В 1996 году утверждена новая организационно-штатная структура института. Имеется и совершенствуется учебно-методический и научно-информационный комплекс в составе кафедр, научно-исследовательского отдела, аспирантуры, отдела информационно-телекоммуникационных систем с дисплейными классами, методических кабинетов, бюро научно-технической информации, библиотеки с читальными залами.

Распоряжением Президента РФ от 30 марта 2000 года № 94-рп, постановлением Правительства РФ от 12 апреля 2000 года № 336 в целях совершенствования подготовки, переподготовки и повышения квалификации военных кадров в области правительственной связи и иных видов специальной связи, радиоэлектронной разведки средств связи и защиты информации и в соответствии с ФЗ «Об обороне» Военный институт правительственной связи преобразован в Академию Федерального агентства правительственной связи и информации при Президенте Российской Федерации (сокращенное наименование – Академия ФАПСИ).

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 25 октября 2003 года № 1545-р Академия Федерального агентства правительственной связи и информации при Президенте Российской Федерации переименована в Академию Службы специальной связи и информации при Федеральной службе охраны Российской Федерации (сокращенное наименование – Академия Спецсвязи России).

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 15 ноября 2004 года № 1450-р Академия Службы специальной связи и информации при Федеральной службе охраны Российской Федерации переименована в Академию Федеральной службы охраны Российской Федерации (сокращенное наименование – Академия ФСО России).

Другое учебное заведение, где готовили специалистов для ФАПСИ, – Воронежское военно-техническое училище ФАПСИ (Воронежское ВТУ ФАПСИ). Оно вело подготовку специалистов со средним профессиональным образованием по следующим специальностям:

Сети связи и системы коммутации;

Многоканальные телекоммуникационные системы;

Радиосвязь, радиовещание и телевидение.

Срок обучение 2 года 6 месяцев. По окончании училища присваивалось воинское звание «прапорщик».

Структура центрального аппарата военной разведки:

Первое управление – страны Европы;

Второе управление – Северная и Южная Америка, Англия, Австралия, Новая Зеландия;

Третье управление – страны Азии;

Четвертое управление – африканские страны;

Пятое управление – оперативная разведка;

Шестое управление – радиотехническая и космическая разведка. В его подчинении находиться Центр космической разведки («объект К-500») и подразделения особого назначения ОСНАЗ;

Седьмое управление – НАТО;

Восьмое управление – отдельные страны;

Девятое управление – военные технологии;

Десятое управление – военная экономика;

Одиннадцатое управление – военные доктрины и вооружения;

Двенадцатое управление;

Управление космической разведки;

Управление кадров;

Оперативно-техническое управление;

Административно-техническое управление;

Управление внешних отношений;

Политическое управление;

Архивный отдел;

Информационная служба;

Отдел рассылки информации[36].

Существует устойчивое мнение, что специалистов для «Аквариума» (так часто называют ГРУ) готовят в «Консерватории» (Военно-дипломатической академии). На самом деле в ГРУ попадают не только после окончания этого элитного заведения, но и других военных вузов.

Военно-дипломатическая академия («Консерватория», в/ч 22177) находится в Москве и имеет факультеты:

1-й факультет – «Стратегической агентурной разведки». Готовит «пиджаков», то есть тех, кто будет работать в резидентурах под посольской «крышей»;

2-й факультет – «Агентурно-оперативной разведки». Готовит работников военных атташатов;

3-й факультет – «оперативно-тактической разведки». Готовит офицеров оперативно-тактической разведки, которые распределяются в штабы военных округов.

Ежегодно «Консерваторию» заканчивают около 200 человек. В марте 2002 года Министр обороны РФ Сергей Иванов заявил, что на обучение одного курсанта Военно-дипломатической академии в год тратится 30 тысяч долларов США.

Также кадры для отечественной военной разведки готовят: факультеты в военных вузах и кафедры разведывательных курсов и дисциплин в различных военно-учебных заведениях (кафедра разведки ВМФ в Военно-морской академии, разведывательный факультет в Академии Генерального штаба, разведывательный факультет в Военной академии им. М.В.Фрунзе, разведывательный факультет Военно-морской академии, специальный факультет Военной академии связи, Военный институт иностранных языков, Череповецкое высшее военное училище связи, специальный факультет Высшего военно-морского училища радиоэлектроники, факультет спецназа Рязанского высшего воздушно-десантного училища, факультет спецразведки (с 1994 года) и факультет войсковой разведки в Новосибирском высшем военном командном училище)[37].

Главная спецслужба страны – Министерство национальной безопасности.

Этим единственным государством СНГ (за исключением России) до декабря 2003 года руководил генерал-майор КГБ СССР Гейдар Алиев. А республиканский «Комитет» после распада СССР трансформировался в 1992–1993 годах в Министерство национальной безопасности (МНБ), сохранив своего бывшего начальника генерал-майора Вагифа Гусейнова[38]. Это не спасло экс-руководителя КГБ от немилости Гейдара Алиева после избрания последнего Президентом Азербайджана в октябре 1993 года. Вагиф Гусейнов уехал жить в Россию. В 1995–1996 годах он занимал пост директора Аналитического центра АФК «Система» в городе Москве. С 1996 по 2001 год – президент АООТ «Акционерного общества научно-технического развития «Регион», член Совета директоров АФК «Система». С 2000 года – директор Института стратегических оценок и анализа (г. Москва), главный редактор журнала «Вестник аналитики»[39].

Летом 1993 году однофамилец экс-председателя КГБ полковник Сурет Гусейнов возглавил вооруженный мятеж против находившейся у власти партии Народного фронта и захватил власть в республике. В результате президент Азербайджана Абульфаз Эльчибей, который занимал этот пост с 1992 года, ушел в отставку и покинул страну. Новый руководитель страны Гейдар Алиев назначил Сурета Гусейнова, человека, который вернул его во власть, премьер-министром. В октябре 1994 года произошла неудачная попытка государственного переворота, в котором был замешан Сурет Гусейнов. Премьер-министр был смещен с должности и тайно покинул Азербайджан. В 1997 году он был задержан российскими спецслужбами на территории РФ и депортирован на родину. Азербайджанский суд приговорил его к пожизненному заключению[40]. 17 марта 2004 года Президент Азербайджана Ильхам Алиев помиловал осужденного[41].

Кадровые чистки в аппарате спецслужб Азербайджана носили по преимуществу политический характер. Правитель, захвативший власть, увольнял или отправлял в тюрьму всех, кого подозревал в симпатиях или просто лояльности к предшественнику. Именно так с 1993 года поступал Гейдар Алиев в отношении руководителей и сотрудников «силовых» структур. Основная цель этой процедуры – создание мощнейшей вертикали власти, где спецслужбам отводилась роль главного хранителя. Основные усилия были направлены против внутренней оппозиции.