Империя стремительно приближалась к рубежу кровопролитной войны, а высшее флотское командование во главе с шефом флота великим князем Алексеем Александровичем оставалось невозмутимо спокойным, уверенным в непобедимости русских военно-морских сил и незыблемости Российской империи.

За 3 года до кончины императора Александра III все же была проведена реорганизация старейшего военно-морского учебного заведения России. Однако перестройкой ее можно было назвать лишь условно. По существу, дело свелось к очередному изменению наименования «Детища Петра Великого». Кронштадтская газета «Котлин», когда-то интересная лишь мелкими происшествиями и местными сплетнями, на первой полосе опубликовала новость:

«11 февраля 1891 года состоялось высочайшее повеление впредь именовать Морское училище Морским кадетским корпусом, с сохранением за воспитанниками его всех прав и преимуществ, которыми они пользуются в настоящее время. При переименовании училища Государь император изволил выразить надежду, что Морской кадетский корпус и в будущем останется верен своему прекрасному прошлому.

Торжественно и со знаком живейшей радости принята была корпусом эта новая Монаршая милость, возвращавшая ему прежнее наименование, которое заведение с таким отличием носило в течение более 100 лет, исполняя высокое назначение быть рассадником офицеров нашего достославного флота, дав ему за это время несколько поколений доблестных моряков, совершивших много замечательных плаваний и открытий и одержавших блистательные победы, составляющие неувядаемую славу нашего флота».

Новым Положением учебного заведения, утвержденным морским министром, определялись цель и задачи Морского кадетского корпуса: «Дать воспитание и образование молодым людям, готовящим себя к службе морскими офицерами, и установить принадлежность Корпуса к разряду высших специальных учебных заведений Морского министерства. Непосредственное управление Морским кадетским корпусом поручить его директору, при котором учредить учебно-воспитательный совет и хозяйственный комитет».

Право поступления в Морской корпус, согласно новому Положению, предоставлялось «по первому разряду» – сыновьям флотских офицеров, а «по второму разряду» – сыновьям потомственных дворян, выдержавших конкурсные вступительные экзамены. В корпусе устанавливался шестилетний срок обучения. В строевом отношении высшее военно-морское учебное заведение подразделялось на 6 рот, из которых четыре старшие составляли батальон.

В учебном отношении Морской кадетский корпус подразделялся на 6 классов (три общих и три специальных). По утвержденному штату, в шести классах одновременно обучалось 320 человек. Позднее (с 1896 г.) вторая по старшинству рота стала называться младшей гардемаринской.

По окончании обучения, при условии выполнения обязательного плавательного ценза и благополучно сданных выпускных экзаменах, гардемарины производились в первый офицерский чин – мичмана. Экзамены включали морскую практику, астрономию, навигацию, морскую артиллерию, минное искусство, теорию кораблевождения, пароходную механику и законоведение. Они традиционно принимались комиссией из числа опытных офицеров флота, назначенных приказом управляющего Морским министерством.

Окончившие курс, но оказавшиеся неспособными к морской службе выпускались из корпуса с присвоением им гражданских чинов. Всем выпускникам выдавалось денежное пособие на обмундирование и экипировку в размере 225 рублей каждому.

19 июня 1894 года был утвержден новый Устав Морского кадетского корпуса, подготовленный комиссией Морского министерства под председательством полного генерала Ф.Ф. Веселаго. Нормативно-правовой документ определил предельный возраст кандидатов в младший класс корпуса – от 12 до 14 лет, обозначил основные принципы распределения воспитанников по строевым ротам и утвердил положение о присвоении звания «гардемарин» учащимся старшего курса.

Параграфами нового Устава Морского корпуса были также регламентированы правила и порядок приема в учебное заведение на казенное содержание, «своекоштными» и «стипендиатами». Существовало 7 стипендий, на основании которых могли быть приняты в корпус сыновья малообеспеченных флотских офицеров или потомственных дворян: 1. Ханысоусская, имени Е.И. В. великого князя генерал-адмирала Алексея Александровича; 2. Финляндская, имени великого княжества Финляндского; 3. Нахимовская, имени адмирала Нахимова; 4. Нахимовская и Корниловская, имени адмирала Нахимова и генерал-адъютанта вице-адмирала Корнилова; 5. Имени отставного капитан-лейтенанта Дурново; 6. Раненбургская, имени Раненбургского уездного дворянства и 7. Константиновская имени Е.И. В. великого князя генерал-адмирала Константина Николаевича В 1898 году, при сохранении старых принципов организации учебного процесса, число воспитанников Морского кадетского корпуса было увеличено почти вдвое (до 600 человек). При этом 525 учащихся находились на полном государственном обеспечении, а 75 являлись так называемыми «своекоштными» или «стипендиатами» тех или иных именных стипендий.

Каких – либо радикальных изменений в содержании учебных программ и отдельных дисциплин новым Уставом Морского кадетского корпуса произведено не было. Расписанием ежедневно предусматривалось 5 уроков. Для оценки знаний воспитанников утверждена двенадцатибальная система. Уставом подтверждены ранее существовавшие формы поощрения воспитанников: занесение на корпусные мраморные доски почета имен и фамилий гардемаринов, возглавлявших выпускной список, или присуждение именных денежных премий лучшим выпускникам (премия имени адмирала Нахимова, имени адмирала Краббе, имени адмирала Рикорда, имени тайного советника Менде, имени генерал-лейтенанта Мещерякова или премия вице-адмирала Назимова).

Согласно новому Положению, директор корпуса (контр-адмирал или вице-адмирал) осуществлял руководство учебным заведением совместно с ближайшими помощниками: заведующими строевой частью, хозяйственной службой и инспектором классов (капитаны I ранга, контр-адмиралы и генерал-майоры). В официальном штате Морского корпуса состояло 6 командиров рот, 20 помощников командиров рот (начальники отделений), адъютант директора и 14 преподавателей (всего 41 офицер). Для обучения воспитанников также регулярно привлекались гражданские преподаватели, нештатные педагоги, отдельные офицеры флота и учреждений Морского ведомства.

В процессе воспитания будущих офицеров новым уставом была усилена роль священника корпуса. К священнослужителям теперь предъявлялись более высокие требования: хорошее образование, способность преподавать и воспитывать кадетов и гардемаринов. В корпусной церкви служили исключительно белые священники, чей общеобразовательный уровень оказался значительно выше, чем у представителей монашествующего духовенства. В обязанности настоятеля храма Морского корпуса входило не только проведение богослужений, но и преподавание воспитанникам Закона Божия, привитие им христианских нравственных принципов, основ патриотического и гражданского воспитания, верности Отечеству, воинскому долгу и присяге.

Закон Божий воспитанники Морского кадетского корпуса сравнивали с изучением воинских уставов. Им приходилось зубрить наизусть положения «Катехизиса». Считалось, однако, плохим тоном получать по этому предмету низкие оценки. Вместе с тем на уроках Закона Божия нередко возникали довольно интересные дискуссии и священнику иногда задавались непростые вопросы.

Бывший воспитанник Морского корпуса Георгий Николаевич Четверухин, офицер императорского флота и флагман II ранга советского флота, писал в своих мемуарах «Всполохи воспоминаний» о том, что в 1904 году «…мой однокашник Алексей Белобров задал священнику вопрос, который привлек внимание всех присутствующих: