Встревоженный бегством воевод от Ельца и Кром, бегством чиновников и рядовых от воевод и знамен, — наконец силою, успехами бунта, Василий еще не смутился духом, имея данное ему от природы мужество, если не для одоления бедствий, то по крайней мере для великодушной гибели. Летописец говорит, что царь без искусных стратигов и без казны есть орел бескрылый, и что таков был жребий Шуйского. Борис оставил преемнику казну и только одного славного храбростию воеводу, Басманова-изменника: Лжедимитрий-расточитель не оставил ничего, кроме изменников; но Василий делал, что мог. Объявив всенародно о происхождении мятежа — о нелепой басне расстригина спасения, о сонмище воров и негодяев, коим имя Димитрия служит единственно предлогом для злодейства, в самых тех местах, где жители, ими обманутые, встречают их как друзей, — царь выслал в поле новое сильнейшее войско и, как бы спокойный сердцем, как бы в мирное, безмятежное время, удумал загладить несправедливость современников в глазах потомства: снять опалу с памяти венценосца, хотя и ненавистного за многие дела злые, но достойного хвалы за многие государственные благотворения: велел, пышно и великолепно, перенести тело Бориса, Марии, юного Феодора из бедной обители Св. Варсонофия в знаменитую лавру Сергиеву. Торжественно огласив убиение и святость Димитрия, Шуйский не смел приблизить к его мощам гроб убийцы и снова поставить между царскими памятниками; но хотел сим действием уважить законного монарха в Годунове, будучи также монархом избранным; хотел возбудить жалость, если не к Борису виновному, то к Марии и к Феодору невинным, чтобы произвести живейшее омерзение к их гнусным умертвителям, сообщникам Шаховского, жадным к новому цареубийству. В присутствии бесчисленного множества людей, всего духовенства, двора и синклита, открыли могилы: двадцать иноков взяли раку Борисову на плечи свои (ибо сей царь скончался иноком); Феодорову и Мариину несли знатные сановники, провождаемые святителями и боярами. Позади ехала, в закрытых санях, несчастная Ксения и громко вопила о гибели своего Дома, жалуясь Богу и России на изверга Самозванца. Зрители плакали, воспоминая счастливые дни ее семейства, счастливые и для России в первые два года Борисова царствования. Многие об нем тужили, встревоженные настоящим и страшася будущего. В лавре, вне церкви Успения, с благоговением погребли отца, мать и сына; оставили место и для дочери, которая жила еще 16 горестных лет в Девичьем монастыре Владимирском, не имея никаких утешений, кроме небесных. Новым погребением возвращая сан царю, лишенному оного в могиле, думал ли Василий, что некогда и собственные его кости будут лежать в неизвестности, в презрении, и что великодушная жалость, справедливость и политика также возвратят им честь царскую?

Уже не только политика мирила Василия с Годуновым, но и злополучие, разительное сходство их жребия. Обоим власть изменяла; опоры того и другого, видом крепкие, падали, рушились, как тлен и брение. Рати Василиевы, подобно Борисовым, цепенели, казалось, пред тению Димитрия. Юноша, ближний госудярев, князь Михаил Скопин-Шуйский, имел успех в битве с неприятельскими толпами на берегах Пахры; но воеводы главные, князья Мстиславский, Дмитрий Шуйский, Воротынский, Голицыны, Нагие, имея с собою всех дворян московских, стольников, стряпчих, жильцов, встретились с неприятелем уже в пятидесяти верстах от Москвы, в селе Троицком, сразились и бежали, оставив в его руках множество знатных пленников.

Уже Болотников, Пашков, Ляпунов, взяв, опустошив Коломну, стояли (в октябре месяце) под Москвою, в селе Коломенском; торжественно объявили Василия царем сверженным; писали к москвитянам, духовенству, синклиту и народу, что Димитрий снова на престоле и требует их новой присяги; что война кончилась и царство милосердия начинается. Между тем мятежники злодействовали в окрестностях, звали к себе бродяг, холопей; приказывали им резать дворян и людей торговых, брать их жен и достояние, обещая им богатство и воеводство; рассыпались по дорогам, не пускали запасов в столицу, ими осажденную… Войско и самое государство как бы исчезли для Москвы, преданной с ее святынею и славою в добычу неистовому бунту. Но в сей ужасной крайности еще блеснул луч великодушия: оно спасло царя и царство, хотя на время!

Василий, велев написать к мятежникам, что ждет их раскаяния и еще медлит истребить жалкий сонм безумцев, спокойно устроил защиту города, предместий и слобод. Духовенство молилось; народ постился три дни и, видя неустрашимость в государе, сам казался неустрашимым. Воины, граждане по собственному движению обязали друг друга клятвою в верности, и никто из них не бежал к злодеям. Полководцы, князья Скопин-Шуйский, Андрей Голицын и Татев расположились станом у Серпуховских ворот, для наблюдения и для битвы в случае приступа. Высланные из Москвы отряды восстановили ее сообщение с городами, ближними и дальними. Патриарх, святители писали всюду грамоты увещательные: верные одушевились ревностию, изменники устыдились. Тверь, Смоленск служили примером: их дворяне, дети боярские, люди торговые кинули семейства и спешили спасти Москву. К добрым тверитянам присоединились жители Зубцова, Старицы, Ржева; к добрым смолянам граждане Вязьмы, Дорогобужа, Серпейска, уже не преступники от малодушия, но снова достойные россияне; везде били злодеев; выгнали их из Можайска, Волока, обители Св. Иосифа; не давали им пощады: казнили пленных.

Тогда же в Коломенском стане открылась важная измена. Болотников, называя себя воеводою царским, хотел быть главным; но воеводы, избранные городами, не признавали сей власти, требовали Димитрия от него, от Шаховского: не видали и начинали хладеть в усердии. Ляпунов первый удостоверился в обмане и, стыдясь быть союзником бродяг, холопей, разбойников без всякой государственной, благородной цели, первый явился в столице с повинною (вероятно, вследствие тайных, предварительных сношений с царем); а за Ляпуновым и все рязанцы, Сунбулов и другие. Василий простил их и дал Ляпунову сан думного дворянина. Скоро и многие иные сподвижники бунта, удостоверенные в милосердии государя, перебежали из Коломенского в Москву, где уже не было ни страха, ни печали; все ожило и пылало ревностию ударить на остальных мятежников. Василий медлил; изъявляя человеколюбие и жалость к несчастным жертвам заблуждения, говорил: «Они также русские и христиане: молюся о спасении их душ, да раскаются, и кровь отечества да не лиется в междоусобии!» Василий или действительно надеялся утишить бунт без дальнейшего кровопролития, торжественно предлагая милость самым главным виновникам оного, или для вернейшей победы ждал смолян и тверитян: они соединились в Можайске с воеводою царским Колычевым и приближались к столице.

Еще мятежники упорствовали в намерении овладеть Москвою; укрепили Коломенский стан валом и тыном, терпеливо сносили ненастье и холод глубокой осени; приступали к Симонову монастырю и к Тонной, или Рогожской, слободе; были отражены, лишились многих людей, и все еще не унывали — по крайней мере Болотников: он не слушал обещаний Василия забыть его вину и дать ему знатный чин, ответствуя: «Я клялся Димитрию умереть за него, и сдержу слово: буду в Москве не изменником, а победителем»; уже видел знамена тверитян и смолян на Девичьем поле; видел движение в войске московском и смело ждал битвы неравной. Василий, сам опытный в деле бранном, еще не хотел и пред стенами Кремлевскими ратоборствовать лично, как бы стыдясь врага подлого; хотел быть только невидимым зрителем сей битвы: вверил главное начальство усерднейшему или счастливейшему витязю: двадцатилетнему князю Скопину-Шуйскому, который свел полки в монастыре Даниловском, и мыслил окружить неприятеля в стане. Болотников и Пашков [2 декабря] встретили воевод царских: первый сразился как лев; второй, не обнажив меча, передался к ним со всеми дворянами и с знатною частию войска. У Болотникова остались козаки, холопы, северские бродяги; но он бился до совершенного изнурения сил и бежал с немногими к Серпухову: остальные рассеялись. Козаки еще держались в укрепленном селении Заборье, и наконец с атаманом Беззубцевым сдалися, присягнув Василию в верности. Кроме их, взяли на бою столь великое число пленных, что они не уместились в темницах московских, и были все утоплены в реке, как злодеи ожесточенные; но Козаков не тронули и приняли в царскую службу. Юноше-победителю, князю Скопину, рожденному к чести, утешению и горести отечества, дали сан боярина, а воеводе Колычеву — боярина и дворецкого. Радовались и торжествовали; пели молебны с колокольным звоном и благодарили Небо за истребление мятежников, но прежде времени.