Б.Ф. Годунов, несомненно, постоянно следил за тем, чтобы в Боярской думе его клан Годуновых доминировал. Но уже в начале 1600 г. он мог заметить: у Романовых вскоре будет численный перевес. Боярами были два брата Никитича, Федор и Александр, окольничество получил и Михаил. Следом за ними шли Василий и Иван. Боярами были два мужа их сестер, И.В. Сицкий и Б.К. Черкасский. Кроме того, в близком родстве с ними состояли такие видные бояре, как Ф.И. Мстиславский, И.И. Голицын, А.И. Голицын, В.К. Черкасский, И.М. Воротынский. Всего насчитывалось 10 человек. У самого царя таких близких родственников в Думе было не больше 7 человек. К тому же некоторые из них были уже в преклонном возрасте, например Д.И. Годунов и С.В. Годунов. Дряхлел и сам царь, понимая, что в будущем его юному сыну вряд ли удастся справиться с оппозицией.

Поэтому Борис решил нанести удар по возможным противникам первым. Но это, видимо, была одна из главных его ошибок. По этому поводу один из его современников написал так: «Если бы терн завистной злобы не помрачил цвет его добродетели, то мог бы древним царям уподобиться». Аналогичную мысль о Б.Ф. Годунове высказал и известный историк XIX в. С.М. Соловьев: «Неуверенность в собственном достоинстве, в собственных правах, собственных средствах не могла дать ему необходимого в его положении спокойного величия и развила в нем эту мелкую, болезненную подозрительность, заставлявшую его осквернить царство доносами неслыханными; не имея доверия, уважения к самому себе, он не мог доверять никому». (Соловьев С.М. Сочинения. Книга IV. С. 377.)

Можно предположить, что план расправы над Романовыми был разработан царским родственником С.Н. Годуновым, который был особенно близок Борису. Он возглавлял Челобитный приказ и знал, как можно подкупить кого-либо из слуг братьев Никитичей, чтобы тот написал на них донос.

Осенью 1600 г. через верных людей разработчикам коварного плана удалось выяснить, что казначей А.Н. Романова Второй Бартенев недоволен своим господином и за внушительную плату готов предать его. С.Н. Годунов вызвал к себе Бартенева и, обещая «великое царское жалование», попросил положить в казну Романова небольшой мешочек с ядовитыми корешками. Из них можно было приготовить сильный яд. Затем Бартеневу следовало написать донос в Челобитный приказ об этих корешках.

Когда все было проделано, как планировалось, в дом к А.Н. Романову с обыском был отправлен М.М. Салтыков-Кривой, состоявший в близком родстве с Ф.Н. Романовым (оба были женаты на сестрах). Естественно, что тот нашел в указанном месте подброшенный мешочек и отвез его к патриарху Иову для разбирательства. Там было выяснено, что содержимое мешочка представляет смертельную опасность для любого человека. К тому же яд мог быть нужен для травли мышей и крыс, которые в изобилии водились в амбарах и погредах. Но патриарх и бояре почему-то решили, что Александр Никитич приобрел ядовитые корешки для того, чтобы с их помощью отравить царя Бориса.

При участии духовенства была создана боярская комиссия, на заседание которой вызвали всех братьев Романовых. Их оправдания никто слушать не стал, хотя разбирательство шло почти полгода. Наконец летом 1601 г. был вынесен суровый приговор. В Новом летописце содержатся подробные сведения об этом.

«Федора же Никитича з братиею приведоша ту. Они же приидоша, яко агнцы непорочни к заколению, лише возлагаху упование на Бога и не бояхуся ничево, что неведаху в себе никакие вины и неправды. Бояре же многие на них аки зверие пыхаху и кричаху. Они же им не можаху что отвещевати от такова многонародного шуму. Федора же Никитича з братиею подаваша за приставы и повелеша их крепити; сродников же их, князя Федора Шестунова и Сицких молодых и Карповых, роздаша за приставы же. По князя Ивана же Васильевича Сицково послаша в Острохань и повелеша его привести и с княгинею и з сыном к Москве, сковав. Людей же их, кои за них стояху, поимаша. Федора же Никитича з братиею и с племянником, со князь Иваном Борисовичем Черкасским, приводиша их не одиново к пытке. Людей же, раб и рабынь, пытаху розными пытками и научаху, чтоб они что на государей своих молвили. Они же отнюдь не помышляше зла ничево и помираху многия на пытках, государей своих не оклеветаху. Царь же Борис, видя их неповинную крове, держаше их на Москве за приставы многое время; и умысля на конешное их житие, с Москвы посылаше по городом и монастырем. Федора Никитича посла с Ратманом Дуровым в Сийский монастырь и повеле его там постричь… Александра Никитича с Левонтьем Лодыженским сосла к Стюденому морю к Усолью, рекомая Луда. Там его затвориша в темницу и по повелению его Левонтей там ево удушил, и погребен бысть на Луде. Михаила же Никитича с Романом Тушиным сосла в Пермь Великую и повеле ему зделати тюрьму от града семь поприщ; и там удавиша, и погребен бысть там в пустее месте… Ивана Никитича посла в Сибирской город в Пелым с Смирным Маматовым, да к тому же к Смирному посла Василия Никитича с сотником стрелецким с Иваном Некрасовым. Там же Василья Никитича удавиша, а Ивана Никитича моряху гладом… Зятя же их князя Бориса Конбулатовича со княгинею и з детьми, Федора Никитича детей, с Михаилом Федоровичем с сестрою, и тетку их Настасью Никитишну и Олександрову семью Никитича посла с приставы на Бело озеро и посади их в тюрьму А князь Борисова сына Канбулатовича, князь Ивана, сослал в тюрьму в Еранск. Князь Ивана со княгинею посла с Тимохою Грязным в Кожеозерский монастырь, а княгиню ево в пустыню и повеле их там пострищи, да удавиша их обоих в том же месте. Федорову же Никитича Оксинью Ивановну посла в Заонежские погосты и посадиша ее в тюрьму и мориша з голоду Сродичев же их, Репниных и Сицких и Карповых, розосла по городом в темницы. Вотчины их и поместья все велел роздати в роздачю, а животы их и дворы повеле роспродати на себя». (ПСРЛ. Т. 14. С. 53–54.)

Наказания, обрушившиеся на Романовых и их родственников, были очень жестокими. Из следственного дела известно, что Федор Никитич после пострига стал монахом Филаретом. Его поместили в маленькую келью Антониево-Сийского монастыря без права ее покидать и общаться с кем-либо. Его жена Ксения стала монахиней Марфой. На почве переживаний у нее начались нервные припадки, которые потом мучили ее до самой смерти. Их маленьких детей, Татьяну – 7–8 лет и Михаила – 4 лет, отправили с родственниками в Белозерскую тюрьму. Там их дядя Б.К. Черкасский тяжело заболел и скончался. В плохом состоянии была и их тетка Марфа Никитична. Вторая тетка Анастасия была еще подростком.

Получалось, что жестоким репрессиям по надуманному поводу были подвергнуты не только взрослые мужчины, но и женщины с детьми. Опасность же для царя Бориса представлял только Федор Никитич Романов, двоюродный брат царя Федора Ивановича и старший среди братьев. У него как у кровного родственника умершего царя было больше прав на престол, чем у Б.Ф. Годунова.