Отряды № 2 и 9 коммандос получили задание форсировать озеро Комаччио и захватить объекты на северном и восточном берегах. Таким образом они оказывались в глубоком вражеском тылу. Рубеж отряда № 40 пролегал по реке Рено, вытекавшей из озера на юге, а отряд № 40 должен был захватить длинную полосу между озером и Адриатическим побережьем. Штурм начался на рассвете 1 апреля 1945 года, но неудачно. Десантная флотилия состояла в основном из плоскодонных десантных барж, буксировавших цепочки тяжело груженных «Гоутли», и двигалась медленно. Как и ожидалось, немцы начали обстрел с противоположных берегов. Не помогла и дымовая завеса длиной 5500 метров. Немцы не ожидали такого массивного десанта, но быстро оправились от испуга и отразили серию атак коммандос. В одной атаке, начавшейся днем, дым развеялся слишком быстро, и части отряда № 9 пришлось десантироваться под мощным огнем. Коммандос неумолимо шли на штурм под мелодию волынки «Дорога на острова» и к наступлению темноты захватили свою цель, взяв в плен 128 немцев.

Отряд коммандос № 43 также попал под сильный пулеметный обстрел, и передовой взвод был буквально вжат в землю. Осознав отчаянность ситуации, капрал Том Хантер бросился вперед и начал расстреливать из ручного пулемета Брена пять немецких огневых точек. Пока он стрелял, несомненно обреченным десантникам удалось бежать. К несчастью, несколькими пулями сам Том был смертельно ранен. Посмертно его наградили крестом Виктории. Остатки его части продержались до рассвета, когда подошла 24-я гвардейская бригада.

Вскоре коммандос получат еще один крест Виктории. Кроме главных целей на севере и западе, предстояло захватить четыре маленьких острова. Эта задача была поручена роте «М» СБС Андерса Лассена и итальянской 28-й гарибальдийской бригаде. В последующие ночи они провели ряд операций. На рассвете 9 апреля Лассен возглавил рейд к дороге, ведущей к городу Комаччио в самой северной части озера. На подходе к городу патруль неожиданно обстреляли, но, подавив огневые точки противника ручными гранатами, коммандос двинулись дальше. Вскоре из одного здания вышли шесть немцев с поднятыми руками, однако, когда десантники попытались приблизиться к ним, их обстреляли из пулеметов. Раненый Лассен приказал своим людям отойти, а сам остался прикрывать их. Он отстреливался, пока весь отряд не погрузился в лодки, но когда сам попытался догнать их, на него обрушился вражеский огонь. Мужество Лассена было отмечено посмертным награждением крестом Виктории вдобавок к его трем «Военным крестам», полученным за подвиги на побережье Франции и с отрядом Джеллико на Средиземном море.

Бригаду ожидали еще две недели упорных боев. 2 мая 1945 года немцы окончательно капитулировали в северной Италии и Австрии. За бои на озере Комаччио коммандос получили 38 коллективных боевых отличий (battlo honours), самое большое количество в рамках одной операции, что было утверждено королевой в сентябре 1957 года. От унылых дней 1940 года коммандос прошли с боями Норвегию, Сен-Назер, Дьепп, Нормандию, Валхерен и Северо-западную Европу, Северную Африку, Ближний Восток, Италию, Адриатику, Грецию и Бирму. В тяжелых боях Второй мировой войны погибли не менее 1706 коммандос, как армейских, так и морской пехоты.

Конец войны застал коммандос на местах их последних боев, где они и помогали разгребать неразбериху. 3-я бригада коммандос оставалась на Дальнем Востоке на подхвате у военно-морского флота до осенней капитуляции Японии. 1-я и 4-я бригады коммандос до лета находились в Германии вместе с регулярными союзными войсками, решая несметное множество проблем, оставленных побежденной Германией: вылавливали нацистских военных преступников и чиновников, которые должны были предстать перед трибуналом, допрашивали и кормили тысячи военнопленных и помогали наведению хоть какого-то подобия общественного порядка. 2-я бригада коммандос вернулась в Англию в июне 1945 года, измотанная боями, в которых участвовала до самой последней минуты.

2-я бригада только готовилась насладиться честно заработанным отпуском, когда будущее всех коммандос, наряду с демобилизацией тысяч британских солдат, обсуждалось на самом высоком уровне. Результат тех дискуссий вызовет у коммандос разочарование и гнев. В сентябре 1945 года комитет начальников штабов решил претворить в жизнь рекомендации Комитета Маддена 1924 года и возложить ответственность за все десантные штурмовые отряды на морскую пехоту. Армейских коммандос, первые во Второй мировой войне британские диверсионно-десантные войска, решили немедленно распустить и всех добровольцев демобилизовать или вернуть в прежние части.

Приказ включал и САС, хотя в 60-х годах, когда по всей территории бывшей британской империи заполыхают колониальные войны, эту службу возродят. Решили распустить и другие части, связанные с коммандос: КОПП, «Бум Пэтрол Детэчмент» морской пехоты (RM Boom Patrol Detachment) и подразделение морской разведки (Sea Reconnaissance Unit). Их методы, изобретенные и усовершенствованные в военное время, сохранит маленький отряд морской пехоты, сформированный на базе СБС военного времени (Special Boat Section). СБС с честью понесет и дальше свое славное имя, но уже как подразделение морской пехоты.

В рядах армейских коммандос царило полное уныние. Сообщить печальную новость пришлось Бобу Лейкоку: «Сегодня, обращаясь к вам, я волнуюсь гораздо больше обычного, поскольку в прошлом, когда я разговаривал с вами, меня обуревали совсем другие чувства: воодушевление солдата, предвкушение опасности сражений. Но сегодня мое волнение глубже и острее. Во-первых, я безгранично признателен каждому из вас, всем, сделавшим зеленый берет коммандос символом мужества и доблести. Во-вторых, я счастлив тем, что был связан с вами, и считаю это большой честью. И последнее, и самое горькое, я глубоко опечален… Невозможно привести более ярких примеров храбрости, чем подвиги коммандос в дни самых тяжелых испытаний, которым подвергся мир… высшее проявление мужества: добровольность поступления на службу… любовь к приключениям; мастерство и преданность; непревзойденная храбрость, которая часто приводила к трагическому исходу, многие ваши товарищи принесли величайшую жертву — свою жизнь. Именно моральной силой коммандос так справедливо гордится Британия. И тем не менее я должен признать… на мою долю выпало сообщить вам, что коммандос, так беззаветно воевавшие, расформированы».

Лейкок также объявил, что упраздняется знаменитый зеленый берет коммандос, но это решение позже отменят благодаря личному вмешательству Маунтбеттена, и коммандос морской пехоты носят зеленые береты до сих пор. Бригаде коммандос морской пехоты суждено остаться единственным десантно-диверсионным формированием и сыграть главную роль в операциях сильно сокращенной морской пехоты. Из восьми отрядов коммандос морской пехоты осталось три, и с окончанием войны личный состав уменьшился с 70000 до 13000. Только 2000 будут базироваться в море из-за послевоенного сокращения количества крупных боевых кораблей. Новая 3-я бригада коммандос морской пехоты, сформированная из отрядов № 40, 42 и 45, подхватит знамя коммандос и станет одной из сильнейших боевых групп второй половины двадцатого века. Для выполнения специальных заданий был сформирован и Добровольческий резерв морской пехоты (The Royal Marines Forces Volunteer Reserve).

Реорганизацию осуществили с удивительной скоростью. Новый учебный центр коммандос располагался сначала в Уэльсе, а затем в Бикли (Bickleigh) близ Плимута. Базовое обучение всех морских пехотинцев проводилось в лагере морской пехоты в Диле. Кент, пехотный тренировочный центр, был основан в Лимпстоуне, а новые штурмовые роты базировались в Истни и позже в Пуле. Для коммандос разработали новые сложнейшие программы, по большей части основанные на методах, впервые использованных армейскими коммандос в учебном центре в Ахнакэрри и модернизированных в соответствии с военным опытом. В той спешке, в которой проводилась реорганизация, была важная причина. В бывшей Британской империи царили беспорядок и замешательство. Крах правительств, организованных под давлением «Оси», оставил пустоту, из которой полезли революции в самых разных формах, особенно после того, как лейбористское правительство Клемента Эттли дало понять, что собирается освободить испытывающую экономические трудности Британию от военных обязательств за ее пределами. Надвигающийся хаос уже проявился в Сингапуре, лишенном управленческих структур. До возвращения в Британию 3-ю бригаду коммандос и парашютные бригады использовали как полицейские части: некоторых офицеров даже назначили временными шефами полиции и районными администраторами. «Это было похоже на оперетту, — сказал Джим Абсалом, неожиданно для себя оказавшийся суперинтендантом полиции. — Все местные организации и группы начинали стрелять друг в друга, едва заслышав выстрел, и мы из кожи вон лезли, чтобы установить закон и порядок».