После 1929 года Флеминг лишь однажды вспомнил про пенициллин, при этом контекст не имел никакого отношения к лечению внутренних заболеваний. Как стало ясно из его письма в «Британский медицинский журнал», в 1931 году он рассказал читателям одного стоматологического журнала о том, что пенициллин «вполне вероятно, станет использоваться в лечении септических ран».

Несмотря на утверждения некоторых биографов, личная скромность Флеминга никак не объясняет редкие упоминания пенициллина в его работах. Если человек действительно страдает от такого недостатка, то публикация — идеальное средство для ознакомления общественности с новыми идеями. Однако Флеминг не воспользовался возможностями, которые предоставляют профессиональные журналы. Это заставляет думать, что он к тому времени уже сказал про пенициллин все, что мог, хотя сказал он очень мало. Как бы там ни было, но если даже Флеминг был неразговорчивым, то застенчивым его назвать уж никак нельзя. Человек, который редко упускал возможность публично заявить о своей работе, играл в женском платье в любительских спектаклях, позволял десяткам обожателей целовать его одежды во время вручения почетного звания в Испании, вряд ли умолчал бы о своем научном открытии первостепенной важности. Другими словами, не стоит предполагать, что Флеминг никого не посвящал в свое отношение к пенициллину по причине врожденной застенчивости.

Другая стратегия, которой придерживаются его сторонники, заключается в том, что ему приписывают неуверенность, возникшую из-за близорукой враждебности к нему его современников. Один из биографов, Андре Моруа, написал, как Флеминг объявил об открытии пенициллина в 1929 году, выступая в лондонском Медицинском научно-исследовательском клубе, но в ответ увидел только скучающие равнодушные взгляды, и «ледяная реакция на то, что он считал делом огромной важности, обескуражила его». При всем сходстве с ситуацией, в которой оказался Грегор Мендель, выступавший в лекционном зале Брно, было одно очевидное отличие: Флеминг совсем не умел говорить перед большой аудиторией. Однако тогда он не сумел донести свои мысли до слушателей не потому, что был плохим оратором, а потому, что даже словом не обмолвился о терапевтическом значении своего открытия.

Еще одной попыткой объяснить «одиночество» Флеминга в эти годы можно назвать обвинения в адрес Алмрота Райта, начальника Флеминга в больнице Святой Марии: он якобы препятствовал работам по пенициллиновой тематике. «Все врожденные инстинкты Райта противились идее пенициллина», — написал один из биографов. Но такое утверждение не имеет под собой никаких оснований. Хотя Райт в целом весьма скептически относился к возможности использовать антисептики для лечения внутренних инфекций, однако в середине 30-х годов он оказывал всяческую поддержку Флемингу в его экспериментах с самым большим до внедрения пенициллина достижением фармакохимии — созданными в Германии сульфаниламидами. Не стоит забывать и то, что к 1930 году Райт уже был очень старым человеком; в то время ему больше нравилось заниматься философскими теориями, чем строить козни молодому коллеге. Тем не менее и это правда, когда Флеминг обсуждал терапевтический потенциал пенициллина с клиницистами больницы Святой Марии, то какой-либо заинтересованности в проведении клинических испытаний он не нашел. Однако глупо ожидать иной реакции от врачей, которые привыкли лечить людей совершенно определенным образом и для которых такие испытания означали бы коренное переучивание. Тем не менее, если бы Флеминг приложил побольше усилий, он наверняка бы добился своего. Главное заключается в том, что он даже не пытался. Почему?

Примечательно то, что многие биографы также старались доказать, что Флеминга постоянно подводили биохимики, которым он доверил выделение и очистку активного ингредиента — «сока» плесени Penicillium. Флеминг, утверждали они, считал именно такой путь единственным для скорейшего получения пенициллина в объемах, достаточных для проведения необходимых клинических испытаний с переходом к широкомасштабному использованию препарата в медицинской практике. Однако, к разочарованию Флеминга, несколько групп биохимиков вдруг прекратили исследования. Именно из-за этих ученых, боявшихся даже самых незначительных трудностей, мир должен был ждать до начала 40-х годов, когда наконец удалось получить и очистить достаточное количество пенициллина и доказать его эффективность. В 1946 году Флеминг присоединился к критике биохимиков: «Я не мог продвинуться вперед из-за отсутствия необходимой помощи химиков… проблема эффективной концентрации пенициллина оставалась нерешенной». Упорство Флеминга в попытках обвинить биохимиков в том, что это они, мол, не дали ему продвинуться вперед, оказало медвежью услугу его коллегам-биохимикам.

Открытие Флемингом лизоцима сопровождалось огромной радостью, сменившейся полным разочарованием. Хотя этот фермент успешно боролся с некоторыми микробами, на патогенные бактерии он не действовал никак. Показав Прайсу свою чашку Петри, он воодушевился. Понимая, что это нечто неординарное, он сфотографировал чашку и обработал парами формалина. Освоив необходимые методы, он стал получать обнадеживающие результаты. Они показали, что «сок» пенициллиновой плесени эффективно подавлял самые опасные бактерии в чашках Петри, но был неэффективен против некоторых видов бактерий, в частности «бациллы Пфайфера». Это очень важная бактерия, которая теперь называется Haemophilus influenza, поскольку ошибочно считалось, что она вызвала вспышки гриппа, унесшего жизни более 20 миллионов европейцев в 1918–1919 годах (на самом деле она вызывает менингит и некоторые другие серьезные инфекционные заболевания). Однако, видя эффективность пенициллина по отношению к множеству других бактерий, Флеминг не мог не думать на этом этапе, что пенициллин — «прекрасный антисептик». Поэтому он поставил эксперименты на поток, надеясь в скором времени перейти к клиническим испытаниям.

Сначала он проводил опыты со смесями, содержащими сыворотку крови, чтобы понять, отличает ли пенициллин бактерии от клеток организма. К большому его удовлетворению, кровяные клетки выживали. Тем не менее именно на этом этапе у него возникли первые сомнения. «Плесневому соку» требовалось несколько часов, чтобы убить бактерии в сыворотке. Более того, всего через пару часов он терял свои бактерицидные свойства. Отложив сомнения в сторону, Флеминг ввел пенициллин здоровым подопытным животным. У них никаких побочных эффектов не развилось. Однако пробы крови показали, что лекарственный потенциал пенициллина терялся за считаные минуты.

Флеминг до этого демонстрировал, что вне организма требуется четыре часа, чтобы бактерии погибли. Поэтому ему пришлось признать, что терапевтические свойства пенициллина весьма ограниченны. Десятью годами позже врачи и медицинские сестры столкнутся с той же проблемой. Поначалу влияние пенициллина на инфицированные раны будет огромным, однако для полного излечения требовалось столько пенициллина, что его запасов у врачей не хватало, и пациент, оплакиваемый медперсоналом, умирал. В конце концов, проблему могло бы решить массовое производство пенициллина. Однако в 1928 году Флеминг, причем не без оснований, почувствовал, что его исследования могут закончиться ничем.

Энтузиазм сохранялся у Флеминга довольно долго, и он даже принял на работу двух молодых биохимиков, чтобы решить проблему производства чистого пенициллина. Фредерик Ридли и Стюарт Крэддок приступили к работе в начале 1929 года. Тем не менее уже тогда стало ясно, что интерес Флеминга начинает остывать, да настолько, что он даже не стал искать для своих биохимиков необходимого помещения. К неудобству всего остального персонала, работавшего в здании, их лабораторный стол поставили в коридоре прямо перед входом в туалеты. Оба играли в регби в местной команде и обладали могучим телосложением, что добавляло еще больше неудобств тем, кто хотел пройти мимо них.