Вместо этого в ноябре 1681 года проект был обсужден и отвергнут собранием высшего духовенства, — в нем участвовали даже архимандриты крупнейших монастырей, которые могли бы претендовать на епископский сан в новых епархиях. Архиереи не пожелали пойти навстречу политическим потребностям государства, сократить свои не поддающиеся управлению огромные и беспорядочно расположенные епархии, раствориться среди десятков новых архиереев.

Царю было прямо заявлено, что установление иерархии митрополита, архиепископов и епископов невозможно «для того, чтоб во архиерейском чине не было какого церковнаго разногласия и меж себя распри и высости». Федор Алексеевич дважды сокращал проект, в результате чего от прежнего списка осталось семь архиепископов и двадцать епископов при двенадцати митрополитах, но и этот вариант, уже оформленный указом, не прошел. Нехотя духовенство согласилось, не меняя ничего по сути, учредить четыре архиепископии и семь епископий, a также повысить сан епископа Вятского.

Федор Алексеевич столкнулся с полным неприятием своих убеждений. Вместо решения многочисленных поднятых царем проблем с помощью убеждения, разумного просвещения и благотворительности, архиереи предлагали расширить монастырские тюрьмы и елико возможно более ужесточить по духовным делам «градской суд", „прещение и страх по градским законам“, действия „караулов“ и воинских команд. Провалив епархиальную реформу, Иоаким постарался и новую систему чинов представить как попытку расчленения страны между аристократами в духе Речи Посполитой.

Но даже смертельно больной Федор Алексеевич не сдавался. С февраля 1682 года по свою кончину он заставил Духовенство учредить несколько новых епархий и повысить статус старых, считая реформу утвержденной. Поскольку архиереи, невзирая на вред, наносимый борьбе с расколом, отказывались признавать умершего Никона патриархом, царь демонстративно лично принял участие в его погребении, приказал поминать как патриарха и добился реабилитации Никона от Собора восточных патриархов.

Глубокое расхождение с Иоакимом и возглавляемыми патриархом «мудроборцами» коренилось в европейском образовании Федора Алексеевича. Как и его старший, рано умерший брат Алексей, он, помимо воспитания у обычных учителей, приобрел знание языков и «семи свободных мудростей» у выдающегося славянского просветителя Симеона Полоцкого. Личная библиотека государя (помимо доступной ему библиотеки русских царей) свидетельствует о его тесных связях с лучшими русскими и украинскими писателями-учеными того времени и о хорошем знакомстве с западноевропейской литературой.

Быт государя был заполнен полезными занятиями не менее, чем его рабочие часы. Он много читал, получая дарственные экземпляры на разных языках от авторов и выписывая новые книги. Сам Федор Алексеевич, по словам В.Н. Татищева, «великое искусство в поезии имел и весьма изрядные вирши складывал»; также и «к пению был великий охотник», имел обширную музыкальную библиотеку, довел до совершенства придворную капеллу и одобрил переход со старых крюковых на европейские линейные ноты.

Любители музыки хорошо знакомы с его песнопением «Достойно есть». Возможно, Федор Алексеевич оставил след и в инструментальной музыке — по крайней мере клавикорды, орган и другие «струменты» были в его комнатах с раннего детства. Станковой живописью придворных художников были увешаны в его царствование чуть ли не все помещения Кремлевского и пригородных дворцов: царь умел ценить и вознаграждать труд мастеров и сам имел дело с красками, заказывал определенные сюжеты и композиции.

Сильвестр Медведев пишет и многочисленные упоминания в документах подтверждают, что царь проявлял глубокий интерес к работе мастеров Оружейной и мастерских палат в самых различных областях ремесленного «художества».

Показателем уровня его занятий науками и искусствами служит знаменитое «Учение историческое»: выраженное в. форме указа Федора Алексеевича изложение основных принципов создания совершенно необходимого, по его мнению, печатного курса русской истории. «Учение», опираясь на античную традицию (со ссылками на Геродота, Фукидида, Платона, Дионисия Геликарнасского, Полибия, Цицерона, Тацита и др.), утверждает определяющее значение исторических знаний для общества в целом и развития всех наук, вплоть до богословия: «во всех делах, искусствах и учениях свободных, в которых история молчит, великое неисправление видится и несовершенство».

Критическая, правдивая история России, гласит «Учение", необходима „ко всенародной пользе“ россиян и народов всего мира; она должна быть создана на самом современном методическом и историософском уровне. Изложивший пожелания Федора Алексеевича автор „Учения“ заметил, что эти указания — лишь часть общего стремления государя народ свой „приукрасити всякими добродетельми, и учениями, и искусствами, прославити не токмо нынешние российские народы, но и прежде бывших славных предков своих“.

Просвещение, университетское (или, как тогда говорили, академическое) образование понималось Федором Алексеевичем как важнейшая государственная потребность, однако, в отличие от Петра, он считал необходимым опираться прежде всего на национальные научные кадры. В 1677 году, лично переговорив с вернувшимся из негласной ссылки лучшим учеником Симеона Полоцкого Сильвестром Медведевым, государь убедился, что нашел себе необходимого помощника.

При содействии царя Медведев стал вторым, после Полоцкого, лицом в Заиконоспасском монастыре, справщиком Печатного двора и руководителем новосозданной Федором Алексеевичем светской бесцензурной Верхней типографии, имевшей всего вдвое меньшую, но более современную, чем Печатный двор, полиграфическую базу. Светские книги Верхней типографии были прокляты патриархом Иоахимом, а в 1679 году борьба просветителей и «мудроборцев» обострилась до предела: в России и за границей прошел слух о твердом намерении царя открыть в Москве университет.

Консерваторы, при поддержке московского и иерусалимского патриархов, немедленно призвали уничтожить в России все книги на латыни — языке европейской науки, чтобы "пламень западного зломысленного мудрования» не спалил исконное благочестие. В крайнем случае они допускали духовное обучение по-гречески. В противовес открытой Медведевым на средства государя Славяно-латинской гимназии они завели Типографскую славяно-греческую школу, призванную оградить любознательных от светской науки. Однако царь не внял убеждениям духовенства и утвердил в начале 1682 года «Привилей Московской Академии».

Документ подчеркивал, что забота о просвещении — одна из главных обязанностей государя, именно науками «вся царствия благочинное расположение, правосудства управление, и твердое защищение, и великое распространение приобретают!». Руководствуясь идеей «общей пользы», Федор Алексеевич утверждал учреждение Академии для изучения всех гражданских и духовных наук: от грамматики, поэтики и риторики до диалектики, логики, метафизики, этики, богословия, юриспруденции «и прочих всех свободных наук», принятых в университетах, на русском, латинском и греческом языках.

Академия должна была управляться советом преподавателей во главе с «блюстителем», иметь финансовую и юридическую автономию (даже по обвинению в убийстве студента нельзя было арестовать без санкции блюстителя). К ней приписывались доходы с дворцовых земель, ей передавалась бесценная царская библиотека. В студенты допускались представители всех сословий, бедные получали стипендии и освобождались от преследования за долги родителей.

Главное же — выпускники Академии получали преимущественное право (наряду с представителями знатнейших родов и лиц, совершивших выдающиеся подвиги) на занятие высоких государственных должностей в зависимости от успехов в учебе: царь обещал каждому «приличные чины их разуму».

Одновременно государь озаботился развитием прикладных наук, техники и ремесел, сознательно стремясь преодолеть техническое отставание страны от промышленно развитых стран. Во избежание ненужной борьбы с косностью старшего поколения царь приказал собирать в казенные приюты детей-сирот и детей убогих родителей (нищих, калек, престарелых, преступников). В зависимости от способностей их следовало учить либо математике, «фортификации или инженерной науке», архитектуре, живописи, геометрии, артиллерии, либо — делу шелковому, суконному, золотому и серебряному, часовому, токарному, костяному, кузнечному, оружейному.