Сам святитель Тихон, как и другие кандидаты, на литургии не присутствовал, ожидая исхода голосования в церкви Троицкого подворья. Сюда и направилась делегация Собора, чтобы возвестить ему Божью волю. 7 ноября святитель уехал в Троице-Сергиеву лавру, чтобы готовиться там к интронизации (торжественному возведению на престол). В праздник Введения во храм Пресвятой Богородицы, 21 ноября 1917 года, в Успенском соборе Московского Кремля, в присутствии бесчисленного множества народа, заполонившего не только всю Соборную площадь, но и весь Кремль, и Красную площадь, и близлежащие улицы, состоялась интронизация патриарха Тихона. Торжественную церемонию проводили митрополит Киевский Владимир и митрополит Тифлисский Платон, экзарх Грузии. Так Россия получила нового патриарха — первого после двухсотвосемнадцатилетнего перерыва.
«Патриаршество восстанавливается на Руси в грозные дни, среди огня и орудийной смертоносной пальбы, — сказал святитель в своем обращении к народу в день интронизации. — Вероятно, и само оно принуждено будет не раз прибегать к мерам запрещения для вразумления непокорных и для восстановления порядка церковного. Но как в древности пророку Илии явился Господь не в буре, не в трусе, не в огне, а в прохладе, в веянии тихого ветерка, так и ныне на наши малодушные укоры: Господи, сыны Российские оставили завет Твой, разрушили Твои жертвенники, стреляли по храмовым и кремлевским святыням, избивали священников Твоих — слышится тихое веяние словес Твоих. Еще семь тысяч мужей не преклонили колена пред современным Ваалом и не изменили Богу истинному. И Господь как бы говорит мне так: „Иди и разыщи тех, ради коих пока еще стоит и держится Русская земля. Но не оставляй и заблудших овец, обреченных на погибель, на заклание, овец, поистине жалких. Паси их, и для сего возьми жезл сей благоволения. С ним потерявшуюся — отыщи, угнанную — возврати, пораженную — перевяжи, больную — укрепи, разжиревшую и буйную — истреби. Паси их по правде“. В сем да поможет мне Сам Пастыреначальник, молитвами и предстательством Пресвятыя Богородицы и святителей Московских». Эти слова стали настоящей программой действий патриарха Тихона на посту первосвятителя Русской Церкви.
Тем временем революция в России набирала силу. Началась гражданская война. Одной из главных жертв захлестнувшей страну волны террора становилась Церковь.
В начале февраля 1918 года, среди прочих, был подписан декрет об отделении Церкви от государства и школы от Церкви. На местах он был воспринят как сигнал не просто к наступлению на Церковь, но по существу к уничтожению Церкви. Повсеместно закрываются домашние церкви (первый шаг к последующему закрытию всех церквей), закрываются все духовные учебные заведения, прекращается преподавание Закона Божия в школах. Имущество Церкви объявляется государственным, и это касается храмов, монастырей, церковного имущества, утвари и т. п. Церкви оскверняются, чтимые народом обители (как, например, Александро-Невская лавра в Петрограде или Почаевская лавра на Украине) захватываются безбожниками; монастыри объявляются неким абстрактным «народным достоянием», а на деле превращаются в застенки или постоялые дворы. Сама православная вера открыто провозглашается предрассудком, суеверием; повсюду выламывают и выбрасывают кресты — символ христианства, глумятся над чудотворными иконами, святыми мощами. В кровавом месиве гражданской войны гибнут сначала десятки и сотни, а затем тысячи священнослужителей. В ответ на это в Москве и других городах организуются многотысячные крестные ходы с хоругвями и чудотворными иконами. В Туле и Шацке крестные ходы расстреляны из пулеметов.
25 января (7 февраля) 1918 года в Киеве был зверски убит митрополит Киевский и Галицкий Владимир — тот самый, который вручил святителю Тихону символ патриаршей власти, посох святого митрополита Петра. (В 1992 году святитель Владимир Киевский причтен Церковью к лику святых.) И эта жертва, к несчастью, оказалась далеко не единственной. Казалось, возвращаются страшные времена гонений на первых христиан. Множится сонм новомучеников и исповедников Русской Церкви. В том же 1918 году и позднее принимают мученическую смерть архиепископ Пермский и Кунгурский Андроник, его викарий епископ Соликамский Феофан, архиепископ Черниговский Василий, епископы Ермоген Тобольский и Сибирский, Амвросий Сарапульский, Мефодий Петропавловский, Никодим Белгородский, Иоаким Нижегородский и другие, бесчисленное множество настоятелей храмов, священников, иноков и инокинь. Многие принимают мучительную, жуткую смерть, многих убивают с глумлением, с издевкой, надругаясь над их религиозными чувствами.
Патриарх не остается в стороне, но возвышает свой голос в защиту Православия. Еще в январе 1918 года по всей России расходится его послание с анафематствованием гонителей Церкви и сеятелей братоубийственной брани.
«Тяжкое время переживает ныне Святая Православная Церковь Христова в Русской земле: гонения воздвигли на истину Христову явные и тайные враги сей истины и стремятся к тому, чтобы погубить дело Христово и вместо любви христианской всюду сеять семена злобы, ненависти и братоубийственной брани.
Забыты и попраны заповеди Христовы о любви к ближним, ежедневно доходят до нас известия об ужасных и зверских избиениях ни в чем не повинных и даже на одре болезни лежащих людей, виновных только разве в том, что честно исполняли свой долг перед Родиной, что все силы свои полагали на служение благу народному. И все это совершается не только под покровом ночной темноты, но и въявь, при дневном свете, с неслыханною доселе дерзостию и беспощадной жестокостью, без всякого суда и с попранием всякого права и законности — совершается в наши дни во всех почти городах и весях нашей Отчизны: и в столицах, и на отдаленных окраинах (в Петрограде, Москве, Иркутске, Севастополе и др.).
Все сие преисполняет сердце наше глубокою болезненною скорбью и вынуждает нас обратиться к таковым извергам рода человеческого с грозным словом обличения и прещения по завету святого апостола: „согрешающих пред всеми обличай, да и прочие страх имут“ (1 Тим. 5: 20).
Опомнитесь, безумцы, прекратите ваши кровавые расправы. Ведь то, что творите вы, не только жестокое дело, это поистине дело сатанинское, за которое подлежите вы огню геенскому в жизни будущей — загробной и страшному проклятию потомства в жизни настоящей — земной.
Властью, данной нам от Бога, запрещаем вам приступать к Тайнам Христовым, анафематствуем вас, если только вы носите еще имена христианские и хотя по рождению своему принадлежите к Церкви Православной».
Святитель обращается и к «верным чадам Православной Церкви Христовой»: «А если нужно будет и пострадать за дело Христово, зовем вас, возлюбленные чада Церкви, зовем вас на эти страдания вместе с собою словами святого апостола: „Кто ны разлучит от любве Божия? Скорбь ли, или теснота, или гонение, или глад, или нагота, или беда, или меч?“ (Рим. 8: 35)».
Большевики расценили это воззвание как контрреволюционное. «На почве такой пропаганды, — говорилось в листовках, вывешенных повсюду, — могут возникнуть народные волнения, ответственность за которые всецело падет на духовенство. Все церковнослужители, замеченные в распространении таких контрреволюционных воззваний, а также пропаганды в этом направлении, будут караться со всей строгостью революционного времени вплоть до расстрела».
Патриарх обращается и к Советскому правительству и к главам других стран, чтобы хоть как-то облегчить участь своей паствы. В том же 1918 году он пишет послания по поводу введения в России григорианского календаря (не принятого Церковью), с призывом о прекращении междоусобной брани, о прекращении гонений против Церкви. Он посылает запросы и ходатайства в суды, комиссии и комиссариаты, защищая осужденных. И некоторые из просьб патриарха (но, конечно, лишь немногие) удовлетворялись.
18 марта 1918 года патриарх обращается к верующим по поводу заключения несчастного и позорного для России Брестского мира: «Продолжается все та же распря, губящая наше Отечество. Внутренняя междоусобная война не только не прекратилась, а ожесточается с каждым днем. Голод усиливается, и, чтобы ослабить его, грозят даже изгонять из столиц мирных жителей, не знающих, где им преклонить голову. Умножаются грабежи и убийства, и для борьбы с ними часто прибегают к ужасному самосуду. Устранит ли объявленный мир эти вопиющие к небу нестроения? Не принесет ли он еще больших скорбей и несчастий?..»
