники морского флота, с кем пришлось работать Ширшову в годы войны. Для укрепления аппарата наркомата, а следовательно, для повышения качества и оперативности его работы из пароходств были отозваны и назначены на руководящие должности опытные и энергичные руководители морского транспорта. Они внесли свежую струю в работу центрального аппарата и оказались весьма квалифицированными и надежными помощниками наркому Ширшову.

Проблема кадров в условиях войны оказалась очень сложной, но и она была решена успешно. Подавляющее большинство моряков и портовиков Черного моря и Балтики были переброшены на Дальний Восток, на Север и Каспий. По просьбе наркома Ширшова ЦК ВЛКСМ объявил мобилизацию молодежи для посылки в транспортный флот — в результате ряды моряков пополнили две тысячи молодых людей из разных районов страны. Это была очень солидная разовая помощь, а в дальнейшем большое число молодых кадров для кораблей, портов и предприятий Наркомморфлота стали давать школы юнг, ФЗУ и ремесленные училища.

Но это уже было в завершающий период войны, а пока в 1942–1943 годы приходилось обращаться за помощью в Наркомат обороны. Когда в портах Севера широким фронтом развернулись работы по выгрузке оборонных грузов, то в Вологодской и Костромской областях был проведен призыв мужчин 50-летнего возраста для работы в Архангельском порту. Когда же зимой 1942 года был расконсервирован Мурманский порт, такал же мобилизация была проведена в Рязанской и Тульской областях. В Мурманск прибыло пополнение в две тысячи человек, да еще Мурманский обком и облисполком смогли направить в порт полторы тысячи мурманчан.